《美国破解肠道菌群定植关键基因模块》

  • 来源专题:农业生物安全
  • 编译者: 李周晶
  • 发布时间:2025-04-14
  • 2025年4月4日,美国哥伦比亚大学研究团队在《Cell》期刊发表突破性研究成果。首次系统揭示了微生物在哺乳动物肠道内定植的基因调控机制。该研究为开发高效微生态干预疗法提供了理论依据,对推动农业养殖与人类健康领域的发展具有重要意义。

    研究团队构建了“基因模块-生态位适应”定量模型,对全球28万个微生物基因组进行筛查,最终锁定79个与肠道定植密切相关的功能蛋白。值得注意的是,其中37个因子在哺乳动物肠道菌群中高度保守,表明其调控机制可能具有跨物种普适性。除已知的群体感应系统外,研究首次发现tRNA修饰、翻译调控等新型功能类别参与定植过程。实验数据显示,过表达YigZ基因可使大肠杆菌MG1655在动物肠道内的存活量激增302倍。进一步分析表明,该基因第25位和146位氨基酸的自然变异直接导致不同菌株间4.5倍的定植效率差异。鉴于91%的肠道微生物均携带该基因,其可能成为调控菌群平衡的通用靶点。

    该研究成果为定向改造益生菌提供了精准分子工具,有望提升微生态制剂在畜牧养殖与疾病治疗中的效能。

  • 原文来源:https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(25)00283-1
相关报告
  • 《Nature | 真菌毒素对其肠道定植的效应》

    • 来源专题:战略生物资源
    • 编译者:李康音
    • 发布时间:2024-03-08
    • 2024年3月6日,布朗大学Richard J. Bennett、莱布尼茨研究所- Hans Knoell研究所Bernhard Hube共同通讯在Nature发表题为The hyphal-specific toxin candidalysin promotes fungal gut commensalism的文章,对人类肠道微生物组与机会致病菌白色念珠菌(Candida albicans)之间复杂相互作用的进行了开创性探索。这篇论文挑战了传统的理解,提出酵母形式的白色念珠菌最适合肠道定植,而菌丝形式虽然妨碍定植,但对其毒力和细菌竞争至关重要。 研究表明,在强大的细菌微生物组存在的情况下,菌丝特异性的毒素——Candidalysin——在促进白色念珠菌定植方面发挥着关键作用。Candidalysin是一种菌丝特异性因子,能直接抑制细菌,从而限制其代谢输出并促进白色念珠菌定植的建立。这一发现表明,作为真菌的白色念珠菌已经进化出菌丝特异性因子以更好地与肠道生态位中的细菌竞争。 此外,该研究表明,白色念珠菌在肠道中的适应度是由该生态位中的细菌种群决定的。具体而言,在抗生素处理的小鼠中,因为细菌已经被清除,被处理固定在酵母状态的白色念珠菌表现出比丝状活性态的细胞更适合定植。然而,在细菌载量高出几个数量级的小鼠中,野生型细胞比酵母锁定的突变体更适合。这表明白色念珠菌的酵母和菌丝形式都是宿主胃肠道定植所必需的。 此外,适应性免疫也在白色念珠菌定植中发挥作用。虽然野生型和酵母锁定细胞之间的早期定植适应度差异与IgA反应无关,但在以后的时间点,粘膜IgA可能会优先靶向菌丝白色念珠菌,限制白色念珠菌的适应度。 总的来说,这项研究强调了了解白色念珠菌定植以及毒力因子的作用时中考虑整个微生物群落的重要性。它强调了肠道生态系统的复杂性以及真菌和细菌物种之间的微妙平衡,这对维持健康和预防疾病至关重要。
  • 《肠道菌群或会影响人们患心脏病的风险》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2018-05-25
    • 如今研究人员通过对小鼠进行研究发现,合适的肠道微生物能够帮助降低患心脏病的风险,而最近一项刊登在国际杂志the European Heart Journal上的研究报告中,研究人员则发现,上述研究结果同样适用于人类。 很多人常常会认为,诱发心脏病的风险因子是高血压、高胆固醇及吸烟,但这些风险因子却并不能有效地帮助预防某些人群的心脏病风险,比如年轻人、女性以及某些种族人群,而不良的肠道微生物组或许就是研究人员一直在寻找的缺失的风险因素。 评估个体患心脏病或中风风险的一种方法就是通过测定机体动脉的僵硬程度,这种参数称之为动脉僵硬度(arterial stiffness),其与高胆固醇或抽烟密切相关,同时与机体炎症也密切相关。炎症是机体对损伤的正常反应,但当机体炎症非常严重,在某种程度上或许就不是对损伤所产生的反应了,这种炎症常常会诱发多种疾病,比如关节炎和湿疹等,很多研究都表明,机体的炎症程度越严重,其患心脏病和动脉粥样硬化的风险就越高。 最近,多项大型临床研究结果都表明,炎症是诱发心脏病发生及动脉硬化的关键风险因子,在其中一项研究中,研究人员给予参与者一种能降低炎症的药物,或许就能够减少心脏病患者的心脏病发病次数,同时还能降低个体患癌的风险。那么如何在没有“花哨”药物的帮助下就能够降低机体炎症呢?避免肥胖和吸烟或许就是不错的方法,而且肠道中的有益菌群也能起到帮助的作用。 我们能够改善机体的肠道菌群 机体的肠道菌群在预防一系列疾病的发生上扮演着关键的角色,比如炎症、糖尿病和炎性肠病等,在所有的疾病中,研究人员都发现患者机体中缺少多样性的健康肠道菌群,在影响研究中,研究者发现,动脉硬化程度加剧的女性机体的肠道菌群的多样性较低,然而健康动脉的女性肠道中却拥有者多样性的肠道菌群,不仅如此,研究者还在动脉健康的人群的血液中发现这些肠道微生物所产生的有益物质的水平较高,这种名为吲哚丙酸(indolepropionic acid)的特殊物质能够帮助预测个体患糖尿病的风险,当个体摄入富含纤维的饮食后,其肠道菌群就会产生较高水平的吲哚丙酸。 研究者指出,大约10%的动脉硬化病例都能通过肠道微生物以及这些菌群所产生的特定物质来解释,相比较而言,胆固醇水平、吸烟、糖尿病以及中等肥胖对心脏病发病风险的影响不到2%。这些研究非常重要,并不像遗传风险我们无法避免,在日常生活中我们能通过采取一定措施来改变肠道菌群以及其所产生的特定物质。影响肠道菌群的一种方式就是摄入益生菌,比如通过摄入益生菌食物或补充剂,或者通过粪便移植均可以实现。 该方法已经在一项糖尿病临床试验中进行了应用,科学家们将来自健康人群的肠道菌群给予糖尿病患者,数周后这些糖尿病患者的疾病状况得到了明显的改善,而且其肠道菌群也发生了改变,目前这种类型的研究也在心脏病和其它疾病的患者中开展了。 另外一种方法就是改变我们的饮食,当我们摄入富含Ω-3(鱼油)或膳食纤维的饮食后,机体肠道中的有益菌群就会加速生长,很多食物中都富含膳食纤维,比如水果、蔬菜、坚果、黑巧克力等,如今科学家们越来越关注机体肠道菌群和健康之间的关系,当然后期他们还需要进行更为深入广泛的研究来解释二者的关联性。