尽管陆地棉(Gossypium hirsutism L.)起源于热带地区,但由于在驯化过程中积累了大量的表型和生理适应性,这种早熟棉可以在中国北方46°N的地方种植。然而,如何通过强大的人工选择来改变早熟棉的基因组仍是未知之数。在此,我们报道了由436个陆地棉材料重测序生成的棉基因组变异图谱。全基因组扫描确定了357个假定的选择扫描,覆盖了陆地棉花基因组的4.94%(112Mb),包括5184个基因。这些基因与花期调控、激素分解代谢、衰老和防御反应对环境变化的适应等功能相关。一项针对七个早熟性状的全基因组关联研究(GWAS)发现了307个显著遗传位点,其中22.48%(69)与人工选择中发生的假定选择扫描重叠。GWAS鉴定了几个与早熟相关的先前未被描述的候选基因。本研究为了解陆地棉早熟的遗传基础和棉花改良育种资源提供了依据。