在植物支系的分类中很少有像仙人掌一类很难被区分与归类证明。部分原因可能是由于异常高水平的基因收敛性和平行进化（即趋同性）所导致的。因此，为了更好地在分子水平上肯定系统发育假说的正确性，我们对富有争议问题的鹿角柱属（Pachycereeae）部落中四种支系仙人掌进行了基因测序，其中包含墨西哥和毗邻地区的大部分大柱状仙人掌，以及索诺兰沙漠具有标志性的树形仙人掌（Carnegiea gigantea）。于是，我们在树形仙人掌中组装了一套覆盖范围广的基因组，并为三个其他种属摩天柱形（Pachycereus）、鸡冠柱型（Lophocereus）和新绿柱形（Stenocereus）以及一个更远的外群仙人掌—叶仙人掌（Pereskia）组装了一套低覆盖率的基因组。我们通过使用这些基因组来构建4,436直系同源基因序列。通过物种树推断，可以得到相一致的系统发育结果，但是其基因树的推断结果中不一致性较高：具有至少90％自举支持的基因树的37％与物种树相冲突。显然，不一致是长世代和中等有效种群大小的产物，导致大量的不完全谱系分选（ILS）。在最受支持的基因树中，物种树中58％的同源氨基酸位点的表观同质性是由于基因树与物种树结果的不一致，而不是基因树本身的平行置换所产生的，这种现象被称为“hemiplasy”。另外，高水平的基因组不一致性的发生可能会导致表型性状的表观平行性，这可能混淆对仙人掌物种关系和性状演化的理解。
