冠状病毒(CoV)在人类和动物中引起了许多重大流行病,包括目前的2019冠状病毒病(COVID-19)大流行,使人们重新关注冠状病毒的进化和种间传播。猪急性腹泻综合征冠状病毒(SADS-CoV)是一种α冠状病毒,与严重急性呼吸综合征冠状病毒(SARS-CoV)来源于同一属的马蹄蝠,暗示了种间传播的巨大潜力。鉴于冠状病毒棘状糖蛋白在宿主范围测定和病毒进入中的重要性,我们报道了SADS-CoV S三聚体在3.55分辨率下融合前构象的低温电子显微镜(cryo-EM)结构。我们的结构揭示了SADS-CoV S三聚体呈亚基内四元堆积模式,即同一原生质体的S1亚基N-末端结构域(S1-NTD)和S1亚基C-末端结构域(S1-CTD)在躺卧状态下相互堆积在一起。SADS-CoV-S具有一些独特的结构特征,如S三聚体结构相对紧凑,以及由聚糖屏蔽的表位掩蔽。将SADS-CoV与其他冠状病毒属的棘突蛋白进行比较,发现SADS-CoV的结构特征与其它属的刺蛋白结构特征具有进化上的相关性,而不是与典型的α冠状病毒的刺蛋白有关。这些数据为SADS-CoV与其他冠状病毒棘状糖蛋白的进化关系提供了新的见解,并扩展了我们对其结构和功能多样性的理解。