DNA甲基化是一种非常重要的表观修饰因子，参与异染色质的形成、转座子的沉默、基因表达的调控以及印迹基因的发生。在植物中，DNA甲基化主要发生在CG、CHG和CHH序列上（其中H代表非G的碱基类型），分别由MET1、CMT3和RNA指导的DRM2甲基转移酶来维持；同时，开花植物中还存在DNA的主动去甲基化过程，由DNA糖基化酶通过剪切修复机制实现。目前在植物中主要发现三类DNA糖基化酶即：DME，ROS1，DML2和3。因此，基因组最终的甲基化水平是由DNA甲基转移酶和去甲基化酶的活动共同决定。越来越多的证据显示DNA甲基化对种子发育和储存物质的生物合成具有重要的调控作用。
研究组对蓖麻胚和胚乳组织的基因组DNA甲基化及其生物学意义进行了深入研究，揭示了蓖麻种子基因组中CHH甲基化是主要的甲基化形式，和其它种子植物如拟南芥、水稻和玉米相比，蓖麻种子DNA甲基化图谱显著不同，暗示了植物种子基因组DNA甲基化式样的不保守性。特别是，和胚乳基因组CG和CHG低甲基化相比，CHH 的甲基化没有展示显著的低甲基化。进一步，结合DNA甲基化相关基因的表达以及调控DNA甲基化的small RNA的表达谱分析，研究揭示了蓖麻胚乳CG和CHG甲基化水平的下降，与MET1和CMT1甲基转移酶的表达抑制以及DME去甲基化酶的表达激活有关。而且胚乳中CG与CHG甲基化水平的下降与胚乳偏爱性基因的表达密切相关，而且研究发现这些基因广泛地参与了胚乳的发育过程。同时，研究发现胚乳中高丰度的CHH甲基化与24-siRNAs介导的RdDM途径以及DRM3甲基化转移酶的表达激活有关。该研究不仅崭新地揭示了双子叶胚乳型种子基因组甲基化的规律，而且为研究植物种子基因组甲基化的生物学意义提供了重要依据。
