《3月20日_雅典大学追踪意大利伦巴第大区COVID-19疫情爆发的第0天并预测疫情结束的时间》

  • 来源专题:COVID-19科研动态监测
  • 编译者: xuwenwhlib
  • 发布时间:2020-03-22
  • 信息名称:雅典大学追踪意大利伦巴第大区COVID-19疫情爆发的第0天并预测疫情结束的时间

    1.时间:2020年3月20日

    2.机构或团队:雅典大学、意大利国家研究委员会

    3.事件概要:

    雅典大学和意大利国家研究委员会的科研人员在medRxiv预印版平台发表论文“Tracing DAY-ZERO and Forecasting the Fade out of the COVID-19 Outbreak in Lombardy, Italy: A Compartmental Modelling and Numerical Optimization Approach”,利用区域建模和数值优化的方法追踪意大利伦巴第大区COVID-19爆发的第0天(DAY-ZERO)以及预测疫情的结束时间。

    文章提到,COVID-19疫情现已蔓延到意大利的所有22个地区。该病在整个伦巴第大区蔓延,自3月8日以来一直处于封锁状态。截至同一天,在伦巴第大区采取的隔离措施已扩大到整个国家。文章中,科研人员提供以下评估:(a)意大利伦巴第大区大爆发的第0天(DAY-ZERO);(b)在总人口中实际接触/感染的人数; (c)基本复制数(R0);(d)每天有效的疾病传播和死亡率;(e)根据在2月21日至3月8日(封锁日)确认的伦巴第大区确诊病例的数据,对爆发的逐渐消失进行预测。为了解决总人口中实际暴露/感染病例数的不确定性,科研人员提出了一个新的区分易感/暴露/传染性/恢复/死亡(SEIRD)的模型,该模型具有两个感染者分类:一个模拟总体中的总病例,另一个模拟已确认的病例。如对COVID-19的临床研究所报道的,已经设置了与恢复期相对应的模型参数,以及从接触到个体开始感染的时间。为了评估伦巴第大区爆发的DAY-ZERO,以及尚无可用临床数据的有效每日传播和死亡率,科研人员使用SEIRD模拟器对2月21日至3月8日,伦巴第大区(及整个意大利)的封锁日,这是通过借助遗传算法解决混合整数优化问题而实现的。基于计算的值,科研人员还提供基本再现数R0的估计。此外,通过将3月8日的估计传播率降低90%(以反映几乎所有活动的锁定),科研人员从3月8日开始运行模拟器以预测爆发的消失。调查结果根据拟议的方法,科研人员估计3月8日伦巴第大区总人口中实际暴露病例的累计数量约为确诊感染病例累计数量的15倍。根据这种情况,伦巴第大区大爆发的天数为零,即2020年1月21日。科研人员还发现直到3月8日的有效疾病日传播率为0.779(90%CI:0.777-0.781),而每天的“有效”死亡率为0.0173(90%CI:0.0154-0.0192),基于这些值,发现基本再现率R0为4.04(90%CI:4.03-4.05)。通过在3月8日将传播率降低90%以反映意大利几乎所有活动的暂停,科研人员运行模拟器来预测该流行病的消退,模拟结果表明,如果继续采取这些措施,预计到2020年5月底伦巴第大区COVID-19疫情将完全消失。

    4.附件:

    原文链接:

    https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.17.20037689v1

  • 原文来源:https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.03.17.20037689v1
相关报告
  • 《雅典大学追踪意大利伦巴第大区COVID-19疫情爆发的第0天并预测疫情结束的时间》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2020-04-03
    • 雅典大学和意大利国家研究委员会的科研人员在medRxiv预印版平台发表论文“Tracing DAY-ZERO and Forecasting the Fade out of the COVID-19 Outbreak in Lombardy, Italy: A Compartmental Modelling and Numerical Optimization Approach”,利用区域建模和数值优化的方法追踪意大利伦巴第大区COVID-19爆发的第0天(DAY-ZERO)以及预测疫情的结束时间。 文章提到,COVID-19疫情现已蔓延到意大利的所有22个地区。该病在整个伦巴第大区蔓延,自3月8日以来一直处于封锁状态。截至同一天,在伦巴第大区采取的隔离措施已扩大到整个国家。文章中,科研人员提供以下评估:(a)意大利伦巴第大区大爆发的第0天(DAY-ZERO);(b)在总人口中实际接触/感染的人数; (c)基本复制数(R0);(d)每天有效的疾病传播和死亡率;(e)根据在2月21日至3月8日(封锁日)确认的伦巴第大区确诊病例的数据,对爆发的逐渐消失进行预测。为了解决总人口中实际暴露/感染病例数的不确定性,科研人员提出了一个新的区分易感/暴露/传染性/恢复/死亡(SEIRD)的模型,该模型具有两个感染者分类:一个模拟总体中的总病例,另一个模拟已确认的病例。如对COVID-19的临床研究所报道的,已经设置了与恢复期相对应的模型参数,以及从接触到个体开始感染的时间。为了评估伦巴第大区爆发的DAY-ZERO,以及尚无可用临床数据的有效每日传播和死亡率,科研人员使用SEIRD模拟器对2月21日至3月8日,伦巴第大区(及整个意大利)的封锁日,这是通过借助遗传算法解决混合整数优化问题而实现的。基于计算的值,科研人员还提供基本再现数R0的估计。此外,通过将3月8日的估计传播率降低90%(以反映几乎所有活动的锁定),科研人员从3月8日开始运行模拟器以预测爆发的消失。调查结果根据拟议的方法,科研人员估计3月8日伦巴第大区总人口中实际暴露病例的累计数量约为确诊感染病例累计数量的15倍。根据这种情况,伦巴第大区大爆发的天数为零,即2020年1月21日。科研人员还发现直到3月8日的有效疾病日传播率为0.779(90%CI:0.777-0.781),而每天的“有效”死亡率为0.0173(90%CI:0.0154-0.0192),基于这些值,发现基本再现率R0为4.04(90%CI:4.03-4.05)。通过在3月8日将传播率降低90%以反映意大利几乎所有活动的暂停,科研人员运行模拟器来预测该流行病的消退,模拟结果表明,如果继续采取这些措施,预计到2020年5月底伦巴第大区COVID-19疫情将完全消失。
  • 《3月25日_Nature发文称意大利爆发的COVID-19疫情数周未被发现》

    • 来源专题:COVID-19科研动态监测
    • 编译者:xuwenwhlib
    • 发布时间:2020-03-25
    • 信息名称:Nature发文称意大利爆发的COVID-19疫情数周未被发现 1.时间:2020年3月25日 2.机构或团队:Nature 3.事件概要: Nature发布有关新型冠状病毒的最新消息“Coronavirus latest: The outbreak in Italy went undetected for weeks”,文章提到,新型冠状病毒SARS-CoV-2最早在1月1日爆发于意大利北部。伦巴第大流行的流行病学分析表明,该国第一次出现症状是在2月20日报告该病之前的几周。该研究调查了近6,000个实验室确认的病例,以追踪该地区疫情的蔓延情况,并于3月20日发布到arXiv预印本平台。没有参加这项工作的意大利都灵ISI基金会传染病建模师Michele Tizzoni说,1月份未被发现的传播“非常惊人”,“那时我们可能仍在谈论武汉”,取而代之的是,当在意大利发现第一例病例时,该病毒已经传播到伦巴第南部的大多数城镇。在接下来的几周中,将近一半的COVID-19检测呈阳性的患者入院。大约五分之一的人需要重症监护。 作者写道,伦巴第大区爆发的新情况清楚表明,必须采取“积极的遏制策略”才能阻止病毒传播。尽管在第一次阳性检测后仅3天就禁止了该地区的公共活动和集会,但之前几周未被发现的传播意味着该病毒已经存在了,病例大约每3天就增加一倍。Tizzoni认为这些数据对于其他国家和公共卫生组织准备好应对自己的大流行病至关重要。 4.附件: 原文链接: https://www.nature.com/articles/d41586-020-00154-w