《Nature Communications:微秒低温电镜揭示植物病毒动力学》

  • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
  • 编译者: liguiju
  • 发布时间:2023-10-18
  • 豇豆褪绿斑驳病毒(CCMV)是一种二十面对称的植物病毒,由于缺乏能够监测其蛋白质快速移动的有效技术手段,破解CCMV衣壳功能陷入困境,大大限制了人们对病毒蛋白质功能和作用机理的认识。对收缩和扩展病毒结构的比较研究表明,衣壳运动的机制涉及几次大规模平移和旋转。然而,由于其过快的移动速度,目前对于它们是同步还是异步进行还不清楚。瑞士洛桑联邦理工学院将冷冻电子显微镜(cryo-EM)的时间分辨率提高到小于5µs的微秒级别,首次实现了对蛋白质快速运动轨迹近原子级别的重建。研究者认为该技术有望扩展到其他可与光释放化合物一起应用的刺激物,如笼状小分子、ATP、离子、氨基酸或肽等,认为微秒时间分辨低温电镜在未来将被广泛应用于各种蛋白质的动力学研究。(熊萍 编译)

  • 原文来源:https://www.nature.com/articles/s41467-023-41444-x
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  • 《叶健研究团队研究揭示近红外光(NIR)提高植物抗病毒能力作用的机制》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2023-07-10
    • 2023年6月30日,微生物所叶健研究团队在Plant Communications期刊上在线发表题为 Near infrared light and PIF4 promote plant antiviral defense by enhancing RNA interference的论文。研究显示,使用近红外光NIR(810 nm)处理植物(光疗法),通过促进光信号途径关键转录因子PIF4的积累,可激活植物的RNAi免疫反应,最终提高植物抗病毒防御反应。   已发现的双生病毒超过460种,严重危害了全球重要农作物的产量和品质。研究人员利用不同光波的LED灯处理双生病毒侵染的植物,发现与其他光处理相比,NIR光处理可以更好的提高植物对双生病毒的抗性。随后鉴定到NIR处理后的光信号关键转录因子PIF4的mRNA和蛋白水平显著增加,证明PIF4可能在近红外光增强植物抗性的过程中发挥重要作用。研究人员进一步利用Crispr/Cas9技术编辑植物体内的PIF4基因,发现PIF4敲除后,编辑植物对双生病毒(DNA病毒)和芜菁花叶病毒(RNA病毒)均更加感病,表明PIF4具有广谱的抗病毒作用。最后通过转录组分析和分子生化实验验证PIF4可以结合RDR6/AGO1的启动子并促进二者的转录表达,从而激活下游的RNA沉默途径,提高植物的抗病毒防御反应。研究同时发现,双生病毒可通过编码βC1蛋白靶向PIF4抑制其转录活性,进而拮抗PIF4介导的RNAi抗病毒作用。   由于大多数农业重要病毒均由虫媒传播,该团队发现的如上光疗法大大拓宽了植物病毒防控的物理学工具箱,为绿色防控病毒病害提供了新思路。   中国科学院微生物研究所助理研究员张璇和在读博士生王端为论文的共同第一作者,叶健研究员为本文通讯作者,方荣祥院士参与指导相关研究工作的开展。本项研究得到国家自然科学基金委杰出青年项目(32125032)、重点项目(31830073)和青年基金项目(31901853)的资助。    全文链接:https://doi.org/10.1016/j.xplc.2023.100644
  • 《上海交大陈功友团队在Nature Communications发文揭示植物病原菌拮抗活性物吡唑三嗪的生物合成与调控机制》

    • 来源专题:转基因生物新品种培育
    • 编译者:姜丽华
    • 发布时间:2023-02-25
    • 植物在生长发育过程中受到各种病原菌的侵染危害,导致植物死亡和造成显著经济损失。农作物抗病育种和使用绿色农药是防控作物重大致灾病害的有效途径,而绿色农药可以来自植物生长环境中产生抗生素的生防微生物。2023年2月9日,Nature子刊Nature Communications在线发表上海交通大学农业与生物学院陈功友教授和生命科学技术学院林双君教授联合团队的“The natural pyrazolotriazine pseudoiodinine from Pseudomonas mosselii 923 inhibits plant bacterial and fungal pathogens”研究论文,揭示了摩氏假单胞菌923菌株产生天然抗生素吡唑三嗪pseudoiodinine的生物合成与调控机制。 水稻是我国和世界上的主要粮食作物之一,但由稻黄单胞菌(Xanthomonas oryzae)和稻瘟病菌(Magnaporthe oryzae)引起的水稻白叶枯病、条斑病和稻瘟病是水稻上的重要致灾病害。该研究工作科学假说认为,对这些致灾病害病原菌产生抗生素活性的生防微生物应当来自水稻田生态环境。经过大量筛选,从水稻根际土壤中分离获得了一株高效拮抗植物病原黄单胞菌和稻瘟病菌的摩式假单胞菌923菌株,鉴定其产生的拮抗物质为吡唑三嗪(pseudoiodinine),其由7个基因组成的psdABCDEFG操纵元决定生物合成;三磷酸鸟苷(guanosine triphosphate,GTP)是其生物合成的前体化合物,1,6-didesmethyltoxo?avin (1,6-DDMT)是其合成的中间体;GacA-rsmY/Z-CsrA1/2/3模块调控pseudoiodinine的生物合成。对GacA-rsmY/Z-CsrA1/2/3的CsrA1/2/3进行缺失,构建了高产pseudoiodinine的植物病害生防工程菌(图1)。 Pseudoiodinine是一种含多个氮原子的杂环分子,最早报道假单胞菌(P. fluorescens var. pseudoiodinum)可产生,但未见其遗传学、生物合成与调控机制的揭示。Pseudoiodinine具有吡唑[4,3-e][1,2,4]三嗪(Pyrazolo[4,3-e][1,2,4]triazine)特征核心骨架,该化合物及其衍生物如诺斯托辛A(Nostocine A)和氟维奥A(Fluviol A)还具有抗菌、抗病毒、抗肿瘤、延缓动脉粥样硬化等活性,具有成药潜力。 重要的是,本研究发现Pseudoiodinine对多种植物病原黄单胞菌均具有抑制作用,其中包括柑橘溃疡病菌(X. citri subsp. citri)、大豆斑疹病菌(X. axonopodis pv. glycines)、棉花角斑病菌(X. campestris pv. malvacearum)、麦类黄单胞菌(X. translucens pathovars)、辣椒斑点病菌(X. campestris pv. vesicatoria)等。对白叶枯病菌和条斑病菌的抑菌活性最强,MIC值分别为0.5 μg mL?1和4 μg mL?1,EC50值分别为0.17 μg mL?1和1.36 μg mL?1。对稻瘟病菌的EC50为4.48 μg mL?1。温室和田间防控试验显示,923菌株和pseudoiodinine在病害预防和治疗方面,均能对白叶枯病和条斑病进行有效防控,防病效果达70%以上(图2、图3)。 这些研究结果为利用摩氏假单胞菌923菌株生物防治作物细菌和真菌病害提供了一种新思路,并且吡唑三嗪(pseudoiodinine)作为一种新型绿色生物农药或先导化合物用于植物细菌和真菌病害的防控,或者未来动物肿瘤治疗药物研发,均具有潜在的重大应用价值。 上海交通大学农业与生物学院博士后杨瑞环和生命科学技术学院博士后石清为论文的共同第一作者,邹丽芳副教授和陈功友教授为论文的共同通讯作者。上海交通大学生命科学技术学院林双君教授和黄婷婷副研究员指导了该项研究,上海交通大学农业与生物长聘教轨副教授范江波博士参与了该项研究。该研究得到了国家重点研发计划(2022YFD1400200, 2017YFD0200400)、国家自然科学基金重点项目(31830072)和上海市科技兴农项目(2020‐02‐08‐00‐08‐F01462)的资助。 论文链接:https://doi.org/10.1038/s41467-023-36433-z