《基因的剪刀 | 2020年诺贝尔化学奖授予CRISPR开发者》

  • 来源专题:科技大数据监测服务平台
  • 编译者: zhoujie
  • 发布时间:2020-10-13
  • 原文作者:Heidi Ledford & Ewen Callaway

    因开发了精准基因编辑技术,Emmanuelle Charpentier 和 Jennifer A. Doudna 共同获得了2020年诺贝尔化学奖。

    两位开创了革命性基因编辑技术CRISPR的科学家获得了今年的诺贝尔化学奖。

    诺贝尔委员会选择了目前在柏林马克斯·普朗克病原体科学研究所(Max Planck Unit for the Science of Pathogens)工作的Emmanuelle Charpentier 和加州大学伯克利分校的Jennifer Doudna,这使多年来关于谁将因开发CRISPR-Cas9基因编辑工具而获得诺奖的猜测尘埃落定。这项技术允许对基因组进行精准编辑,自本世纪10年代问世以来,它已经“席卷”了全世界的实验室。它有无数的应用:研究人员希望用它来改变人类基因以消除疾病,培育更顽强的植物,消灭病原体等等。

    Jennifer Doudna和Emmanuelle Charpentier因为发现了一项革命性的基因编辑技术而荣获2020年诺贝尔化学家。来源:Alexander Heinel / Picture Alliance / DPA

    诺贝尔化学委员会成员、生物物理化学家Pernilla Wittung Stafshede在宣布获奖时表示:“可以在你想要的地方切割DNA的能力已经彻底改变了生命科学。这把‘基因剪刀’八年前才被发现,但已经极大地造福了人类。”

    Doudna 和 Charpentier 以及她们的同事做了重要的早期工作来表征这个系统,但是其他几位科学家也被认为是CRISPR发展的关键贡献者,并已被其他一些知名奖项认可。他们中包括麻省理工学院博德研究所、哈佛大学的张锋,马萨诸塞州波士顿哈佛医学院的George Church,以及立陶宛维尔纽斯大学的生物化学家Virginijus Siksnys( 见“CRISPR的众多先驱”)。

    Doudna “当时真得睡得很熟”,直到被手机的嗡嗡声吵醒。她接到了一位《自然》杂志记者的电话,是他把获奖的消息告诉了她。Doudna说:“我在夏威夷的一个小镇上长大,我从来没有想到会发生这样的事情。我真的很震惊,我完全惊呆了。”

    Doudna说:“我知道有许多了不起的科学家永远也得不到这个奖,理由并不是他们不够优秀。我真的自感惭愧。”

    诞生自细菌

    CRISPR是“规律间隔成簇短回文重复序列”(clustered regularly interspaced short palindromic repeats)的缩写,它是一种微生物的“免疫系统”,细菌和古菌或原核生物利用它来防止噬菌体病毒的感染。CRISPR系统的核心是让原核生物能够精确识别与噬菌体或其他入侵者相匹配的基因序列,并利用特殊的酶对这些序列进行有针对的销毁。

    之前的工作已经明确了这些酶是CRISPR相关蛋白(Cas),包括一种被称为Cas9的酶。但是原先在维也纳大学,后来去了瑞典Umeå 微生物研究中心工作(Umeå Centre for Microbial Research)的Charpentier在研究可致人类疾病的化脓性链球菌(Streptococcus pyogenes)时,发现了CRISPR系统的另一个关键成分,一种参与识别病毒序列的RNA分子。

    Charpentier在2011年报告了这一发现,并在那一年与Doudna展开了合作。在2012年发表在《科学》杂志上的一篇具有里程碑意义的论文中,二人将CRISPR-Cas9系统应用于试管实验中,并表明该系统可以被编程来切断分离出来的DNA中的特定位点。她们的可编程基因编辑系统激发一股在医学、农业和基础科学领域的应用潮——对CRISPR不断进行调整和改进并去发现其他基因编辑工具的工作仍在继续。

    曾在Doudna实验室做博士后,并且是那篇重要的《科学》杂志论文的共同第一作者之一,现苏黎世大学(University of Zurich)生物化学家Martin Jinek表示:“那时候我们希望我们能真正将这一项发现转化为重写细胞和生物体遗传密码的技术。但当时我们没有意识到的是,这项技术被同行们迅速采用,然后又以飞快的速度被向前推进。”

    CRISPR的众多先驱

    没有Francisco Mojica,CRISPR就不会存在。这位来自西班牙阿利坎特大学的微生物学家帮助命名了该系统。1993年,Mojica在古菌Haloferax的基因组中发现了特殊的重复DNA序列。他后来证明,类似的序列在原核生物中广泛存在,并且与噬菌体(感染细菌的病毒)中的遗传物质相匹配。

    2005年,Mojica推测这些序列是一个微生物的免疫系统的一部分。Mojica和荷兰乌得勒支大学的Ruud Jansen一起提出了这个现已获得诺贝尔奖的首字母缩略词:CRISPR,规律间隔成簇短回文重复序列的缩写。由于在CRISPR方面的工作,Mojica在2017年与Charpentier、Doudna、张锋和Luciano Marraffini(纽约洛克菲勒大学)分享了价值50万美元的奥尔巴尼医学中心医学奖(Albany Medical Center medicine prize)。

    Doudna和 Charpentier 并不是唯一认识到CRISPR系统可以被编程去切断其他DNA片段的科学家。2012年,就在这对搭档发表了她们的实验,表明CRISPR-Cas9系统可以切断分离出来的DNA的时候,立陶宛维尔纽斯大学生物化学家Virginijus Siksnys领导的团队展示了如何指示Cas9酶去切断预先定义好的DNA序列。2018年,Siksyns与Doudna和Charpentier一起分享了卡夫利纳米科学奖(Kavli Prize in Nanoscience)。

    诺贝尔委员会决定不把张包括在内令人意外。这位遗传学家被普遍认为最有可能因CRISPR与Charpentier和Doudna共同获得诺贝尔奖。2013年初,张的团队在《科学》杂志上发表了一篇论文[1],对CRISPR-Cas9系统进行了改进,以在人类和小鼠细胞中进行精准的基因组切割。大约同一时间段,Church的团队也发表了切割人类细胞DNA的工作。

    韩国大田基础科学研究所的基因工程师Jin-Soo Kim是将CRISPR基因组编辑技术应用在各种不同的细胞中的第一批研究人员之一。他表示,尽管他兴奋于诺奖的公布,但是他对于盐湖城犹他大学生物化学家Dana Carroll被忽视感到惊讶。早在CRISPR出现之前,Carroll就开发出了利用其他酶(锌指核酸酶)编辑基因组的方法。

    尽管CRISPR比锌指核酸酶更容易使用,Kim说他认为Carroll是基因组编辑领域的奠基者。他说:“毫无疑问,Doudna和 Charpentier 值得认可。但如果没有通过锌指核酸酶进行基因组编辑的演示,没有多少人能够想象CRISPR-Cas9的应用。”

    商业化的竞赛

    在不到10年的时间里,研究人员利用CRISPR-Cas9开发了基因编辑的作物、昆虫、遗传模型和实验性的人类疗法。使用该技术治疗镰状细胞贫血、遗传性失明和癌症的临床试验正在进行中。Doudna、Charpentier和其他一些同行已经成立了一代生物技术公司,旨在开发这项技术,以实现这些目标。

    但这项技术也引发了争议——尤其是它在人类细胞方面的新兴应用。2018年11月,中国生物物理学家贺建奎宣布,他和同事利用CRISPR-Cas9编辑胚胎,最后诞生了一对双胞胎女孩。这条新闻引发了强烈抗议:编辑胚胎引发了一系列伦理、社会和安全方面的担忧,很快世界各地的众多研究人员纷纷谴责了贺的工作。

    今年9月,一个由美国和英国主要的科学协会召集的国际小组再次得出结论,认为这项技术还没有准备好用于要去植入的人类胚胎。

    这项工作还引发了一场激烈的专利之争——主要发生在博德研究所和加州大学伯克利分校之间——关于谁拥有CRISPR-Cas9基因组编辑这一利润丰厚的知识产权的争论一直持续到今天。

    尽管如此,Church还是同意该奖项的分配方式。虽然他为他的实验室和张的实验室所做的工作感到自豪 —— 他们将该系统应用到了哺乳动物细胞中,为此打开了建模和潜在治疗人类疾病的大门——但是Church认为他的工作更应该算作工程和发明,而不是科学发现。他说:“我认为这是一个很好的选择。”

    遗传学家、美国国立卫生研究院院长 Francis Collins表示,选出一项发现来颁奖总是很困难的。他说:“事实上,没有什么东西是凭空而来的。当你仔细研究任何科学发现去决定选谁谁谁获奖时,总是非常困难的。”

    但是CRISPR-Cas9基因编辑的一个独特方面是这项技术的易用性和多功能性,Collins补充到,“CRISPR-Cas让这项技术更容易被接受。所有我知道的分子生物学实验室没有一个不开始使用CRISPR-Cas技术的了。”

    参考文献:

    1.Jinek, M. et al. Science 337, 816-821 (2012).

    原文以 Pioneers of revolutionary CRISPR gene editing win chemistry Nobel为标题发表在 2020年10月7日的《自然》新闻版块

    © nature

    doi: 10.1038/d41586-020-02765-9

  • 原文来源:https://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzAwNTAyMDY0MQ==&mid=2652580719&idx=1&sn=5513c6b1a0d94a04937c7cfb3da9bd73&chksm=80cc85e1b7bb0cf7a49183353bef083c1c84755a61899736086561a709180e83374b295b7b2b&mpshare=1&scene=23&srcid=10130xODvVYveiJzThZSL4km&sharer_sharetime=1602549077780&sharer_shareid=9e8fc1f0c4813654867c146bb6c9bb7e#rd
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    • 2020年10月7日,瑞典皇家科学院已决定将2020年诺贝尔化学奖授予德国马克斯·普朗克病原学研究所的Emmanuelle Charpentier博士以及美国加州大学伯克利分校的Jennifer A. Doudna博士,以表彰她们在基因编辑领域的贡献。 关于两位科学家 Emmanuelle Charpentier,1968年出生于法国奥尔维河畔尤维斯。1995年获得法国巴黎巴斯德研究所博士学位,目前为马克斯·普朗克病原学研究室主任。Jennifer A.Doudna,1964年生于美国华盛顿特区。博士1989年毕业于美国波士顿哈佛医学院。美国加州大学伯克利分校教授,霍华德·休斯医学研究所研究员。 2002年, Emmanuelle Charpentier在维也纳大学成立自己的研究小组时,她专注于对人类造成最大影响的病原体之一:化脓性链球菌。每年,化脓性链球菌感染数以百万计的人,常见症状包括扁桃体炎和脓疱在内,往往容易治愈。但是,它也可能破坏体内的软组织,并且导致危及生命的败血症的发生。为了更好地了解化脓性链球菌,Charpentier希望彻底研究这种细菌的基因是如何进行调控的。这项决定成为了基因编辑技术的起点。 2006年,Jennifer Doudna博士领导的加州大学伯克利分校研究小组正致力于 “RNA干扰” 现象的研究。多年以来,研究人员一直认为他们已经掌握了RNA的基本功能,但此后突然发现了许多新型的小RNA分子,它们有助于调节细胞中的基因活性。 细菌的古老的“免疫系统” Doudna博士的同事,一名微生物学家,无意间向Doudna讲述了一项新发现:当研究人员比较差异极大的细菌以及古细菌的遗传物质时,他们发现其中的DNA重复序列保存得非常好。相同的代码一遍又一遍地出现,但是其中又有不同的序列。就像在书中的每个句子之间重复相同的单词一样。 这些重复序列称为“成簇的规则间隔的短回文重复序列(clustered regularly interspaced short palindromic repeats)”,缩写为CRISPR。由于CRISPR中独特的非重复的序列似乎与各种病毒的遗传密码相匹配,因此研究者们认为这是细菌的古老免疫系统的一部分,可以保护细菌和古细菌免受病毒侵害。如果细菌成功地抵抗了病毒感染,它会将一部分病毒的遗传密码添加到其基因组中,作为对感染的记忆。 虽然还没有人知道其中的分子机制,但当前的基本假设是:细菌通过RNA干扰的机制达到中和病毒的目的。 复杂的分子机制图谱 如果细菌被证明确实存在古老的免疫系统,那么将会成为科学界很重要的发现,为此Doudna博士的好奇心开始生起,并且开始学习有关CRISPR系统的一切知识。 事实证明,除CRISPR序列外,细菌内部还存在一种被称为CRISPR相关,缩写为cas的特殊基因。Doudna博士发现这些基因与编码专门用于解链和切割DNA的蛋白质的基因非常相似。那么Cas蛋白是否具有相同的功能,它们能否切割病毒DNA就成为了新的问题。 几年后,Doudna博士领导的研究小组成功地揭示了几种不同的Cas蛋白的功能。同时,该系统也陆续被其它研究小组发现。细菌的免疫系统可以采取非常不同的形式。下图展示了不同类型的 CRISPR / Cas系统工作机制。Doudna博士所研究的CRISPR / Cas系统属于1类;这是一个复杂的机制,需要许多不同的Cas蛋白来清除病毒。第2类系统非常简单,因为它们需要的蛋白质更少。在世界的另一边, Emmanuelle Charpentier博士刚刚遇到了这样的系统。 CRISPR系统的难题 Emmanuelle Charpentier早期居住在维也纳,但在2009年,她移居到瑞典北部的Umeå大学,拥有良好的研究机会。很多人建议她不要偏远的地方,但是她认为Umeå大学当地漫长而黑暗的冬天让她有长期的平静生活,这对于开展科学研究是十分重要的。 在病原微生物研究工作的同时,Charpentier对参与基因调控的小RNA分子感兴趣。通过与柏林的研究人员合作,Charpentier等人化脓性链球菌内部的小RNA进行了定位。这种细菌中大量存在的小RNA分子之一此前并未被报道,并且其遗传密码非常接近于基因组中的CRISPR序列。 通过仔细分析它们的遗传密码,Charpentier发现这一新型的小RNA分子的一部分与CRISPR基因中的重复序列存在部分匹配。 虽然此前Charpentier从未接触过CRISPR系统。但她的研究小组通过一系列彻底的微生物学检测工作,对化脓性链球菌中的CRISPR系统进行定位。根据目前的研究,已知该系统属于2类,即仅需一个Cas蛋白Cas9即可达到靶向裂解病毒DNA的目的。Charpentier的研究同时表明,未知的RNA分子(称为反式激活的crisp RNA(tracrRNA))对于CRISPR的功能实现具有决定性的意义。它可以帮助基因组中的CRISPR序列转录产生的长RNA分子加工为成熟的,具有活性的形式。 经过深入而有针对性的实验后, Charpentier博士在2011年3月发表了其关于tracrRNA的发现。尽管她在微生物学方面拥有多年经验,但是在继续研究CRISPR-Cas9系统方面,她希望与更加专业的科学家合作。Jennifer Doudna博士因此成为了自然的选择。Charpentier被邀请参加在波多黎各举行的一次会议时,两位科学家进行了一次历史性的会面。 波多黎各的咖啡馆里的会谈改变了“生命” 会议的第二天,她们经同事介绍在一家咖啡馆见面。第二天, Charpentier邀请Doudna博士等人在波多黎各的旧城区游玩,顺便深入交流彼此的研究。Charpentier想知道Doudna是否对这一合作感兴趣,是否想研究化脓性链球菌的基因编辑系统。 Jennifer Doudna对此很感兴趣,他们和他们的同事们通过数字会议为该项目制定了计划。他们猜测细菌需要CRISPR-RNA来识别病毒的DNA序列,而Cas9则是最终切断DNA分子的剪刀。但是,当他们在体外进行测试时,却没有得到预期的结果。 经过大量的头脑风暴和大量失败的实验之后,研究人员终于将tracrRNA添加到他们的系统中。此前,他们认为只有在将CRISPR-RNA切割成其活性形式时才需要tracrRNA(图2)。当Cas9获得tracrRNA时,每个人都在等待的结果终于发生了:DNA分子被切割成两部分。 划时代的实验 研究人员决定尝试对“遗传剪刀”进行简化。利用他们对tracr-RNA和CRISPR-RNA的新见解,他们成功地将两者融合为一个分子,并将其命名为“Guide RNA”。使用这种遗传剪刀的简化版本,他们进行了一项划时代的实验:是否可以控制这种遗传工具,以便在任意位置切割DNA。 到此时,研究人员知道他们已经十分接近目的。他们从Doudna博士实验室的冰箱中获得了一个基因,并选择了五个可以切割的部位。然后,他们改变剪刀的CRISPR部分,以使其代码与要进行切割的部位的序列相匹配。结果表明, DNA分子能够在正确的位置被切割。 基因剪刀改变了生命科学 在Emmanuelle Charpentier和Jennifer Doudna在2012年发现CRISPR / Cas9基因剪刀后不久,其它几个研究小组证明该工具可用于修饰小鼠和人类细胞的基因组,从而导致其爆炸性的发展。此前,改变细胞,植物或生物体中的基因是一项非常耗时,有时甚至是不可能的完成的工作。使用CRISPR基因编辑工具,研究人员原则上可以在他们想要的任何基因组中进行切割。此后,很容易利用细胞的天然系统对DNA进行修复,从而实现基因的“重定义”。 由于这种基因工具非常易于使用,因此在基础研究中得到了广泛的应用。例如它可以用于改变细胞和实验动物的DNA,以了解不同基因如何起作用和相互作用。 基因剪刀也已成为植物育种的标准工具。研究人员以前用来修饰植物基因组的方法通常需要添加抗生素抗性基因。种植农作物时,存在这种抗药性扩散到周围微生物的风险。由于有了遗传剪刀,研究人员不再需要使用这些旧方法,而是可以对基因组进行非常精确的修饰。他们编辑了使水稻从土壤吸收重金属的基因,从而改良了水稻,使镉和砷含量降低。研究人员还开发出了能够在温暖的气候下更好地抵抗干旱,抵抗昆虫和害虫的作物。 在医学上,基因剪刀为癌症的新免疫疗法做出了贡献,正在进行使梦想成真的试验-治疗遗传性疾病。研究人员已经在进行临床试验,以研究他们是否可以使用CRISPR / Cas9来治疗镰状细胞性贫血和β地中海贫血等血液疾病以及遗传性眼病。 他们还在开发修复大脑和肌肉等大型器官中基因的方法。动物实验表明,经过特殊设计的病毒可以将遗传剪刀传递给所需的细胞,从而治疗毁灭性遗传疾病的模型,例如肌肉营养不良,脊髓性肌肉萎缩和亨廷顿舞蹈病。但是,该技术需要进一步完善,才能在人体上进行测试。 “基因剪刀”的力量需要监管 除了其所有优点之外,遗传剪刀也可能存在被滥用的风险。例如,该工具可用于创建转基因胚胎。但是,多年来,有控制基因工程应用的法律和法规,其中包括禁止以允许遗传改变的方式修改人类基因组。另外,涉及人畜的实验必须在进行伦理委员会之前进行审查和批准。 可以肯定的是:这些遗传剪刀影响着我们所有人。我们将面临新的道德问题,但是这种新工具可能有助于解决人类目前面临的许多挑战。通过Emmanuelle Charpentier和Jennifer Doudna的新发现,生命科学成功进入了一个新时代。当我们具有了此前不曾拥有过的强大能力后,将在未来探索生命科学“新大陆”时做出更多伟大的发现。
  • 《诺贝尔化学奖和车载锂电池》

    • 来源专题:中国科学院文献情报先进能源知识资源中心 |领域情报网
    • 编译者:guokm
    • 发布时间:2019-10-14
    • 10月9日,瑞典斯德哥尔摩皇家科学院将2019年诺贝尔化学奖授予来自美国、英国和日本的三名科学家约翰·B·古迪纳夫(John B.Goodenough)、M·斯坦利·惠廷厄姆(M.Stanley Whittingham)和吉野彰(Akira Yoshino),以奖励他们在锂离子电池领域做出的贡献。这使诺贝尔奖和汽车业的发展发生了奇妙联系。 正如瑞典斯德哥尔摩皇家科学院诺贝尔委员会所言,锂离子电池自1991年首次进入市场以来,已经彻底改变了人类的生活,被广泛用于从手机到笔记本电脑和电动汽车的各种产品,并可以储存来自太阳能和风能的大量能量,从而使无化石燃料社会成为可能。 如果没有锂电池,许多电器产品很可能还是笨重无比的大家伙,便携通信设备也同样不会那么便携,轻薄的智能手机更无从谈起。锂电池的发展也成就了电动车革命,掀起一场轰轰烈烈的新能源革命,意义可谓十分重大。 此次获奖的97岁的吉野彰被称为“锂电池之父”。1985年,他在古迪纳夫研制出的阴极基础上,开发出了首个接近商用的锂离子电池。一个轻巧耐用、在性能下降前可充放电数百次的电池由此产生。1991年日本索尼公司首次将锂离子电池成功商业化,正式将锂电池推向市场。对于锂电池的发展前景,吉野彰始终充满着期待,他认为,锂电池重新定义未来。 无论汽车有多少新款型,使用多少新材料,增加多少新功能,动力源是不可少的组成部分。确实,与动力电池发展相对应的,是电动汽车产业的空前繁荣。电动汽车从长远来看,可以通过减少空气污染和限制噪音污染,为传统汽车提供一种清洁的替代品。车载锂电池进入高潮至今只有十年历史,虽然和笔记本电池20多年的历史相比并不长,但它对全球汽车产业的影响是不可忽视的。而且,随着各国环保意识的加强,欧洲、中国等国家和地区正计划逐步淘汰汽油和柴油汽车,正在促使以内燃机为主导的全球汽车产业发生一场重大变革,传统汽车业在经历转型。 从现在锂电池的主要应用看,集中在两大领域:一是移动式产品,如手机、电脑,约占锂电池使用量的2/3左右,而第二大领域便是车载电池。因此,从另一方面看,电动汽车的出现,给锂电池打开了一个新的应用方向,带来了全新的商业机遇。 几乎所有的车企都在将汽车电动化视为当下的一大战略规划。数据显示,2018年全年,全球电动车销量突破200万辆,市场占比份额达到2.1%,同比增长72%。华尔街研究公司伯恩斯坦(Bernstein)表示,未来20年,电动汽车可能占到全球汽车销量的40%,以及全球汽车保有量的30%。目前,电动汽车中车载电池的成本已经占据三分之一,车载电池市场规模将随着电动汽车的发展进一步扩大,这是一个可以预见的未来。 汽车行业在转型中,一方面在摸索推出新的车型,另一方面在加紧研发和制造车载锂电池。在锂电池制造行业中,目前已经形成日本、中国、韩国三国竞争的局面。日本的松下,韩国的三星、SK、LG和中国的宁德时代、比亚迪,被认为是目前全球电动汽车动力电池的龙头企业,占据着主要的市场份额。许多国家还在基础设施建设上投入巨资,尤其是充电站,以加快向电动汽车的转型,在这方面中国也十分突出。 值得注意的是,车载锂电池行业的竞争也将日益激烈。 为了抗衡亚洲电池厂商,2017年10月,欧盟就宣布启动电池产业联盟,大众、宝马、戴姆勒、雷诺、西门子、巴斯夫、索尔维、Northvolt等厂商纷纷加入。去年5月,德国总理默克尔呼吁德国厂商加大在欧洲生产电动汽车电池的力度,支持本土化生产。其他投资和谈判合作也在欧洲纷纷展开。 此外,整车厂家为了掌握在电动车行业的控制权,提高在供应链体系的议价能力,开始自己涉足电池制造,来完善产业链的布局。比如,大众不仅制定了到2028年旗下各品牌基于其电动平台共销售2200万辆电动车的计划,还决定将更多核心的动力电池技术掌握在自己手中,斥资近10亿欧元自建电池工厂,还通过收购电池企业来获取新技术,提升研发水平。 在未来车载锂电池的战国时代,电池的品质、成本、安全、技术升级,将是行业竞争的焦点。