《Cell Stem Cell | 邓宏魁课题组最新成果:建立更加快速高效的人体细胞化学重编程体系》

  • 来源专题:生物育种
  • 编译者: 姜丽华
  • 发布时间:2023-04-09
  • 2023年3月20日,北京大学邓宏魁研究组在国际学术期刊Cell Stem Cell发表了题为“Highly efficient and rapid generation of human pluripotent stem cells by chemical reprogramming”的研究论文。该研究建立了新的化学重编程体系,更加快速和高效地将人成体细胞诱导为多潜能干细胞。

    多潜能干细胞具有无限自我更新和分化成生物体所有功能细胞类型的能力,这些神奇的特质使其在细胞治疗、药物筛选和疾病模型等领域具有广泛的应用价值,是再生医学领域最为关键的“种子细胞”。如何在体外诱导获得多潜能干细胞一直是生命科学领域的关键科学问题。2013年,邓宏魁研究组在Science杂志发表了一项原创性的成果,即不依赖卵母细胞和转录因子等细胞内源物质,仅使用外源性化学小分子就可以逆转细胞命运,将小鼠体细胞重编程为多潜能干细胞(chemically induced pluripotent stem cells, CiPS细胞),开辟了一条全新的体细胞重编程的路径。2022年,邓宏魁研究组取得了新的突破,成功地实现了利用化学小分子将人成体细胞诱导为多潜能干细胞(人CiPS细胞)(Nature,2022)。

    生命的本质是化学过程,通过化学小分子调控细胞命运,理论上是最有效的方式。化学重编程与传统重编程技术存在本质区别:传统转基因重编程技术如诱导多潜能干细胞技术(iPS技术),是通过细胞内源转录因子的过表达,驱动细胞命运发生直接转变,其诱导过程难以控制;而化学重编程是利用外源的化学小分子模拟外界信号刺激,驱动细胞命运以分阶段的方式发生转变。因此,该方法可控性强,有望实现精准调控细胞命运、逆转细胞身份和功能状态,使逆向发育成为可能。

    在这次刊登的最新研究成果中,邓宏魁研究组建立了一套更加快速、高效和稳定的人体细胞化学重编程方法。研究人员发现了新的化学小分子组合,大幅加快了重编程进程,诱导周期由原来的50天缩短到30天以内,最短16天即可完成诱导。与此同时,诱导效率大幅提升,最高可达31%。新体系在不同遗传背景、不同年龄的17名个体来源的体细胞上进行了测试,均可实现高效诱导,加速了人CiPS细胞在细胞治疗、药物筛选和疾病模型等方面广泛应用的步伐 。

    根据邓宏魁研究组先前报道,原有体系在诱导人CiPS细胞的过程中先后经历了类上皮细胞阶段、可塑性中间态细胞阶段、类胚外内胚层细胞(XEN-like)阶段,最终建立了多潜能干细胞(Nature,2022)。本研究发现了新体系更加快速和高效的分子机制:可塑性中间态细胞在增殖能力和氧化磷酸化代谢活性方面显著增强,不再经历XEN-like阶段,多能性基因激活更加快速,分子路径更加直接。特别重要的是,传统iPS重编程依赖逐步增强的糖酵解代谢过程,而化学重编程最为关键的阶段——可塑性中间状态的产生则依赖氧化磷酸化,并不依赖糖酵解代谢。这一发现,揭示了特定的能量代谢途径对不同细胞命运转变过程的重要性,为从能量代谢的角度理解细胞命运调控的机制提供了新的视角。

    本研究建立的新诱导方案不仅快速、高效和稳定,更重要的是,该方案成分明确(chemically defined),不依赖血清(xeno-free),不依赖于饲养层细胞(feeder-free),这些属性更好地满足了临床应用的需求,为建立符合临床应用标准的人CiPS细胞系奠定了基础,使其向临床应用迈进了关键一步。与转基因过表达转录因子相比,化学小分子具有不整合基因组,作用可逆,操作简单等优势,因此CiPS技术更加安全、简单且易于标准化,具有广阔的临床应用前景。目前,邓宏魁研究组已利用人CiPS细胞高效制备了胰岛细胞,并在大动物模型上验证了其治疗糖尿病的安全性和有效性,凸显了人CiPS细胞作为“种子细胞”治疗重大疾病的临床应用价值(Nature Medicine 2022;Nature Metabolism, 2023)。

    北京大学邓宏魁教授和王金琳博士是这一研究成果的共同通讯作者。北京大学刘杨世嘉,王冠,王杨璐,何焕景,吕钰麟为该研究成果的主要作者。北京大学李程教授为该研究的生物信息分析提供了指导。本工作获得了国家自然科学基金基础科学中心项目、国家重点研发计划项目和北大-清华生命科学联合中心等支持。

    原文链接:https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S1934590923000693

  • 原文来源:https://bio.pku.edu.cn/homes/Index/news_cont/22/16445.html
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    • 2023年8月7日,浙江大学祝赛勇团队在Nature Cell Biology上发表题为A fast chemical reprogramming system promotes cell identity transition through a diapause-like state的论文。该研究通过大规模的小分子筛选,对重编程步骤加以进一步细分,让化学重编程的速率得到大幅提升,甚至接近转录因子重编程的速率,借此提供了一个全新的快速化学重编程体系(FCR,fast chemical reprogramming)。 一方面,这有助于探索化学重编程乃至细胞命运重塑的机制;另一方面,他们也成功找到多个调控细胞命运转换的小分子药物,从而有望用于再生、抗纤维化甚至抗衰老。其中,FCR 的建立能够极大加速对于细胞命运决定与转换分子机制的研究。多能性重编程作为细胞命运调控的核心体系,对其进行深入研究和理解,可以揭示细胞命运决定与细胞命运转换的底层逻辑,从而破解细胞身份密码、逆转发育时钟,有望实现多重应用场景。就重编程技术本身而言,此次筛选出来的小分子有望促进人细胞化学重编程或其他细胞类型之间的转变,从而帮助获得效率更高、质量更高的种子细胞或功能细胞,进而用于再生医学、疾病建模和药物筛选。此外,就小分子本身而言,其中一部分小分子或小分子鸡尾酒可以提高细胞的可塑性,故可用于向损伤部位进行局部用药,通过刺激细胞再生来实现治疗目的。同时,基于细胞重编程原理衍生的抗衰老应用也很值得期待。 化学重编程有何不同? 细胞重编程,是细胞生物学和发育生物学的核心科学问题之一,近百年以来,该领域诞生了众多激动人心的划时代科技进展,比如克隆、诱导多能干细胞、化学重编程等。目前,人们对于细胞重编程分子机理的认知仍然存在很多不清晰的地方。虽然传统转录因子重编程和化学因子重编程的起点和终点是一致的,例如从皮肤细胞重编程到诱导多能干细胞(Induced pluripotent stem cell, iPSC)。但是,传统转录因子重编程和化学因子重编程两者之间的路径却不尽相同。打个比方,一个人从杭州到北京,既可以通过京杭大运河坐船到达,也可以乘飞机或坐高铁。转录因子重编程,采用直接过表达外源多能性转录因子的方式,比如 Oct4、Sox2、Klf4、c-Myc 等转录因子。这些转录因子具有结合 DNA 能力,会结合到基因组的很多位点,从而能够关闭起始细胞的基因表达网络,同时能激活内源的多能性基因表达网络,进而实现 iPSC 的诱导。而化学重编程使用的是靶向信号通路、表观遗传和细胞代谢的化学小分子组合,借此模拟外界环境的刺激,进而逐步激活内源多能性基因表达网络。当利用这种手段时, 细胞的命运重塑较为曲折。也有观点认为,化学重编程与蝾螈等肢体再生过程十分类似。 而该团队提出的快速化学重编程(Fast chemical reprogramming, FCR)体系,其基于更加精准动态的诱导方式,总共采用 6 步法。当采用这种方法时,该课题组观察到很多早期发育相关基因会被激活,进而参与目标细胞的基因激活、以及细胞命运的转换过程,这一过程更加类似于发育程序的细胞身份转变。 化学重编程发展现状如何? 从技术角度而言,化学重编程已被证明是可行的,并且能够用于不同胚层来源细胞或用于不同遗传背景的细胞。而该团队此次提出的新方法,首次实现并证明化学重编程在速率上能够接近传统转录因子重编程。从机制角度而言,此前已有研究报道过化学重编程的单细胞转录组数据或表观组数据。而本次研究则系统性地整合了转录组学、以及包括多个组蛋白修饰和 DNA 甲基化修饰的表观组学数据,从宏观层面为化学重编程机制研究打下了基础。然而,由于小分子靶点的多样性以及细胞命运重塑的复杂性,多个小分子组合到底以怎样的方式产生协同作用?以及如何正确地将细胞引向多能性重编程?对于背后的具体机制,学界依然不甚清晰。目前,化学重编程实验的对象主要是小鼠成纤维细胞,所以该类实验需要在细胞水平进行。由于技术原因、以及动物体内环境的复杂性,当前很难在动物体内实现精准的小分子组合靶向递送。有意思的是,早年已有学者利用转录因子,在小鼠体内进行部分重编程。另有学者利用病毒载体向小鼠眼部,以特异性的方式实现重编程因子瞬时过表达,从而成功逆转小鼠视网膜神经细胞的衰老,并恢复了衰老小鼠和青光眼小鼠的视力,证明多能性重编程本身具有激活细胞潜能的作用。那么,类比到化学重编程,或许也能针对衰老或损伤部位,以药物组合靶向递送的方式,来增加细胞的可塑性,从而刺激细胞再生,进而实现原位组织再生。 从国内到国外,跨越 15 年的一系列研究 事实上,早在 2008 年即在诱导多能干细胞(iPSC)技术诞生不久之后,祝赛勇就投身到细胞重编程的化学小分子筛选之中,并于 2010 年在 Cell Stem Cell 上发表论文,率先报道了利用单个转录因子和小分子组合实现细胞重编程的成果。2015 年,回国建立独立实验室之后,他立马搭建实验平台,就是希望能够建立高效、快速的化学重编程。 2016 年,刚启动筛选测试的时候,他和团队就遇到一个棘手难题。实验所需的细胞严重不足,于是他们赶紧从外部公司购买 Oct4-GFP 小鼠。然而当他们第一次取出成纤维细胞并进行化学重编程时,却几乎没有出现荧光,这让课题组既着急又困惑。一开始,他们怀疑是技术不稳定的原因。后来,才发现相比 OG2 品系小鼠,Oct4-GFP 品系小鼠由于报告基因拷贝数较少的原因,因此荧光会弱很多。但在当时他们已经开始进行大规模小分子筛选,原有的 OG2 成纤维细胞数量告急,眼看着课题即将停滞。后来经过多方努力,他们才解决了细胞来源问题。时间很快来到 2018 年,当时课题已经取得了不错进展。这时,重编程的优化已经接近 14 天。与此同时,也面临竞争压力。“好在课题组一起积极调整心态,坚持自己的步伐,又经过一年的筛选和优化,建立了时间周期为 12 天的体系。这时,大家反而沉下心,又花了大半年时间,尝试了所有能做的测试和优化,才建立了目前时间周期最快为 1 周的 FCR 体系。”祝赛勇说。 2019 年,在 FCR 系统构建成功之后,课题组成员非常好奇系统之中具体发生了什么。为此,他们先是进行了转录组测序。可是,在对转录组测序进行常规分析之后,还是一直理不出头绪。于是,在对重编程过程中的转录组数据进行两两比较之后,他们意外发现 FCR 后期经历了一个“滞育”类似状态。胚胎滞育,是指哺乳动物的胚胎在应对外源环境或激素作用下,发生胚胎的新陈代谢减缓甚至停滞,期间伴随着胚胎植入的滞后。而在退出滞育状态之后,胚胎仍然可以正常发育成为完整个体。此次研究发现:在 FCR 后期细胞的基因表达模式,类似于体内滞育囊胚的基因表达模式,包括下调与细胞分裂和蛋白质合成的相关通路。实验中,课题组证明 FCR 后期细胞的 DNA 和蛋白质的合成速率显著下调,这证明了滞育类似状态的存在。有趣的是,在对相关数据进行对比之后,他们发现滞育类似状态是 FCR 后期一种独特的状态。当对滞育类似状态进行抑制之后,则会导致重编程效率的显著下降。 此后,如何分析和关联大规模多组学数据成了最大的难题。2021 年底,经过所有组员的努力终于发现了 H3K9me3 修饰的独特之处,并分析得出如下结论:H3K9me3 会抑制多能性相关的 ERV,从而调控重编程的机制。H3K9me3,是一种可以抑制细胞多能性重编程的异染色质修饰。然而,以往关于 H3K9me3 在细胞重编程的研究,主要集中于研究它对基因的调控作用。而在本次研究之中,他们发现 H3K9me3 主要能够修饰基因组上 ERV 富集的基因稀疏区域。通过一番筛选,他们找到多个受到 H3K9me3 抑制的多能性相关 ERV,这些 ERV 在 FCR 后期会被显著激活。 实验中,该团队进一步证明 H3K9me3 会通过抑制多能性相关 ERV,从而形成重编程的障碍。这一机制的发现,再次说明在细胞命运转变过程之中,表观遗传修饰可以通过调控 ERV 表达,从而影响细胞身份的建立。此外,通过研究化学重编程的全过程,该团队提供了高质量的转录组学数据和表观组学数据。通过这些数据他们系统性地描绘了 FCR 过程中细胞基因表达动态和表观遗传动态。 再生研究,永无止境 除本次成果之外,该团队在过去也积累了不少其他成果。课题组还表示:“近年来,我们实验室深耕化学重编程领域,在 Nature Cell Biology、EMBO J、PNAS 上连发多篇论文。下一步我们将集中精力,针对在这些研究中最新筛选的多个小分子,对其作用机制进行探究。”与此同时,该团队在干细胞基因编辑和胰岛前体细胞高效扩增及分化(ePP-islet)上也取得了一些进展,相关论文此前相继发表在 Science 子刊和 Nature 子刊。在这一系列研究中,课题组采用了多种筛选方法,一方面他们参考已有文献中报道的小分子,另一方面则大规模地自行筛选小分子文库。 目前,利用直接模仿转录因子的方法,来设计化学小分子依旧比较困难。不过,利用化学小分子直接或间接调控转录因子,是一个可行的有效方案。例如,利用小分子可以直接激活内源转录因子,从而促进化学重编程。在实践中,尽管广谱盲选的手段既耗时又耗力,不过这依然是目前比较有效的手段,并能帮助发现一些有趣的分子机制。未来,随着人工智能、虚拟筛选等新技术的发展,必将助力实现通量更高、效率更高的小分子高通量筛选。可以想象的是,将来只需从病人身上取少量血液细胞,利用快速化学重编程技术,即可将其转变成可无限扩增的种子细胞,甚至可以通过基因编辑技术进行改造,再定向分化到具备生理功能的胰岛,从而有望治愈糖尿病。 整体来看,细胞重编程是一个非常神奇的生物学过程,蕴含着无限潜能,但是仍有很多未解的奥秘。再生和返老还童,是古老而又永恒的人类梦想与追求,这条道路永无止境,等待科学家们进一步的探索。 本文内容转载自“ DeepTech深科技”微信公众号。 原文链接: https://mp.weixin.qq.com/s/LfOTtL5bwFfXJN2UWzSHaQ
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    • 近日,中国科学院广州生物医药与健康研究院研究员Ralf Jauch课题组建立了一种人工进化重编程转录因子的筛选平台,以促进诱导多能干细胞的生成。 体细胞重编程技术可为再生医学提供充足细胞来源,在研究与医疗领域有广阔应用前景,但重编程的诱导效率有待进一步提高。Ralf Jauch 课题组将蛋白质工程和细胞重编程结合,设计并筛选出功能增强的、可加速体细胞重编程的蛋白因子。 该研究在培养皿中培养出来自皮肤、血液或尿液等不同组织的体细胞,在这些体细胞中引入分子开关以打开或关闭重编程相关基因,可将这些细胞重新编程到多能性状态。该课题组以往发表的文章展示了如何操纵这些转录因子开关分子来改善甚至开关其重编程功能。在这项新研究中,研究人员在这些分子的关键位点引入随机化突变,生成由数千个突变转录因子组成的文库。这些突变文库被引入到细胞中,通过竞争选择出比野生型转录因子更快、更有效地诱导多能性的突变体。利用这种方法,研究人员发现了数十种人工进化和增强的重编程因子。这些转录因子比传统的转录因子在诱导体细胞重编程上表现更加优异。该研究开发出一种增强转录因子功能的新技术,为提高体细胞重编程效率提供了新途径。课题组计划进一步开发这项技术,以实现体细胞之间的直接相互转化,并将这些细胞应用于再生医学。 相关研究成果发表在Stem Cell Reports上,博士研究生Veeramohan Veerapandian为第一作者。该研究得到了中国科学院、科技部、广东省、国家自然科学基金委等的资助。(生物谷Bioon.com)