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《让Omicron变异株无处潜逃！一次扩增，双重覆盖！华大智造ATOPlex V3.0 + DNBSEQ测序平台联合出击》

  • 来源专题：生物安全知识资源中心—领域情报网
  • 编译者： hujm
  • 发布时间：2021-12-01

  • 目前，超强新冠病毒变异株Omicron（B.1.1.529）在全球快速蔓延，为疫情防控监测系统带来了巨大挑战。华大智造ATOPlex V3.0试剂盒能够稳定地制备覆盖毒株全长序列的测序文库，搭配DNB测序和分析系统即可分型所有流行毒株。从Alpha到Omicron，只需一套建库试剂，就可针对新型毒株提供简单有效的监测。

    超强毒株来袭 挑战疫情监测系统

    截止日前，新冠疫情造成超过2.6亿人感染，超500万人死亡。WHO发布的数据显示，世界疫情已经经历了三波高峰。11月11日，就在全球普遍认为第三波疫情持续放缓之时，最新变异毒株B.1.1.529超越正在流行的优势株Delta毒株，成为了最新的强势毒株，该毒株被WHO命名为Omicron。根据Nextclade最新的数据，Omicron变异株包含61个氨基酸突变，对应到核酸序列上有50个新型变异，包括6个缺失突变和44个碱基替换突变（https://covariants.org/variants/21K.Omicron）。其中，刺突蛋白上有30多个突变，包括关键部位ACE2受体RBD区域的10个突变，很可能影响到现有疫苗的疗效。

    目前，基于多重PCR的测序技术是新冠毒株监测的主流技术，从Alpha到Beta，到Delta，再到最新的Omicron，新冠病毒不断变异，每次变异都给以PCR技术为基础的测序监测技术带来了巨大的挑战。

    ATOPlex V3.0实现双重覆盖全长基因组，从容应对毒株变异

    基于多重PCR核心技术，华大智造ATOPlex平台推出V3.0版建库试剂盒应对疫情挑战。ATOPlex V3.0试剂盒采用双保险引物设计，在一次实验中同时对病毒基因组进行2次扩增，任意一管都可以扩增出接近新冠全长序列，有效降低由于病毒突变带来的失败风险。

    如上图所示，Pool1和Pool2两套不同引物池分别扩增一个完整的新冠全基因组，从而有效降低由于毒株突变带来的引物扩增失败的风险，为持续有效地检测新型未知突变株提供有力保障。

    华大智造在第一时间拿到Omicron序列后就完成了对ATOPlex试剂盒的溯源性能评估，ATOPlex V3.0建库试剂盒联合DNBSEQ测序系统能够有效对Omicron毒株进行分析，基因组覆盖度超过99.2%，在鉴定新型突变的同时获取完整基因组序列。

    华大智造从疫情初期开始，就一直致力于为疫情监测系统提供最新、最优的工具，并帮助多个城市和地区在第一时间确认新冠变异毒株的分型，如Alpha、Delta等。11月29日，华大智造帮助瑞典公共卫生局合作的卡罗林斯卡医学院国家疫情中心完成首例Omicron的监测。

    ATOPlex V3.0联合DNBSEQ测序和分析系统，快速应对疫情监测

    ATOPlex V3.0联合DNBSEQ测序系统，在18小时内就能完成毒株全基因组组装和分型工作，帮助公共卫生监测系统快速、持续地对新冠变异情况进行跟踪。

    华大智造密切关注新冠突变情况，自疫情暴发初期开始，就通过核心产品基因测序仪和自动化设备为全球70余个国家疫情防控提供工具支撑。随着疫情的不断变化，华大智造将持续更新和优化包括建库测序系统在内的产品及平台，为新型突变和疫情监测提供更有力的工具保障，助力全球抗疫！

  • 原文来源：https://news.bioon.com/article/6793633.html
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  • 《共同抗疫 | 华大智造测序平台助力国内发现首例“Omicron BA.5”变异株》
    • 来源专题：生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者：hujm
    • 发布时间：2022-05-31
    • 5月28日，《中国疾病预防控制中心周报（China CDC Weekly）》在线报告了内地首例输入性新型冠状病毒关注变体（VOC）奥密克戎变异株BA.5(Omicron subvariant BA.5)的测序结果。该变异株采用华大智造DNBSEQ平台MGISEQ-200RS进行测序，基因分型显示与南非上传的一个序列（GISAID ID：EPI_ISL_12713186）密切相关。目前BA.5变异株已传播至全球19个国家（共2,614个序列提交给GISAID），暂无详细数据报道其对公共卫生的影响，需要持续监测和评估以进一步阐明其特点和影响。 首次输入内地，Omicron BA.5序列获破译 2022年4月27日，从荷兰阿姆斯特丹起飞的KL857国际航班抵达上海市浦东国际机场，在常规隔离过程中一名乘客被报告为新冠核酸检测阳性并被诊断为轻症病例，并于5月13日使用华大智造MGISEQ-200RS进行测序。基因分型分析显示患者感染了新型冠状病毒关注变体奥密克戎变异株BA.5(VOC/Omicron BA.5)，与南非上传的一个序列（GISAID ID：EPI_ISL_12713186）密切相关（图1），有34个非同义突变发生在与BA.5的特征匹配的刺突基因中。 Omicron BA.5更加严重？ 证据不足仍需持续监测！ 目前Omicron VOC是全球流行的主要新冠变体，在Omicron谱系中BA.2及其后代谱系（名为BA.2.X的合并谱系）是主要变体（图2）。Omicron BA.5的序列于2022年3月15日首次上传到GISAID，样本来自2月25日在南非收集的患者鼻咽和口咽拭子。根据世卫组织新冠每周流行病学进展报告（2022年5月25日），BA.2.X、BA.4和BA.5的相对比例分别为94%、0.8%和1%。BA.4、BA.5和BA.2.12.1都在刺突区域和基因座S：L452具有特征性突变，在首次检测到它们的国家中的流行率有所增加。BA.4与BA.5最近几周在南非的流行率有所上升，并已在3个月内传播到包括葡萄牙、美国在内的另外19个国家（地区）。根据目前可用的数据，BA.4、BA.5和BA.2.12.1在曾发生BA.1流行的国家传播得更快；而在BA.2流行的国家发生病例较少，每个国家的疫苗接种程度也可能影响这些新兴的Omicron后代谱系。鉴于缺乏阐明表型差异的变化（例如严重程度）的证据，包括BA.5在内的所有Omicron后代谱系需要继续在Omicron VOC的体系下进行追踪。 基于DNBSEQ技术的靶向测序， 新冠VOC监测组合拳 实时关注新冠病毒VOC序列变化情况，并与流调数据结合评估毒力或临床表现的改变，能够为公共卫生及社会防疫措施，或疫苗、临床治疗有效性提供指导。华大智造基于DNBSEQ技术的靶向测序平台，满足现有所有新冠VOC和VOI毒株的检测需求，最快能在11个小时完成从样本到数据分析（全基因组比对、变异信息、毒株分型分析）的全流程。 华大智造基于DNBSEQ技术的新冠病毒靶向测序产品组合，已连续部署至超过10个新冠疫情热点地区，完成多种新冠VOC（Omicron BA.1、BA.2、BA.5，Delta）测序，测序结果表现优异，高效完成新冠溯源工作。 世卫组织与国家当局、机构和研究人员合作，定期评估 SARS CoV-2 变体是否会改变传播或疾病特征，或影响用于控制的疫苗、治疗、诊断或公共卫生和社会措施 (PHSM)的有效性疾病传播。根据对全球公共卫生构成的风险，定期评估潜在的关注变体(VOC)、感兴趣的变体 (VOI)或监测中的变体(VUM)。 注：文中涉及产品仅用于科研使用，不得用于临床诊断。 Hui Jiang, Changcheng Wu, Wenbo Xu, Hongyou Chen, Fanghao Fang, Min Chen, Chaonan Wang, Lingyue Yuan, Huanyu Wu, Zheng Teng, Jinyuan Guo, Yaxu Zheng, Xihong Lyu, Xuefei Qiao, Guizhen Wu, Wenjie Tan, Xi Zhang. First Imported Case of SARS-CoV-2 Omicron Subvariant BA.5 — Shanghai Municipality, China, May 13, 2022[J]. China CDC Weekly. doi: 10.46234/ccdcw2022.104 https://www.who.int/emergencies/diseases/novel-coronavirus-2019/situation-reports
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  • 《华大智造发布2019测序技术白皮书》
    • 来源专题：生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者：hujm
    • 发布时间：2019-06-24
    • 2019年6月21-23日，华大智造于北京举办“2019测序技术和应用高峰论坛”，超过200位基因测序领域的国内外行业内顶级专家学者、企业代表参与大会，共同关注测序技术和应用最新发展，探讨基因行业标准和数据规范，共建行业新生态，并进行一系列学术交流与技术培训。 在6月21日主论坛活动上，华大智造首席运营官蒋慧向全球发布《华大智造2019测序技术白皮书（MGI Techdocs： White Paper 2019）》，其着重介绍了在基因测序领域更高通量、更低成本、更快速度、更高准确性的技术实现路径，描绘出迈向“人人基因组”的“生命数字化”蓝图。 蒋慧博士回顾了测序技术二十年的飞速发展，高通量测序的应用场景已从医疗跨越到健康、环境、农业等多个领域，前景广阔，但也面临诸多挑战。她介绍，华大集团是全球领先的生命科学前沿机构，依托华大尖端的科学研究和创新能力，华大智造将在基因测序设备和前沿技术上持续战略投入，加速突破，为基因测序行业的带来积极探索与改变。 业内人士指出，测序技术白皮书的发布，显示出华大智造作为生命科技仪器领军企业在技术专利上的深厚积淀，也标志着我国企业在基因测序技术领域由追随接轨走向规划定标的引领之路，将推动整个生物基因测序行业的高质量发展、提升整个行业的技术实力，对我国基因产业发展起到重要推进作用。 据悉，此次发布的测序技术白皮书，详细介绍了华大智造拥有完全自主知识产权的基因测序技术。其中，DNBSEQTM相较业内传统的PCR测序方法，独有的纳米球技术具有高准确性、低重复序列率、低标签跳跃的重要特性，始终以原始DNA为模板进行“复制”， 避免扩增错误的累积。结合规则阵列载片的高信号密度，大幅提高检测的准确性，以实现最高效准确的大规模并行测序。针对业内测序普遍读长较短的缺点，华大智造研发新一代长片段建库技术stLFR (single tube long fragment reads)，实现常规手段无法实现的结构变异检测，极大降低了长片段文库构建的复杂程度和成本。 基于其自主测序技术DNBSEQ？和stLFR，华大智造在6月15日刚向全球发布了其定义的“高清”基因组“676”标准，开启了基因组测序的“全高清”时代。基于“676”标准的从头组装二倍体基因组数据，将基因组测序真正带入“全高清”时代，对于更全？和准确地获取遗传信息有里程碑式的突破意义，也将极大推动个性化医疗的发展。 此次技术白皮书亦介绍了其自主研发的国产生信分析加速器-MegaBOLT，自动化解决方案等，通过其全流程的设备系统，快速高效的数据处理分析能力，彰显其软硬件兼备的技术实力。 围绕“高通量多组学前沿研究进展”、“高通量动植物基因组学应用进展”、“高通量微生物基因组学应用进展”三大议题，10余位国内外专家、学者在2019 测序技术与应用高峰论坛进行了学术交流及互动。此外，本次论坛还针对“基因组测序——工具与应用”、“测序技术在下一个十年的应用转化与发展模式”等话题，邀请多位专家学者和企业嘉宾进行了深度探讨。
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