《朱冰课题组揭示卵子独特表观遗传状态的建立机制及其对生育能力的影响》

  • 来源专题:生物安全网络监测与评估
  • 编译者: yanyf@mail.las.ac.cn
  • 发布时间:2018-12-01
  • 朱冰课题组题为 “Stella safeguards the oocyte methylome by preventing de novo methylation mediated by DNMT1” 的研究论文于 2018 年 11 月 28 日在《 Nature 》杂志在线发表。该研究发现了卵细胞基因组 DNA 甲基化水平正常建立的首个保障因子 Stella 。 Stella 蛋白保护了卵细胞基因组独特的低甲基化特征,确保了母源基因在早期胚胎中的正确表达和早期胚胎的正常发育。      雌性哺乳动物的一生中只能提供有限数目的卵子。卵子的 DNA 甲基化水平很低,只有精子和绝大部分终末分化的体细胞的 DNA 甲基化水平的一半左右。然而,卵子的这种独特的 DNA 甲基化状态是怎样形成的,受哪些因子调控,又有着怎样的生物学意义却并不清楚。      在该研究团队的前期研究中,研究人员从小鼠卵细胞的 cDNA 文库中筛选鉴定到一个新型的 DNA 甲基化调控基因 Stella 。在体细胞中过表达 Stella 会通过与 DNA 甲基化调控因子 UHRF1 形成复合体,干扰 DNA 甲基化修饰在有丝分裂过程中的维持。由于 Stella 高表达于卵母细胞,在本工作中,研究人员探索了 Stella 在卵母细胞成熟过程中的功能,发现 Stella 通过一个主动的出核转运过程,防止 UHRF1 在卵母细胞核内累积。 Stella 敲除雌鼠的卵母细胞出现了异常的 UHRF1 核内累积、过度的 DNA 甲基化,并使成熟的卵子基因组甲基化水平翻倍,达到了与精子 DNA 甲基化相仿的水平。卵子基因组的低 DNA 甲基化状态不同于几乎所有其它细胞类型,本研究则发现了保障卵子这一独特的甲基化状态的首个调控因子。      此前的研究表明 Stella 对于卵子发生、排卵及受精等过程不是必须的,但来自 Stella 敲除雌鼠的卵在受精后不能正常进行着床前发育,导致雌性不育。本研究发现 Stella 缺失导致的异常高甲基化主要发生在沉默的基因组区域,虽然这些基因启动子的异常甲基化对卵子发生过程的干扰不大,但严重影响了成熟卵子的质量和受精后二细胞期胚胎的母源基因组激活。有趣的是,此前已知丧失了几乎所有 DNA 甲基化的卵子并不影响胚胎的着床前发育,因此科学界曾认为卵子特有的 DNA 甲基化状态并不重要。而本工作则表明,母源基因组特有的甲基化谱对于发育至关重要,但重要性并非在保障那些甲基化的区域,而是在保障那些非甲基化的区域处于这一独特的非甲基化状态。本研究揭示了卵子这一独特的基因组低甲基化状态的生物学意义。      此外, DNA 甲基化酶 DNMT1 长期被认为是一个维持性甲基化酶,在细胞内仅能使用半甲基化的 DNA 作为底物。本研究发现,在 Stella 缺失的卵细胞中发生的异常甲基化是由 DNMT1 负责催化的,首次毫无异议地证明了 DNMT1 在体内具有不依赖于原有甲基化而从头建立 DNA 甲基化的能力。这一发现改写了教科书对 DNA 甲基化酶的分类。更重要的是,这一发现对 DNMT1 在体内多种已退出细胞周期的细胞类型(例如卵母细胞和神经元)中的高表达提供了功能解释的线索,对 DNMT 负责的 DNA 甲基化在衰老过程中的意义有着重要的启示。      中国科学院生物物理研究所朱冰研究员为本文通讯作者,朱冰课题组博士生李颖峰、张珠强博士和同济大学高绍荣课题组陈嘉瑜博士是本文的共同第一作者。同济大学高绍荣课题组、中国科学院生态环境研究中心汪海林课题组、美国西南医学中心汪志高课题组、中国科学院上海生化细胞所徐国良课题组、华东师范大学翁杰敏课题组、美国加州大学洛杉矶分校范国平课题组和美国贝勒医学院张普民博士课题组参与了本合作研究。该研究得到国家自然科学基金委、科技部、中国科学院和上海市科委等支持。  

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  • 《生科院孙博课题组发现植物发育的表观遗传调控新机制》

    • 来源专题:转基因生物新品种培育
    • 编译者:姜丽华
    • 发布时间:2023-03-11
    •       SE编码C2H2锌指蛋白,是植物中miRNA形成途径中的关键基因。其调控植物的叶片发育、顶端分生组织的活性、花序结构和植物发育阶段的转换。SE的部分功能缺失突变体se-1,表现出胚胎发生异常、叶片发生延迟、叶片锯齿化、发育阶段转换加速、花序异常和花发育等缺陷。同时,SE参与植物响应生物胁迫和非生物胁迫的过程。然而,相对于被广泛报道的SE功能的重要性,关于SE在植物生长发育不同时期及抗病抗逆时的作用方式及调控模式仍然未知。       长非编码RNAs(lncRNAs),是一类长度超过200 nt,且几乎不编码蛋白质的RNA。大量研究表明,lncRNA是许多生物过程中的关键调节因素。目前,植物中已系统的鉴定出数以千计的lncRNAs,但他们具体的功能机制仍知之甚少。此外,lncRNA是否参与SE基因的调控,也有待研究。       孙博教授团队长期从事表观遗传调控植物发育研究。本工作首先从SE的3’端鉴定出一个反义长链非编码RNA SEAIRa,在拟南芥生长发育过程中与SE呈相反的表达模式。超表达SEAIRa会导致SE下调表达,而敲低或者敲除SEAIR会导致SE上调表达。因此SEAIRa是SE的负调控因子。       研究人员通过RNA体内pull down寻找到了SEAIRa的互作蛋白E3连接酶PUB25/26以及类泛素蛋白RUB1。SEAIRa招募PUB25/26以及RUB1引起SE第11个外显子区域H2Aub修饰。此外,PUB25/26会影响SEAIRa 5’端的切割,并释放出5’端片段,游离的5’片段可以与PRC2核心成员EMF2互作,进而招募PRC2复合体引起SE第一个外显子区域H3K27me3修饰。SE基因座不同位点的抑制性H2Aub和H3K27me3修饰协同调节SE染色质状态并抑制SE表达。        综上,该研究揭示了一种由结合在染色质上的lncRNA SEAIRa介导的表观遗传抑制新机制。研究结果一方面拓宽了植物中lncRNA的作用机制,也阐述了在植物生长发育过程中发挥重要作用的SE的调控机制。        近日,该成果在以“An antisense intragenic lncRNA SEAIRa mediates transcriptional and epigenetic repression of SERRATE in Arabidopsis”为题于2023年3月1日在线发表于PNAS杂志,深入解析了长链非编码RNA SEAIR调控SE的分子机制。南京大学博士后陈炜为该论文第一作者兼共通讯,南京农业大学王秀娥教授和南京大学孙博教授为该论文通讯作者。新加坡国立大学袁于人教授(已逝)、南京大学陈迪俊教授和南京农业大学张文利教授等参与了该研究工作。该课题得到了江苏省农业技术体系专项资金和中央高校基本科研业务费专项资金等项目的资助。 原文链接:www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2216062120
  • 《遗传发育所揭示决定种子活力的表观遗传调控机制》

    • 来源专题:转基因生物新品种培育
    • 编译者:姜丽华
    • 发布时间:2023-02-13
    •   种子的出现,使高等植物能够在多样的自然环境中得以广泛生存和分布。产生高活力的种子从而在环境条件合适时迅速萌发并发育产生健壮的幼苗是高等植物繁衍的关键,也是农业生产中种子品质的重要指标。然而,在种子形成时,其萌发和胚后发育的能力如何产生,尚不清楚。        近日,中国科学院遗传与发育生物学研究所姜丹华研究组在《自然-通讯》(Nature Communications)上,发表了题为Histone H3.3 deposition in seed is essential for the post-embryonic developmental competence in Arabidopsis的研究论文。该研究发现了一个组蛋白H3的变体H3.3在染色质上的装配是种子获得萌发和胚后发育能力的关键,并分析了H3.3在其中可能发挥的调控机制,为进一步阐释种子活力的形成机制奠定了基础。        对H3.3完全敲除的拟南芥突变体的研究发现,该突变体能够正常产生成熟的种子,且形态和种子储藏蛋白等指标均与野生型一致。然而,h3.3突变体种子无法正常萌发,抑或是少数萌发的种子也在萌发后立即停止发育。研究分析H3.3在种子染色质上的分布发现,其在成熟种子中具有特异的基因5’端/启动子区和基因3’端均富集的分布模式,而在营养组织如幼苗中H3.3仅在基因3’端富集。H3.3对于成熟种子中染色质开放性的形成颇为重要,促进基因5’端/启动子区的开放,从而使种子在萌发时感知环境以及胚后发育的基因能够正常表达。此外,H3.3在基因3’端抑制染色质的开放性和基因上的异常转录 (cryptic transcription)。   该研究揭示了植物通过组蛋白变体H3.3在种子中的特异装配,从而“打开”染色质为其萌发和胚后发育做了准备机制。因而在一定程度上H3.3具有类似先锋因子在细胞命运调节中的作用。作为一种替代(replacement)组蛋白,H3.3在较多植物细胞的分化时均发生明显富集。因此,H3.3可能是植物细胞命运决定的关键因子,对其作用机制的进一步研究将有助于探索植物再生等重要科学问题。        研究工作得到中国科学院战略性先导科技专项、国家自然科学基金和国家重点研发计划等的支持。