《宿主细胞骨架作为多效支架的功能:协调病毒生命周期调控和介导宿主抗病毒先天免疫反应》

  • 来源专题:农业生物安全
  • 编译者: 任洁
  • 发布时间:2023-08-14
  • 病毒是专性细胞内寄生虫,严重依赖宿主来启动感染、完成复制周期并产生新的子代病毒颗粒。为了实现这些目标,病毒进化出了许多巧妙的策略来颠覆和利用不同的细胞机制。细胞骨架通常是最先被劫持的组件之一,因为它为病毒进入细胞并到达复制位点提供了便利的运输系统。细胞骨架是一个复杂的网络,参与控制细胞形状、货物运输、信号转导和细胞分裂。在病毒生命周期中,宿主细胞骨架与病毒发生复杂的相互作用,以及生命周期完成后的细胞间传播。此外,宿主还产生独特的、细胞骨架介导的抗病毒先天免疫反应。这些过程也涉及病理损伤,尽管综合机制仍然难以捉摸。本文就几种主要病毒诱导或劫持细胞骨架结构的功能及其抗病毒反应进行综述,以期对细胞骨架与病毒之间的相互作用提供新的认识,从而为设计靶向细胞骨架的新型抗病毒药物提供参考。
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  • 《Cell | 在宿主细胞中可视化蓝舌病毒RNA基因组与衣壳蛋白的组装过程》

    • 来源专题:战略生物资源
    • 编译者:李康音
    • 发布时间:2024-04-18
    • 2024年4月12日,加州大学洛杉矶分校周正洪团队在Cell上发表题为RNA genome packaging and capsid assembly of bluetongue virus visualized in host cells的论文,利用cryo-EM和cryo-ET等多种方法探究dsRNA病毒BTV在宿主细胞内复制组装的的机理。 该研究团队多年来一直以蓝舌病毒(bluetongue virus,BTV)为模式系统来研究dsRNA病毒的生命周期。蓝舌病毒是无囊膜双链RNA病毒的一个典型代表,其能够感染牛、羊、鹿等动物而引起严重的传染性疾病蓝舌病,致死率超过90%。BTV病毒颗粒由三层衣壳蛋白包裹着10段双链RNA基因组构成。内层蛋白为VP3,中间层为VP7,外层为膜穿孔蛋白VP5和受体结合蛋白VP2。10段基因组首先以ssRNA的形式包装进衣壳内然后复制成为dsRNA,这个过程极为复杂,一直都是领域内悬而未解的难题之一。BTV病毒组装的研究难点在于病毒具有多层复杂结构,组装过程高度动态,其中间状态难以捕捉。 继2021年在Nature Microbiology发文阐明BTV病毒在低pH条件入侵宿主细胞的机理后,研究团队紧接着利用聚焦离子束减薄(cryo-FIB)和冷冻电子断层成像(cryo-ET)相结合的技术来探究病毒在宿主细胞内复制组装过程的原位信息(图1)。在这个流程中,首先在冷冻电镜载网上培养宿主细胞然后用BTV病毒感染。感染的宿主细胞通过cryo-FIB切割减薄为厚度大约200 nm的细胞薄层然后收集cryo-ET原位数据以分析宿主细胞内病毒的各种状态。进一步通过亚断层平均分析捕获了多种病毒组装的中间状态,包括单层的pre-subcore,双层的core,三层的pre-virion和virion等。其中pre-subcore是此研究中首次发现的一个状态,它属于病毒组装的早期中间体,对于理解病毒基因组包装至关重要。 在此基础上,通过结合单颗粒分析、体外重组和突变体的生化细胞功能验证,研究者们一共解析了11个病毒基因组包装和衣壳组装的中间体。之前的研究表明病毒蛋白VP6对于BTV基因组RNA的组装至关重要,在VP6突变株中,病毒组装的衣壳都是空心的,不含RNA。在以上解析的11个中间体中,pre-subcore是一个5次轴处有内陷的VP3组成的单层颗粒,内部含有部分RNA密度。之前未知的VP6蛋白以五聚体的形式结合在VP3下方,具有RNA结合功能,可以将基因组ssRNA从衣壳外部通过5次轴通道运送到衣壳内部。而体外生化实验表明ssRNA又能反过来促进衣壳蛋白的组装。这些研究揭示了BTV组装过程同时具有ssRNA病毒衣壳蛋白和基因组共组装的特性和dsDNA病毒衣壳蛋白预组装的特性,统一了先前相互矛盾的模型。在10段ssRNA基因组相互作用同时被包裹进衣壳后,由RNA聚合酶VP1复制成为dsRNA,此过程中内陷的VP3向外扩张成为球形,紧接着中间层和外层蛋白依次组装形成一个完整的病毒颗粒并释放到细胞外。 综上,该研究结合多项技术同时探究dsRNA病毒在宿主细胞内复制组装的机理,提出了BTV病毒组装的“二重性”模型,为其他类型病毒的研究提供了参照,也为相应抗病毒疫苗和药物的开发提供可宝贵的科学依据。
  • 《Nature | 细菌用DNA糖基化酶抗病毒》

    • 来源专题:战略生物资源
    • 编译者:李康音
    • 发布时间:2024-04-21
    • 2024年4月17日,洛克菲勒大学Luciano A. Marraffini、芝加哥大学Phoebe A. Rice共同通讯在Nature发表题为DNA glycosylases provide antiviral defence in prokaryotes的文章,发现了原核生物利用DNA糖基化酶防御病毒感染的新机制。迄今为止,这些酶在抗病毒免疫方面还不太被认可,然而作者指出其在细菌和噬菌体之间正在进行的进化军备竞赛中发挥着关键作用。通过创新实验方法,该团队绕过了现有基因组数据的限制,探索了环境DNA(eDNA)尚未开发的潜力,发现新的抗病毒防御机制。 这项研究始于一种策略性方法,通过用裂解大肠杆菌T4噬菌体感染携带土壤宏基因组DNA库的大肠杆菌来分离防御基因。该策略鉴定了一种以前未知的DNA糖苷酶Brig1,其特异性靶向并从T4噬菌体基因组中去除α-葡糖基羟甲基胞嘧啶(α-葡糖基hmC)核碱基。当Brig1作用于病毒DNA时,它会产生无碱基位点,有效地阻止病毒复制的进程。Brig1的特异性是显著的:它能够在体外降解T4噬菌体DNA,证明其直接参与阻碍病毒生命周期。经过仔细检查,发现Brig1是一种具有最低裂解酶活性的单功能糖基化酶,这意味着它能切除受损或修饰的碱基,而不会立即切割DNA的磷酸二酯酶骨架。相反,在适当的条件下,它会产生无碱基位点,导致β-消除反应后的双链DNA断裂。 作者通过分离成功绕过酶防御的“逃避者”噬菌体,进一步阐明了Brig1的有效性。对这些逃避者的基因分析揭示了T4α-葡糖基转移酶基因的突变,表明Brig1靶向噬菌体自身引入的葡糖基化标记。重要的是,该研究在不同细菌分支的不同细菌防御基因座中都检测到了Brig1的同源物,表明这些糖基化酶赋予了细菌对一系列T噬菌体的免疫力。Brig1对α-葡糖基hmC的特异性表明,T噬菌体可能进化出了羟甲基胞嘧啶的不同修饰模式,以逃避宿主编码的DNA糖苷酶(如Brig1)的识别和降解。 此外,该研究强调了Brig1和宿主DNA修复途径之间的相互作用。Brig1对病毒DNA的作用导致可能触发宿主修复机制的改变,随后进一步降解噬菌体基因组,从而放大抗病毒反应。 总的来说,这项研究展示了原核生物中一类以前未被识别的抗病毒蛋白——DNA糖基化酶——它们作为分子哨兵防御噬菌体入侵。Brig1及其同源物的发现为未来研究原核宿主及其病毒捕食者之间的动态相互作用开辟了令人兴奋的途径,对生物技术和理解宿主-病毒相互作用的自然进化具有重要意义。这项工作强调了筛选未测序DNA样本以揭示新型免疫系统的能力,并扩展了我们对细菌防御的复杂性和多功能性的了解,还指出存在更广泛的相关糖苷酶家族,每种糖苷酶都可能靶向不同噬菌体群体中hmC核碱基的不同修饰。