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《Nature：高福/武桂珍/刘军团队在华南海鲜市场环境样本中发现新冠病毒》

  • 来源专题：生物安全知识资源中心—领域情报网
  • 编译者： hujm
  • 发布时间：2023-04-10

  • 武汉市华南海鲜市场与2019年12月发现的早期人类新冠肺炎（COVID-19）病例存在关联，并于2020年1月1日关闭。

    为了调查市场内新冠病毒的流行情况，2020年1月1日至3月30日期间，市场内及周边环境、动物样本（包括在冰箱和冰柜中发现的未出售货物、流浪动物及其粪便，以及一个鱼缸的内容物）被收集了起来，共计收集1380个样本（包括923个环境样本和457个动物样本）。

    2023年4月5日，中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所武桂珍、高福、刘军等人在 Nature 期刊发表了题为：Surveillance of SARS-CoV-2 at the Huanan Seafood Market 的研究论文。

    该研究介绍了2020年初在中国武汉华南海鲜市场对新冠病毒（SARS-CoV-2）的监测结果。对该市场环境和动物样本的分析发现，环境拭子中监测到了新冠病毒。

    对病毒阳性和病毒阴性的环境样本中的基因组材料进行进一步分析后发现，市场上有多种动物，包括之前被假设为新冠病毒潜在中间宿主的物种（如貉）。但是，新分析并未显示这些动物感染了新冠病毒，因此无法从这项研究中确定病毒的来源。

    研究团队从武汉华南海鲜市场内和周围收集的73个环境样本呈新冠病毒阳性。在市场内的64个阳性样本中，56个（87.5%）取自市场西区（市场西南角正是被怀疑出售野生动物的地方）——当然这一区域也被优先安排了更密集的取样。在下水道和污水井中也发现了新冠病毒，这表明被感染的人和/或动物可能污染了污水，从而促进了病毒在市场中的传播。

    作者总结说，尽管这些发现支持了新冠病毒在新冠疫情早期曾在华南海鲜市场传播的说法，但无法证明在这种情况下病毒可能从动物传染到人类身上。目前还无法排除病毒通过被感染的人类或冷链产品进入市场的可能性。

  • 原文来源：https://news.bioon.com/article/f409e6623903.html
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    • 随着德尔塔（Delta）和奥密克戎（Omicron）等新冠变异株的出现，近期国内疫情形势再度紧张了起来，其中香港的疫情十分严峻，3月4日新增52523例确诊病例，新增136例死亡病例。 持续了两年多的COVID-19大流行仍未结束，人类与新冠病毒的斗争仍将继续。为了抗击新冠疫情，除了加速研发针对变种病毒的疫苗和特效药之外，对新冠病毒进行溯源也是十分重要的工作。 近日，中国疾病控制预防中心主任高福院士团队在预印本平台 Research Square 发表了一份有关武汉华南海鲜市场新冠病毒来源的最新报告——Surveillance of SARS-CoV-2 in the environment and animal samples of the Huanan Seafood Market。 这份报告公布了2020年初从华南海鲜市场采集到的1380份样本的SARS-CoV-2检测结果：73份环境样本新冠检测阳性，大多来自市场西区，且与人群密集度呈正相关；来自18个物种的457份动物样本均为阴性。 这些结果表明，武汉华南海鲜市场的新冠病毒很可能来自于流动的人群，而不是市场上贩卖的动物。研究团队表示，武汉华南海鲜市场并不是新冠病毒的起源地，早期疫情的爆发更可能是新冠病毒携带者和后续被污染的环境所致。 目前该论文正在接受同行评议，可能将在 Nature 及其系列期刊正式发表。 武汉华南海鲜市场与早期新冠疫情 武汉华南海鲜市场位于武汉市江汉区，距汉口火车站仅800米，占地50000平方米，市场分为东西两区，东区主要贩卖家禽，西区贩卖海鲜和动物。在疫情爆发之前拥有678个摊位，非常拥挤。 市场中有10个摊位出售野生动物，其中8个位于西区的西南角，2个位于东区的西北角。根据销售记录，2019 年 12 月底这些商铺出售的野生动物包括蛇、禽类（鸡、鸭、鹅、野鸡和鸽子）、梅花鹿、獾、兔子、竹鼠、豪猪、刺猬、蝾螈、大鲵、湾鳄和暹罗鳄等，其中蛇、蝾螈和鳄鱼存在活体交易。 2019年12月底，武汉华南海鲜市场因爆发“不明病因的肺炎”而进入公众视野，因此，武汉华南海鲜市场也一直被认为是“新型冠状病毒的发源地”，甚至被一些媒体利用并在抹黑中国。 然而，最近来自不同国家的研究表明，SARS-CoV-2的传播早于最初发现病例数周，部分疑似阳性样本的发现时间甚至早于武汉首例病例，由此击碎了“新冠病毒起源于武汉华南海鲜市场”的谣言。 阳性结果均来自环境样本，而不是动物样本 在这项最新的调查研究中，为了调查武汉华南海鲜市场的新冠病毒传播链，中国疾病预防控制中心派出了流行病学小组，与湖北省疾控中心和武汉市疾控中心的专家一起前往该市场进行采样研究。 2020年1月1日至2020年3月2日，研究团队采集市场内外不同地点环境样本923份，动物样本457份，共计1380份样本。 RT-PCR检测结果表明，在市场内外采集的923份环境样本中，核酸检测阳性73份，阳性率为7.9%，其中64份（64/828；7.7%）从市场内部采集。在这64份从市场内部采集的阳性样本中，87.5%（56/64）是在市场西区采集的。 在市场内采集的110份污水或污水井样本中，24份污水样本为阳性，而4份污水井样本均呈阳性。值得注意的是，武汉市其他市场的30份污水井样本中也有1份检测呈阳性。此外，在14份从华南海鲜市场的仓库中采集到的样本中，有5份阳性。 与之相对，在采集到的457份动物样本（包括18个物种、188只动物个体）中，核酸检测结果均为阴性。这表明华南海鲜市场中被SARS-CoV-2感染的动物可能比较少见，贩卖野生动物并不是导致早期新冠疫情爆发的直接原因。 综上所述，SARS-CoV-2在2019年12月之前很可能已经在市场内传播了一段时间，特别是在西区。此外，研究者还发现，武汉华南海鲜市场环境中的新冠病毒丰度与人群聚集度密切相关。 因此，研究者推测，新冠病毒很可能是随着携带者进入市场，并通过被污染的污水进一步在市场内扩散传播。 活病毒分离、序列比对和谱系分析 为了确定武汉华南海鲜市场中是否存在活病毒，研究人员将采集到的27份阳性环境样本接种到Vero E6和Huh7.5细胞等细胞系中，并从F13、F54和B5样品中分离到活病毒，其中F13和F54样本来自确诊患者所在的摊位，由此证实市场环境中存在高滴度的活SARS-CoV-2。 研究人员进一步通过全基因组高通量测序获得了SARS-CoV-2完整基因组序列，从环境样本F13和F5中直接获得的病毒序列与参考毒株HCoV/Wuhan/IVDC-HB-01（WH01）基因相似度达到99.993%，与Wuhan-Hu-1（GenBank： NC_045512）序列完全一致。相比之下，F54样本经接种培养后病毒发生了两个以上的同义突变，与WH01相比，序列一致性为99.987%。 值得注意的是，此前有学者将SARS-CoV-2分为两种早期演化谱系——S（8782T； 28144C）和L（8782C； 28144T），其中S谱系更为古老。这份报告显示，从武汉华南海鲜市场环境样本中分离到的病毒株大部分属于L谱系，但环境样本A20属于S谱系。 这意味着，在武汉华南海鲜市场传播的新冠病毒已经经过一定程度的变异和演化，区别于最原始的S谱系病毒株，进一步证实武汉华南海鲜市场并非新冠疫情的源头。
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  • 《Nature：新研究发现9种新的冠状病毒》
    • 来源专题：生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者：hujm
    • 发布时间：2022-02-20
    • 在一项新的研究中，来自加拿大、法国、俄罗斯、西班牙、美国和德国的研究人员重新分析了所有公开的RNA测序数据，发现了比以前已知的RNA病毒多出近10倍的病毒，包括在一些意想不到的地方发现的几种新的冠状病毒。这个全球规模的RNA病毒数据库可以帮助快速识别病毒外溢到人类，以及那些影响牲畜、作物和濒危物种的病毒。相关研究结果于2022年1月26日在线发表在Nature期刊上，论文标题为“Petabase-scale sequence alignment catalyses viral discovery”。论文通讯作者为加拿大独立研究员Artem Babaian博士。 Babaian博士是Serratus项目合作的幕后推手。Babaian说，与云创新中心（加拿大英属哥伦比亚大学和亚马逊网络服务之间的公共/私人合作）合作，Serratus项目能够在亚马逊网络服务上建立一台“极其强大”的超级计算机，其功率相当于22500个CPU。 这台超级计算机读取了来自世界各地570万个生物样本的2000万GB（gigabyte, 千兆字节）的公开基因序列数据，寻找表明存在RNA病毒的特定基因。这些样本已经收集了13年，并在世界研究界内自由分享，包括从冰芯样本到动物粪便的一切样本。 Serratus项目的研究人员发现了132000种RNA病毒（以前只知道15000种）和9种新的冠状病毒。Babaian估计，如果没有云创新中心和亚马逊网络服务，传统的超级计算机需要花费一年多的时间和几十万美元来完成这项分析所需的2000年的CPU时间。Serratus项目在11天内花费24000美元完成了这一任务。 Babaian说，“我们正在进入一个了解自然界中病毒的遗传和空间多样性的新时代，以及各种各样的动物如何与这些病毒接触。我们希望是如果像SARS-CoV-2---导致COVID-19的冠状病毒---之类的病毒再次出现，我们不会措手不及。这些病毒可以更容易地被识别，并且可以更快地找到它们的天然病毒库。真正的目标是这些感染被及早识别，以至于它们永远不会成为大流行病。如果一名病人出现不明原因的发烧，一旦对血液进行测序，你如今可以将人类中的未知病毒与现有病毒的更大数据库联系起来。例如，如果一名病人在圣路易斯市出现了来源不明的病毒感染，你如今可以在大约两分钟内通过这种数据库进行搜索，并将这种病毒与例如2012年在撒哈拉以南非洲取样的一只骆驼联系起来。” 32岁的Babaian之前一直在加拿大英属哥伦比亚省癌症研究中心进行癌症基因研究，当COVID-19大流行病发生时，他转换了研究方向。Babaian说，这项新的研究是作为一个“有趣的副业”开始的，始于2020年3月3日，当时他和他的登山伙伴朋友---英属哥伦比亚大学工程系学生Jeff Taylor---“在一张餐巾纸的背面”勾勒出了这个想法。他指出，“我应该保留那张餐巾纸。” Babaian不久后向英属哥伦比亚大学的云创新中心（Cloud Innovation Centre）寻求帮助。Serratus项目，以英属哥伦比亚省Tantalus山脉的Serratus山命名，他和Taylor在2020年的一次攀登中看到了这座山，于是发起了这个项目。 Babaian回忆说，当第一批研究结果开始在他的笔记本电脑上闪现时，他正坐在他妻子的护理椅上，这表明Serratus项目不仅在工作，而且以几乎难以理解的速度产生数据。 他说，“这可能是我生命中最激动人心的科学时期。有两种类型的乐趣。第一类是微笑和开玩笑。第二类是当你在做这件事的时候很痛苦，但记忆却很闪亮，就像攀岩。在许多方面，Serratus项目是第二类乐趣。你只需要相信它会成功。” Babaian说，如果没有英属哥伦比亚大学云创新中心的支持，他不可能完成这项研究。他说，“云创新中心确实在那里为我们打开了大门。我们有一个想法，他们从他们的网络中带来了专家，使其成为现实。如今，全球社会可以从所有这些以前未被利用的研究中受益。” 英属哥伦比亚大学云创新中心主任Marianne Schroeder说，“Babaian带着一个创新的愿景找到了我们。英属哥伦比亚大学云创新中心的力量在于，我们将英属哥伦比亚大学的内部创新和技术团队与亚马逊网络服务的团队配对。我们非常荣幸能够支持这一愿景的实现；协助为复杂问题找到技术解决方案是我们的工作。” 参考资料： Robert C. Edgar et al. Petabase-scale sequence alignment catalyses viral discovery. Nature, 2022, doi:10.1038/s41586-021-04332-2.
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