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《了解如何利用XML实现期刊可发现性和保存》

  • 来源专题：图书情报
  • 编译者： luoluo
  • 发布时间：2023-02-03
  • 将期刊文章存放到相关的学术索引和档案中，为扩大其可发现性和声誉，同时确保长期的内容保存提供了宝贵的机会。索引和档案是有价值的分发渠道，而纳入选择性的（例如，PubMed Central）表明了研究质量。您可能听说过可扩展标记语言（又名.XML），这是学术数据库用于摄取内容的主要机器可读格式之一，并想知道这是否是实现期刊索引和存档目标所必需的。

    参与网络研讨会了解：索引和存档使用的不同类型的XML（概述期刊文章标签套件，又名JATS格式）；生成文章级元数据和/或全文XML如何通过示例帮助发掘期刊检索和归档机会；XML对期刊可访问性以及出版计划和专业发展的其他好处；何时需要 XML，以及何时可能不是日志资源的最佳用途；生成XML的方法，包括Scholastica数字优先生产服务的概述等。

    详情访问：https://www.diglib.org/free-webinar-learn-how-to-leverage-xml-for-journal-discoverability-and-preservation/

  • 原文来源：https://www.diglib.org/free-webinar-learn-how-to-leverage-xml-for-journal-discoverability-and-preservation/
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  • 《研究发现超过75％的海洋生物可发光》
    • 来源专题：中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
    • 编译者：mall
    • 发布时间：2017-04-22
    • 大多数人可能见过深海鮟鱇鱼的照片：利用本身肉质的发光体，引诱猎物靠近嘴部，其发光体是一种通过细菌产生的生物性光源。 这些海洋生物发光现象曾被认为是罕见的，而最近Scientific Reports期刊发布的一项新研究，对深海生物发光（Bioluminescence）现象进行了第一次定量分析研究。结果显示，生活在海洋表层及到4000米深度的海洋生物中，超过四分之三的海洋生物都存在发光现象，包括鱼类、水母、虫类（如深海螺旋虫）、透明动物、甲壳类动物、鱿鱼和章鱼等。其中一部分海洋生物像鮟鱇鱼一样，依靠光细菌发光，但大多数海洋生物则像水母一样通过化学作用发光。 深海中的发光现象有很多作用，比如可以狩猎、警告掠食者或吸引伴侣。科学家解释说，这项发现使得海洋中的生物发光现象成为一个“生态特征”，这个特征是生活在深海中的大多数生物都应该具备的。 （刘雪雁 编译）
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  • 《Nature：新研究发现9种新的冠状病毒》
    • 来源专题：生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者：hujm
    • 发布时间：2022-02-20
    • 在一项新的研究中，来自加拿大、法国、俄罗斯、西班牙、美国和德国的研究人员重新分析了所有公开的RNA测序数据，发现了比以前已知的RNA病毒多出近10倍的病毒，包括在一些意想不到的地方发现的几种新的冠状病毒。这个全球规模的RNA病毒数据库可以帮助快速识别病毒外溢到人类，以及那些影响牲畜、作物和濒危物种的病毒。相关研究结果于2022年1月26日在线发表在Nature期刊上，论文标题为“Petabase-scale sequence alignment catalyses viral discovery”。论文通讯作者为加拿大独立研究员Artem Babaian博士。 Babaian博士是Serratus项目合作的幕后推手。Babaian说，与云创新中心（加拿大英属哥伦比亚大学和亚马逊网络服务之间的公共/私人合作）合作，Serratus项目能够在亚马逊网络服务上建立一台“极其强大”的超级计算机，其功率相当于22500个CPU。 这台超级计算机读取了来自世界各地570万个生物样本的2000万GB（gigabyte, 千兆字节）的公开基因序列数据，寻找表明存在RNA病毒的特定基因。这些样本已经收集了13年，并在世界研究界内自由分享，包括从冰芯样本到动物粪便的一切样本。 Serratus项目的研究人员发现了132000种RNA病毒（以前只知道15000种）和9种新的冠状病毒。Babaian估计，如果没有云创新中心和亚马逊网络服务，传统的超级计算机需要花费一年多的时间和几十万美元来完成这项分析所需的2000年的CPU时间。Serratus项目在11天内花费24000美元完成了这一任务。 Babaian说，“我们正在进入一个了解自然界中病毒的遗传和空间多样性的新时代，以及各种各样的动物如何与这些病毒接触。我们希望是如果像SARS-CoV-2---导致COVID-19的冠状病毒---之类的病毒再次出现，我们不会措手不及。这些病毒可以更容易地被识别，并且可以更快地找到它们的天然病毒库。真正的目标是这些感染被及早识别，以至于它们永远不会成为大流行病。如果一名病人出现不明原因的发烧，一旦对血液进行测序，你如今可以将人类中的未知病毒与现有病毒的更大数据库联系起来。例如，如果一名病人在圣路易斯市出现了来源不明的病毒感染，你如今可以在大约两分钟内通过这种数据库进行搜索，并将这种病毒与例如2012年在撒哈拉以南非洲取样的一只骆驼联系起来。” 32岁的Babaian之前一直在加拿大英属哥伦比亚省癌症研究中心进行癌症基因研究，当COVID-19大流行病发生时，他转换了研究方向。Babaian说，这项新的研究是作为一个“有趣的副业”开始的，始于2020年3月3日，当时他和他的登山伙伴朋友---英属哥伦比亚大学工程系学生Jeff Taylor---“在一张餐巾纸的背面”勾勒出了这个想法。他指出，“我应该保留那张餐巾纸。” Babaian不久后向英属哥伦比亚大学的云创新中心（Cloud Innovation Centre）寻求帮助。Serratus项目，以英属哥伦比亚省Tantalus山脉的Serratus山命名，他和Taylor在2020年的一次攀登中看到了这座山，于是发起了这个项目。 Babaian回忆说，当第一批研究结果开始在他的笔记本电脑上闪现时，他正坐在他妻子的护理椅上，这表明Serratus项目不仅在工作，而且以几乎难以理解的速度产生数据。 他说，“这可能是我生命中最激动人心的科学时期。有两种类型的乐趣。第一类是微笑和开玩笑。第二类是当你在做这件事的时候很痛苦，但记忆却很闪亮，就像攀岩。在许多方面，Serratus项目是第二类乐趣。你只需要相信它会成功。” Babaian说，如果没有英属哥伦比亚大学云创新中心的支持，他不可能完成这项研究。他说，“云创新中心确实在那里为我们打开了大门。我们有一个想法，他们从他们的网络中带来了专家，使其成为现实。如今，全球社会可以从所有这些以前未被利用的研究中受益。” 英属哥伦比亚大学云创新中心主任Marianne Schroeder说，“Babaian带着一个创新的愿景找到了我们。英属哥伦比亚大学云创新中心的力量在于，我们将英属哥伦比亚大学的内部创新和技术团队与亚马逊网络服务的团队配对。我们非常荣幸能够支持这一愿景的实现；协助为复杂问题找到技术解决方案是我们的工作。” 参考资料： Robert C. Edgar et al. Petabase-scale sequence alignment catalyses viral discovery. Nature, 2022, doi:10.1038/s41586-021-04332-2.
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