《量化开放性为何重要?》

  • 来源专题:科技期刊发展智库
  • 编译者: 孟美任
  • 发布时间:2023-10-08
  • PLOS 的使命是为了科学和社会的利益而革新学术交流,其中开放科学是关键所在。开放科学支持严谨性、可重复性、包容性和高效性,有助于加速科学发展、加强研究成效和提高研究成果的可信度。提高开放科学的普及率是充分受益的先决条件。PLOS努力通过政策促进开放,并为研究人员创造机会,让他们在PLOS期刊上发表论文时也能参与开放科学实践。

    成功推动开放科学实践,应注意以下几点:

    (1)所服务的研究群体;

    (2)该群体当前的规范;

    (3)开放科学行为如何随着时间的推移而变化,尤其是在应对新政策和新产品时。

    结合其他研究活动,开放科学指标(Open Science Indicators, OSIs)是一个重要的数据来源,有助于我们制定解决方案,更好地为 PLOS 作者和整个研究社区服务。请继续阅读,了解我们为什么以及如何更全面、更一致地衡量 PLOS 的开放科学实践。

    8.1 什么是开放科学指标?

    OSI是已发表文献中有关开放科学实践的新信息来源。OSI是与DataSeer合作开发的,使用自然语言处理(NLP)和人工智能(AI)技术识别和衡量所有PLOS论文中的开放科学实践,并与相关的开放获取论文作为对比数据。该数据集始于2019年1月,每季度更新一次。

    8.2 用开放科学指标衡量开放性

    PLOS于2021年开始研发OSI,以便为数据驱动战略提供信息,从而实现以下目标:

    (1)促进更多的开放科学实践;

    (2)增加这些实践的益处和效果的证据。

    但直到最近,除了让专家阅读每篇论文外,还没有一种简单的方法来衡量开放科学实践。PLOS以及研究资助者、机构和政策制定者都面临着同样的挑战。

    在启动研发OSI之前,PLOS首先确定了6项指导原则。其中,大部分方法都是建立在其他人的工作基础之上的,如元研究者、工具开发者和社区认可的框架。OSI灵感来源包括 FAIR原则、Charité指标仪表盘以及一项关于PMC开放科学实践的荟萃分析。最近,法国开放科学监测机构和英国再现性网络等国家机构也分别创建了适合本国需求的解决方案或探索了开放科学实践的监测需求。

    PLOS在制定指导原则时,认为OSI必须依赖于任何研究出版物中的公开文本和元数据,这样测量结果就不仅适用于PLOS,也适用于任何公开的研究论文。PLOS希望在短期内能够进行跨领域、跨地区和跨发表地的比较,并为将来能够轻松扩展到整个科学交流体系奠定基础。当然,PLOS还希望向所有人公开这些数据,供PLOS和其他组织使用。

    8.3 选择第一批指标

    PLOS期刊支持并促进各种开放科学实践,需要考虑优先衡量哪些开放科学指标。首先选择了三种与PLOS所服务的大部分研究人员高度相关,因此极有可能被广泛采用的做法:数据共享、代码共享和预印本发布。

    (1)数据共享

    数据是研究的原始产出。读者依靠原始科学数据来加深对已发表研究成果的理解。数据是验证、复制和再分析的关键,可为未来的研究提供信息,并为系统综述或荟萃分析提供依据。

    PLOS首创的数据可用性政策要求作者在发表文章时提供支撑其结论的原始数据。PLOS数据可用性政策为作者提供了多种共享数据的选择,具体取决于哪种方式最适合他们和他们的稿件。同时,PLOS认为数据库是最有效、最有影响力的共享方式,OSI能够跟踪最佳实践的进展。

    (2)代码共享

    如果没有了解数据如何生成和分析的背景,没有验证和重复研究的工具,数据的意义就无从谈起。用开放代码来充实研究文章可以加深理解,促进可重复性和再分析,增强可信度,并节省其他研究人员的时间和精力,从而提高整个科学系统的效率。

    所有PLOS期刊都大力鼓励代码共享,而PLOS计算生物学期刊则强制要求共享代码。

    (3)预印本

    预印本使研究人员能够控制自己的学术交流,从而实现更高效、更全面的共享。研究人员利用预印本确立首发权、发布成果、寻求社区反馈、吸引读者群,并有助于申请基金、工作或终身职位。

    PLOS期刊一直鼓励预印本发布,自2018年起,PLOS在投稿环节提供预印本发布便利,帮助作者更轻松地完成投稿过程。

    8.4 展望未来

    衡量数据共享、代码共享和预印本发布情况,能够了解开放科学实践的现状,也是根据研究人员的实际行为规划未来发展方向的重要环节。PLOS使用OSI指导决策。例如:

    (1)优先考虑将"可访问数据图标"扩展到哪些资料库;

    (2)监控新解决方案的有效性,例如PLOS与EarthArXiv的整合,以及PLOS计算生物学的代码共享政策;

    (3)了解不同学科和地区研究人员的开放科学实践,根据他们的需求调整系统和政策,并更广泛地分享所学到的知识。

    未来,PLOS将为开放科学指标数据集添加更多的数据点和新指标,并将其扩展到更多的对比内容中。PLOS还将把从OSI中获得的定量见解与其他信息来源相结合,例如已发表的定性研究,以及对不同社区和实践进行的新颖调查。将定性见解与定量见解相结合,可以更全面地反映研究质量和影响。

相关报告
  • 《异烟肼预防性疗法对结核杆菌感染免疫应答的影响:一项开放性随机对照探索性研究》

    • 来源专题:结核病防治
    • 编译者:李阳
    • 发布时间:2016-03-24
    • 由于再次强调要在撒哈拉以南非洲地区实施异烟肼预防性疗法(IPT),近期来自乌干达马凯雷雷大学、伦敦卫生及热带医学学院、乌干达病毒研究所(UVRI)以及南非威特沃特斯兰德大学的研究人员联合分析了IPT对与家庭接触人群潜伏结核感染相关的免疫状况的影响,其相关成果于2015年10月22日发表在BMC Infectious Diseases上。 研究人员采用QuantiFERON®-TB Gold In-Tube(QFN)和结核菌素试验(TST)对结核确诊患者的家庭接触人群进行了与潜伏结核感染有关的检测,并将5岁以上且QFN和TST检测均为阳性的HIV阴性接触者随机分配至IPT组和每月随访组(或仅仅是随访而不给予治疗)。接着,以IPT组和6个月随访组家庭接触人群的QFN培养上清液为样本,采用液相芯片技术对结核杆菌特异性Th1、Th2、Th17和调节性细胞因子进行分析,采用酶联免疫吸附实验(ELISA)对结核杆菌特异性IgG抗体浓度进行分析,并以第6个月末的细胞因子及抗体产生量为指标来评价IPT的影响作用。 研究发现,16%的家庭接触人群(47/291)被随机分配至IPT组(n=24)和非IPT组(n=23)。在对基线细胞因子或抗体反应进行校正以及卡介苗疤痕存在的情况下,与非IPT组相比,IPT组人群的结核杆菌特异性干扰素-γ[第6个月末的调整后平均差为-1488.6pg/ml,采用bootstrap法估计的95%可信区间(CI)为(-2682.5,-294.8),p值为0.01]和白介素-2[第6个月末的调整后平均差为-213.1pg/ml,采用bootstrap法估计的95%可信区间(CI)为(-419.2,-7.0),p值为0.04]的产生数量相对下降。同时IPT组人群的抗CFP10抗体水平相较于非IPT组也出现了类似的下降[调整后几何均值比为0.58,采用bootstrap法估计的95%可信区间(CI)为(0.35, 0.98),p值为0.04]。此外,还发现IPT对结核杆菌特异性Th2、Th17和调节性细胞因子应答及抗PPD和ESAT-6抗体浓度无影响。 综上所述,IPT能够减少Th1细胞因子的产生量并降低抗CFP10抗体浓度,既有可能是结核杆菌载荷量的下降,也有可能是异烟肼诱导T细胞发生凋亡的一个直接效应。总之,该项研究提示结核流行国家实行的异烟肼预防性疗法对人群或许具有保护性免疫作用。
  • 《STM加入开放科学年》

    • 来源专题:科技期刊发展智库
    • 编译者:唐果媛
    • 发布时间:2023-10-23
    • STM的使命是推动可信和开放的研究,使得研究人员和社会的其他成员可以永远依赖可信、可访问、可链接和可检索的信息。2023年7月26日,STM根据该使命加入了美国联邦机构、组织和大学的联盟,以支持开放科学年和NASA的开放科学转型倡议。作为联盟的一部分,STM和其他成员组织致力于转变科学文化,强调研究的开放性和包容性。 STM首席执行官卡罗琳·萨顿(Caroline Sutton)表示,“开放科学年是一种促进行动的绝佳方式,确保报道最新发现的经过验证的高质量文章能够广泛用于帮助社会,并与相关数据和其他成果相链接” “STM及其成员一直是利益相关者(包括联邦机构)的重要合作伙伴,共同在提供高质量、经过验证的信息方面推动创新。通过开放科学年,STM期待有机会与联邦机构合作,以支持和可持续的方式实现共享”。 1、STM对这一倡议的四个主要承诺。 第一个承诺:与联邦机构和其他利益相关者合作,支持开放获取的可持续途径。STM及其成员致力于提供使研究人员能够选择开放访问的选项,通过STM OA仪表板监测开放访问的接受情况,并与其他利益相关者合作,确保开放获取工作的途径。在2023年,STM将继续与利益相关者合作,通过公众评论和参与、召集和主办活动以及对话,寻找推动大规模开放科学的解决方案。STM还将努力收集和共享有关开放获取环境的信息,这些信息将有助于制定政策。 第二个承诺:继续努力保护开放学术记录的完整性和可信性。随着技术的发展,共享的内容越来越多,出版商致力于加快信息传播,但同时也带来了新的风险。STM及其成员出版商将继续投资于对开放和可信的学术交流至关重要的技术和措施。通过STM诚信中心(STM Integrity Hub),STM正开展一项协作和包容的研究,提出创新的复杂方法,以阻止欺诈性研究进入学术记录,同时保持长期以来一直是学术出版系统基石的信任。在2023年春季,STM诚信中心推出了新的论文检测工具的最小可行产品,使出版商能够对提交的手稿进行筛查,以查看是否存在表明其来自论文工厂的迹象。 第三个承诺:通过STM的研究数据倡议改进研究数据共享。研究数据在推动学术研究方面发挥着重要作用。通过协作、创新以及共享政策和实践,出版商与研究人员、其他出版商和利益相关者合作,确保数据的共享,使其变得“FAIR”(可找到、可访问、可互操作和可重复使用),并且与出版物一起进行链接、引用和使用,以提高完整性。STM的研究数据计划支持出版商实施数据共享政策,通过连同出版物附加共享、链接和引用数据,确保研究数据的可访问性和可重复性,并确定研究数据在更广泛的研究生态系统中的作用。STM还正在与研究社区中的其他人,包括资助者、机构和数据存储库等合作,共同努力支持数据共享、链接和引用。 第四个承诺:绘制开放式研究基础设施的地图,以识别差距并寻求机会改进链接和可发现性。《STM趋势2026》表明,出版商需要共同努力实现规模化的开放获取,共同支持学术交流的基础设施,这对实现共同目标至关重要。了解开放研究基础设施对于研究人员轻松地发布、发现和阅读学术著作,以及依赖已发表研究的质量、完整性和可信性至关重要。 2、STM的立场如何在行动中体现? (1)STM将与利益相关者合作,创建可持续的途径,确保作者能够将他们的正式版本开放获取。 ●原因:①当通过同行评审和出版过程各个阶段的最终文章立即对所有人开放时,知识创造、发现和共享是最好的。②正式版本(VoR)是经过同行评审和出版过程所有阶段的审核后最彻底的研究出版物版本。我们从作者的反馈中了解到,他们更喜欢VoR的开放获取。VoR的一个关键特点是,它是未来任何更正(修订版本)或增强(增强版本)版本所依据的版本。 ●措施:①通过敦促资助者和机构与出版商合作,使研究人员选择金色开放获取(Gold OA)以实现对VoR的开放获取。②通过STM OA仪表板监测不同开放获取途径的使用情况。 (2)STM将参与并促进学术社区和利益相关者的合作,以确保研究的诚信。 ●原因:研究诚信是一个需要整个学术社区参与维护的问题。 ●措施:①通过开发标准、工具和解决方案来提高和确保出版物的完整性--无论访问模式如何。②通过让全球范围内的利益相关者参与进来,定义和建设所需的关键基础设施,以支持规模化的开放和可信的学术交流。 (3)STM将继续在技术、系统和实践方面进行创新和投资,以实现卓越和诚信。 ●原因:随着包括学术记录的研究语料库不断增长,这种创新和投资只会变得更加重要。 ●措施:出版商在同行评审出版流程的运营、学术记录的管理和保护方面进行了大量投资,以支持规模化。 (4)STM不支持保留权策略(Rights Retention Strategies)或无需时滞期的绿色开放获取(Green OA)。 ●原因:①这些做法削弱了他们所依赖的订阅模式,并可能带来潜在的意想不到的后果。②对于大多数STM出版商来说,促进立即开放获取,且没有时滞期的开放获取模式是不可行的。 (5)STM将继续支持采用开放研究实践,包括对其他研究成果(最终版文章之外)的开放共享。 ●原因:这将增强最终版文章的信任和诚信,并加速发现。 ●措施:STM致力于召集并与利益相关者合作,进一步推动开放研究实践,创建一个关联、互操作、稳健且值得信赖的学术记录,其中包括预印本、研究数据、协议、代码等。所有这些研究输出都在学术记录中发挥着作用,与正式版本并列。