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《11月20日_简化的SARS-CoV-2失活、扩增和基于Cas-13的检测》

  • 来源专题：COVID-19科研动态监测
  • 编译者： zhangmin
  • 发布时间：2020-12-21

  • 麻省理工学院和哈佛大学等机构的研究人员11月20日在期刊Nature Communications上在线发表了题为“Streamlined inactivation, amplification, and Cas13-based detection of SARS-CoV-2”的文章。
    文章称，新的诊断技术对于控制COVID-19传播至关重要，研究人员开发了一种灵敏而特异的诊断工具SHINE，可以检测未提取样品中的SARS-CoV-2的RNA。研究人员确定了检测的最佳条件，仅需一个步骤就可以同时实现基于RPA的扩增和基于Cas13的检测，简化了实验准备流程并减少了运行时间。研究人员改进了HUDSON，以在10分钟内快速灭活鼻咽拭子和唾液中的病毒。SHINE可通过管内荧光反应实现结果可视化，其扩增反应管保持密封状态，降低了污染风险。使用者可以通过智能手机应用程序查看分析的结果。研究人员对比了50个鼻咽样本的RT-qPCR检测结果和SHINE检测结果，结果显示SHINE具有90％的灵敏度和100％的特异性。SHINE有潜力在医院和临床实验室之外使用，可大大提高了SARS-CoV-2诊断能力。
    原文链接：https://www.nature.com/articles/s41467-020-19097-x

  • 原文来源：https://www.nature.com/articles/s41467-020-19097-x
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相关报告

  • 《8月26日_基于Cas13的SARS-CoV-2 检测方法的临床验证》
    • 来源专题：COVID-19科研动态监测
    • 编译者：zhangmin
    • 发布时间：2020-09-02
    • Nature Biomedical Engineering于8月26日出版了泰国Vidyasirimedhi科学技术研究所（VISTEC）以及张锋团队参与的研究文章“Clinical validation of a Cas13-based assay for the detection of SARS-CoV-2 RNA”。文章指出，通过等温扩增以及CRISPR相关酶对报告分子的裂解的核酸检测是定量PCR的一种有前途的替代方法。该文章中，研究人员报告了使用Leptotrichia wadei的Cas13a酶的特定高灵敏度酶报告基因解锁（SHERLOCK）分析对从泰国Siriraj医院收集的154份鼻咽和咽拭子样本进行SARS-CoV-2检测。在每个反应42个RNA拷贝的检测限内，SHERLOCK的荧光读数为100％特异性和100％灵敏性，而横向流读数为100％特异性和97％灵敏性。在临床样品中病毒载量的全部范围内，荧光读数为100％特异性和96％灵敏性。对于来自手术患者的380份SARS-CoV-2阴性术前样品，SHERLOCK与反转录定量PCR的一致性为100％。研究表示，该检测方法适合于在单个横向流动带中进行多重检测，并结合了核糖核酸酶污染的内参对照，该方法应有助于在资源有限的情况下进行SARS-CoV-2检测。 原文链接：https://www.nature.com/articles/s41551-020-00603-x
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  • 《3月11日_不同类型临床样本中SARS-CoV-2的检测》
    • 来源专题：COVID-19科研动态监测
    • 编译者：xuwenwhlib
    • 发布时间：2020-03-13
    • 3月11日_不同类型临床样本中SARS-CoV-2的检测 1.时间：2020年3月11日 2.机构或团队：中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所，首都医科大学北京地坛医院，青岛市疾病预防控制中心 3.事件概要： 中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所、首都医科大学北京地坛医院和青岛市疾病预防控制中心的科研人员在JAMA期刊在线发表题为“Detection of SARS-CoV-2 in Different Types of Clinical Specimens”的文章。 研究人员调查了SARS-CoV-2在COVID-19住院患者不同组织之间的生物分布，这些患者是根据症状和放射学诊断并通过SARS-CoV-2检测确诊的。选取从2020年1月1日至2月17日期间湖北、山东和北京的3所医院根据临床指征收集样本的患者，入院后1至3天从大多数患者中收集咽拭子，整个疾病期间都采集了血液、痰液、粪便、尿液和鼻腔样本。从患有严重疾病或进行机械通气的患者中取样支气管肺泡灌洗液和纤维支气管镜刷式活检。从临床样本中提取RNA并通过针对SARS-CoV-2的开放阅读框1ab gene的rRT-PCR进行测定，rRT-PCR的循环阈值用作检测样本中SARS-CoV-2 RNA拷贝数的指标，循环阈值越低对应的病毒拷贝数越高，小于40的循环阈值被解释为SARS-CoV-2 RNA阳性。研究人员培养了四个高拷贝数的SARS-CoV-2阳性粪便样本，然后进行电子显微镜检测活病毒，探索了亚组患者在住院期间收集的多个样本的模式。 该研究结果显示，从205例COVID-19患者中收集了1070个样本，这些患者的平均年龄为44岁（5岁-67岁），男性占比68％。大多数患者发烧、干咳和疲劳，19％的患者患有严重疾病。支气管肺泡灌洗液样本的阳性率最高（14/15；93％），其次是痰（72/104；72％），鼻拭子（5/8；63％），纤维支气管镜刷活检（6/13；46％），咽拭子（126/398；32％），粪便（44/153；29％）和血液（3/307；1％）。72个尿液样本均未检测出阳性。除鼻拭子外，所有样本类型的循环阈值均超过30（<2.6×104拷贝数/mL），平均循环阈值为24.3（1.4×106拷贝数/mL），表明病毒载量更高。20名患者同时采集了2至6个样本，在6名患者（呼吸道样本，粪便或血液）的单个样本中检测到病毒RNA，而7名患者在呼吸道样本和粪便（n=5）或血液（n=2）中排泄了病毒，在粪便样本中观察到2名没有腹泻的患者的活SARS-CoV-2。 研究讨论：从205名COVID-19患者多个部位的样本中检测到SARS-CoV-2，其中下呼吸道样品最常检测出该病毒呈阳性。更重要的是，在粪便中检测到活病毒，这表明SARS-CoV-2可能通过粪便途径传播。一小部分血液样本的PCR检测结果呈阳性，这表明感染有时可能是全身性的。病毒通过呼吸道和呼吸道外途径的传播可能有助于解释疾病的迅速传播。此外，从多个位置测试样本可能会提高灵敏度并减少假阴性测试结果。两项较小的研究报告了湖北省16例患者的肛门或口腔拭子和血液中存在SARS-CoV-2，17例确诊病例的咽拭子和痰中存在病毒载量。该研究的局限性包括一些患者没有可用的详细临床信息，因此数据无法与症状或病程相关，并且某些类型的样本数量很少，有必要对具有详细的时间和症状数据的患者以及从不同部位连续收集的样本进行进一步调查。 4.附件： 原文链接： https://jamanetwork.com/journals/jama/article-abstract/2762997?resultClick=1
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