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《2019年新型冠状病毒病爆发（COVID-19）：意大利局势》

  • 来源专题：动植物疫病
  • 编译者： 刘小燕
  • 发布时间：2020-04-02

  • 截止至2020年2月23日上午九点，全球已报告了78800例COVID-19病例，主要发生在中国湖北省，已报告了64084例，其他地区已报告了12563例；来自其他国家的报告超过1790例。迄今为止，已有14个国家报告了本地传播：加拿大、法国、德国、意大利、伊朗、日本、马来西亚、韩国、新加坡、泰国、阿拉伯联合酋长国、英国、美国和越南。

    2020年2月22日，意大利当局报告了伦巴第的大批病例，最初的病例识别是基于受灾地区当地实验室的确诊。意大利国家参考实验室正在进行进一步的确认性测试，并且正在进行大量的联系人追踪。除此之外，皮埃蒙特和威尼托两个地区当天也报告了COVID-19病例。2月23日，艾米利亚-罗马涅也报告了COVID-19病例。传播似乎不是从受灾地区旅行返回的人的第一代传播，似乎更可能发生在当地。据报道有医院发生了传播事件，在医护人员和患者中发现了COVID-19病例。据观察，老年人病例中已经有两人死亡。目前，已经在意大利的多个城市确定了COVID-19病例的发生。据媒体报道，受灾的意大利自治市包括：皮埃蒙特（Torino）、伦巴第（Codogno e dintorni, Sesto Cremonese, Pizzighettone, Soresina, Sesto S.G., Pieve Porto Morone）、威尼托（V’o Euganeo, Mira）和艾米利亚-罗马涅地区。正在进行广泛的接触者追踪，以便于发现情况并防止进一步蔓延。丰塔纳总统和斯佩兰莎部长签署了一项命令，要求对意大利受灾地区采取应对措施。在受影响的城市和地区已经采取了严格的公共卫生措施，这些措施包括：（1）禁止离开或进入受影响的城市或地区；（2）在公共或私人场所中止示威活动和各种形式的会议；（3）暂停托儿、学校教育服务和教育旅行；（4）对公众关闭博物馆；（5）暂停公共竞赛和公职活动，但提供必要的公共事业服务；（6）对与受病毒感染者有密切联系的人进行隔离和积极监测，这包括以前曾在国外流行病学风险地区居住的人们有义务通知合格的医疗保健公司的预防部门，以便可以实施主动隔离的自我隔离；（7）暂停某些类型的业务并停止某些商业活动；（8）获得基本公共服务和企业以购买基本必需品的可能性将成为使用个人防护设备的条件；（9）货物和乘客的出入限制或运输服务暂停，只有少数明确目标的例外。

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  • 《COVID-19冠状病毒流行是自然原因》
    • 来源专题：生物安全网络监测与评估
    • 编译者：yanyf@mail.las.ac.cn
    • 发布时间：2020-03-24
    • 根据发表的发现，去年在中国武汉市出现的新型SARS-CoV-2冠状病毒是自然进化的产物，自那以后引起了大规模的COVID-19流行并传播到其他70多个国家。今天在《自然医学》杂志上发表 对来自SARS-CoV-2和相关病毒的公共基因组序列数据的分析发现，没有证据表明该病毒是在实验室中制造或以其他方式设计的。 “通过比较已知冠状病毒株的可用基因组序列数据，我们可以坚定地确定SARS-CoV-2来自自然过程，” Scripps Research免疫学和微生物学副教授Kristian Andersen博士说。纸。 除了Andersen之外，图兰大学的Robert F. Garry以及《 SARS-CoV-2的近端起源》一书的作者。悉尼大学的爱德华·霍姆斯（Edward Holmes）；爱丁堡大学的Andrew Rambaut；哥伦比亚大学的W. Ian Lipkin。 冠状病毒是一大类病毒，可导致严重程度范围广泛的疾病。冠状病毒引起的第一个已知的严重疾病是2003年在中国爆发的严重急性呼吸系统综合症（SARS）。 2012年，沙特阿拉伯爆发了第二次严重疾病，爆发了中东呼吸综合症（MERS）。 去年12月31日，中国当局向世界卫生组织发出警告，称新的冠状病毒毒株暴发引起严重疾病，该毒株后来被命名为SARS-CoV-2。截至2020年2月20日，已记录了近167,500例COVID-19病例，尽管还有更多轻度病例可能未被诊断。该病毒已杀死6600多人。 流行病开始后不久，中国科学家对SARS-CoV-2的基因组进行了测序，并将数据提供给全世界的研究人员。所得的基因组序列数据表明，中国当局迅速发现了该流行病，并且由于单次引入人群后人与人之间的传播，COVID-19病例的数量一直在增加。其他几个研究机构的Andersen和合作者使用此测序数据，通过重点研究该病毒的几种典型特征来探索SARS-CoV-2的起源和进化。 科学家分析了刺突蛋白的遗传模板，刺突蛋白是病毒外部的骨架，用来捕获并穿透人和动物细胞的外壁。更具体地说，他们集中研究了刺突蛋白的两个重要特征：受体结合域（RBD）（一种钩住宿主细胞的钩子）和裂解位点（一种分子开罐器），它可以使病毒裂解然后输入宿主细胞 自然进化的证据 科学家发现，SARS-CoV-2刺突蛋白的RBD部分已经进化为有效靶向人细胞外部称为ACE2的分子特征，ACE2是参与调节血压的受体。实际上，SARS-CoV-2刺突蛋白在结合人类细胞方面是如此有效，以至于科学家得出结论认为，它是自然选择的结果，而不是基因工程的产物。 SARS-CoV-2骨架的数据-整体分子结构支持了自然进化的证据。如果有人试图设计一种新的冠状病毒作为病原体，那么他们将利用已知会引起疾病的病毒的骨干来构建它。但是科学家发现，SARS-CoV-2主链与已知的冠状病毒有很大的不同，并且大多数类似于蝙蝠和穿山甲中发现的相关病毒。 安德森说：“病毒的这两个特征，即刺突蛋白的RBD部分的突变及其独特的骨架，排除了实验室操纵作为SARS-CoV-2的潜在来源的可能性。” 英国Wellcome Trust流行病学负责人Josie Golding博士说，Andersen及其同事的发现“对于为流传有关病毒起源（SARS-CoV）的谣言提供基于证据的观点至关重要。 -2）导致COVID-19。” Goulding补充说：“他们得出结论，该病毒是自然进化的产物，结束了对故意基因工程的任何猜测。” 病毒的可能来源 根据他们的基因组测序分析，Andersen及其合作者得出结论，SARS-CoV-2的最可能起源遵循两种可能的情况之一。 在一种情况下，该病毒通过在非人类宿主中的自然选择演变为当前的致病状态，然后跳向人类。这就是以前的冠状病毒爆发的方式，人类直接暴露于麝香（SARS）和骆驼（MERS）后感染了该病毒。研究人员提出，蝙蝠是SARS-CoV-2最可能的储存库，因为它与蝙蝠冠状病毒非常相似。然而，尚无蝙蝠直接传播的案例，这表明蝙蝠与人类之间可能存在中间宿主。 在这种情况下，SARS-CoV-2刺突蛋白的两个显着特征-与细胞结合的RBD部分和打开病毒的切割位点-在进入人类之前已经进化到它们的当前状态。在这种情况下，一旦感染人类，当前的流行病可能会迅速出现，因为该病毒已经进化出使其具有致病性并能够在人与人之间传播的特征。 在另一种建议的方案中，该病毒的非致病性版本从动物宿主跃入人类，然后在人群中演变为目前的致病状态。例如，一些来自穿山甲，在亚洲和非洲发现的犰狳类哺乳动物的冠状病毒的RBD结构与SARS-CoV-2非常相似。来自穿山甲的冠状病毒可能已经直接或通过中介宿主（如麝猫或雪貂）传播给了人类。 然后，SARS-CoV-2的另一个独特的刺突蛋白特征性切割位点可能已经在人类宿主内进化，可能是通过在流行病开始之前人类人群中未被检测到的有限循环。研究人员发现，SARS-CoV-2裂解位点看起来与禽流感菌株的裂解位点相似，该株已证明可以在人与人之间轻易传播。 SARS-CoV-2可能已经在人类细胞中进化出了这种强力裂解位点，并很快开始了当前的流行病，因为冠状病毒可能已经变得更有能力在人与人之间传播。 该研究的合著者安德鲁·兰巴特（Andrew Rambaut）警告说，目前很难甚至不可能知道哪种情况最有可能发生。如果SARS-CoV-2以当前的病原体形式从动物源进入人类，则会增加未来爆发的可能性，因为致病病毒株仍可能在动物种群中传播，并可能再次跳入人类。非致病性冠状病毒进入人群，然后发展出类似于SARS-CoV-2的特性的机会更低。 该研究的资金由美国国立卫生研究院，皮尤慈善基金会，惠康基金会，欧洲研究委员会和ARC澳大利亚获奖者奖学金提供。
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  • 《基于全基因组数据解析新型冠状病毒的演化和传播》
    • 来源专题：新发突发疾病（新型冠状病毒肺炎）
    • 编译者：蒋君
    • 发布时间：2020-02-25
    • 中国科学院西双版纳热带植物园联合华南农业大学和北京脑科中心的科研人员一起收集了全世界各领域共享到GISAID EpiFluTM数据库中覆盖了四大洲12个国家的93个新型冠状病毒样本的基因组数据（截止2月12日），通过全基因组数据解析，追溯传染源及扩散路径。 2019年12月在湖北武汉爆发了一种新型冠状病毒（SARS-CoV-2）所致的肺炎（现称COVID-19），新型冠状病毒爆发已两个多月，确定华南海鲜市场是不是唯一的发源地，对于寻找病毒的来源，以及确定中间宿主，对疫情的控制和避免再次爆发具有至关重要的意义。中国科学院西双版纳热带植物园联合华南农业大学和北京脑科中心的科研人员一起收集了全世界各领域共享到GISAID EpiFluTM数据库中覆盖了四大洲12个国家的93个新型冠状病毒样本的基因组数据（截止2月12日），通过全基因组数据解析，追溯传染源及扩散路径。研究发现，收到的93个样本包含58种单倍型，可以归纳为五组，包括3个古老超级传播者单倍型（H1,H3和H13）和2个新的超级传播者单倍型（H56和mv2）；华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入进来，在市场中发生快速传播蔓延到市场之外；同时，现扩散的病例至少来自于3个途经。新型冠状病毒在2月12日之前发生过2次明显的种群扩张（分别是12月8日和1月6日）。 　　华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入的 　　基于120个变异位点得到58种单倍型（基因类型），单倍型演化关系显示，单倍型H13和H38是比较“古老的”单倍型，通过一个中间载体（mv1，可能是一个祖先单倍型，可能是来自中间宿主或者“零号病人”）与蝙蝠冠状病毒RaTG13关联，并通过单倍型H3衍生出了单倍型H1。与华南海鲜市场有关联的患者样品单倍型都是H1及其衍生的单倍型H2，H8-H12（图1,A），而一份武汉样品单倍型H3与华南海鲜市场无关。可见，华南海鲜市场的新型冠状病毒是从其他地方传入进来，在市场中发生快速传播蔓延到市场之外。另外，根据病患发病时间记录和种群扩张时间推断，也印证了华南海鲜市场不是病毒发源地的推论。 对“古老的”单倍型H13和H38的病毒样品溯源发现分别是来自深圳的病患（广东首例）和美国华盛顿州的病患（美国首例）。他们的旅行记录表明应该都是2019年12月底至2020年1月初在武汉探亲期间被感染的。现有武汉样本中没有检测到H13和H38单倍型，可能是因为现有样品主要采自几家定点医院，而且样品采集时间局限于2019年12月24日和2020年1月5日。如果能在武汉其他医院早期的病患检测到这两种单倍型，将对于寻找病毒来源非常有帮助。 　　新型冠状病毒在2月12日之前发生过2次明显的种群扩张 　　根据新型冠状病毒基因组数据推算1月之前的种群扩张发生时间是12月8日，该结果暗示病毒可能在12月初，甚至11月下旬即已经开始有人际传播，随后在华南海鲜市场加快了人际传播。研究推算2月份之前的种群扩张时间在1月6日，这个可能与元旦假期有关联。需要指出，这一天国家疾控中心发布了2级应急响应。当时的预警起到了一些警示作用，公众活动和出行都有所减少。如果当时的警示能引起大众更广泛的重视，那么1月份中下旬向全国和全球蔓延的病例会有所降低。研究人员进一步确认我国其他9个省区和其他11个国家的感染病例基本都是从武汉直接或者间接输入而来。 　　现扩散的病例至少来自于3个途径 　　为了能够细分来源，研究人员将58种单倍型分成了五组，采用标准是3个中心（古老超级传播者）单倍型（H1,H3和H13）和2个新的超级传播者单倍型（H56和mv2）。以此鉴别出广东的病毒可能有三个来源，重庆和台湾的病毒有两个来源。其中，广东深圳一家人在早期就通过人传人进行了传播。有较多样本的澳大利亚、法国、日本和美国，他们的患者感染源至少有两个，尤其是美国包括了五个来源。非常值得关注的是H56这个超级传播者单倍型，它同时是澳大利亚、法国和美国，以及我国台湾患者的传染源。其他国家患者因为样品比较少，大多数的来源比较单一，他们除了是武汉旅游输入或在武汉感染外，有一些人可能是在广东、新加坡等地被感染。 　　新型冠状病毒基因组尚未发生重组事件 　　研究人员发现新型冠状病毒基因组没有发生重组事件，93个基因组之间有120核苷酸发生了突变（0.41%序列长度），并均匀分散在10个编码区（χ2=1.958, df=9, P=0.99）。120个突变的核苷酸关联了119个氨基酸密码子，其中79个密码子 (65.83%)改变了氨基酸类型，并有42个(53.17%)氨基酸理化性质都被改变。这些氨基酸类型以及理化性质改变是否会影响新型冠状病毒的活性暂不清楚，需要其他蛋白组学和结构生物学方面的专业人士进行验证。本研究是版纳植物园综合保护中心生物多样性研究组的科研人员利用其在系统与演化领域的专长开展的，本研究提到单倍型演化关系分析方法可以结合到传染病学研究中，对于寻找传染源，以及精确的传播和扩散方向能提供非常重要的信息。
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