了解瘤胃中宿主-微生物的相互作用及其对理想生产性状的影响可能导致潜在的微生物群操纵或遗传选择，以提高牛饲料效率。本研究调查了2个纯肉牛品种（安格斯牛和夏洛莱牛）和1个复合肉牛杂交种（金塞拉牛）的宿主转录组及其与瘤胃古菌和细菌差异丰度的相关性。采用瘤胃组织RNA测序和16S rRNA基因扩增子测序，测定差异表达基因（FDR ≤ 0.05，|log2（倍数变化）>|2）和差异丰度（p值<0.05）古细菌和细菌扩增子序列变异（ASV）。使用 Spearman 相关性确定基因表达与 ASV 之间的显着相关性（p 值< 0.05）。观察到与细菌性asv相关的基因与肌肉收缩和免疫系统调节的有趣关联。鉴定了安格斯(CCL17、CCR3和CXCL10)、夏洛莱(KCNK9、GGT1和IL6)和金塞拉(ESR2)饲料效率状态的潜在功能候选基因。本研究结果为目标宿主和瘤胃微生物性状的适用性提供了更多的见解，为选择和培育饲料效率更高的肉牛提供了依据。
