《昆明植物所为全球红豆杉属植物制定分子和地理身份证》

  • 来源专题:中国科学院亮点监测
  • 编译者: yanyf@mail.las.ac.cn
  • 发布时间:2018-08-01
  •         物种的准确鉴定是生物多样性保护的基石,为珍稀濒危物种找到一个快速、准确的鉴定方法,对生物多样性保护策略的制定、非法贸易的遏制乃至司法公正都至关重要。然而,传统分类学的方法已无法满足上述需求,特别是对一些特征残缺、经过初加工的样品更是束手无策。DNA条形码技术融合物种分布区模拟来构建可靠的物种鉴定体系的方法,为上述问题的解决带来了曙光。然而在全球尺度上,条形码标准数据库的构建目前仍缺乏兼顾类群覆盖和空间分布的深度取样研究。

      中国科学院昆明植物研究所植物多样性演化和生态适应团队的高连明团队和植物多样性与基因组学团队李德铢团队多年来一直致力于红豆杉属物种形成演化和保护遗传学研究。红豆杉属(Taxus L.)隶属于红豆杉科,其枝叶和树皮中含紫杉醇,该化合物对乳腺癌、卵巢癌等癌症具有良好的疗效。但自20世纪90年代起,由于人为过度砍伐利用,红豆杉属的野生资源急剧下降,部分地方的野生群体甚至已经灭绝。在原有分类学框架下,该属5个物种被世界自然保护联盟(IUCN)列为濒危物种,4个收录入《濒危野生动植物种国际贸易公约》(CITES)附录II,而我国将该属全部植物列为国家一级保护植物。此前,该研究团队在红豆杉属的物种形成和演化方面取得了系列进展(Gao et al. 2007; Liu et al. 2011; Liu et al. 2013; Moller et al. 2013; Poudel et al. 2014)。最近,该团队副研究员刘杰联合国内外同行,通过整合全球红豆杉属的遗传和分布数据,综合运用DNA条形码、物种分布区模拟和谱系地理学等多学科交叉的研究方法,首次提出全球红豆杉属共有15种,中国有10种,并为全球已知的15种红豆杉属植物构建了DNA条形码标准数据全库(comprehensive reference library)和精准的物种分布地图,确定了该属全部物种的分子和地理身份证,并将其成功运用到法医鉴定中,构建了标准的物种鉴定体系。

      研究发现,trnL-trnF是红豆杉属理想的DNA条形码,它可以鉴定该属所有物种;结合ITS,则可以鉴定杂交种;NJ法是最理想的物种鉴定方法。通过4151个个体trnL-trnF序列的扫描,检测到73个在物种甚至群体水平特异的单倍型,在195个个体的ITS序列中,发现了63个单倍型,两者构成了基于单倍型的红豆杉属DNA条形码标准数据全库。DNA条形码取样策略比较表明,DNA条形码标准数据库的全面性和可靠度受到类群、地理和遗传不同维度的取样完整性和强度的综合影响。物种分布区模拟显示,除了分布在中国-喜马拉雅地区的南方红豆杉外,其余物种都呈异域分布式样。基于该研究建立的DNA条形码标准数据全库和物种分布地图已成功应用于三例法医鉴定案中,其中,两个未知样品被准确鉴定到种级水平,其一精准到了来源地;第三个样品被成功鉴定为杂交种。该研究构建的红豆杉树属植物标准物种鉴定体系,将在该属植物的物种监管、多样性保护管理和打击非法贸易等方面发挥重要作用,此外,该研究也将为其他IUCN和CITES附录类群的标准物种鉴定体系构建提供可循范例。

      研究成果以Integrating a comprehensive DNA barcode reference library with a global map of yews (Taxus L.) for forensic identification 为题于“国际生物多样性日”(5月22日)在线发表在Molecular Ecology Resources上。刘杰为论文第一作者,高连明和李德铢为论文通讯作者。该研究得到了国家自然科学基金、国家重大科学研究计划和昆明植物所学科交叉引导项目的资助。

相关报告
  • 《Science | 人类使用植物的全球分布》

    • 来源专题:战略生物资源
    • 编译者:李康音
    • 发布时间:2024-01-22
    • 2024年1月18日,剑桥大学等机构的研究人员在Science上发表题为The global distribution of plants used by humans的文章。 该研究调查了35687种人类利用的植物物种的全球分布,包括10种用途(如食品、医药、材料)。该研究结果表明,利用植物多样性与总植物多样性之间存在普遍的一致性,这促进了物种多样性保护及其对人类的贡献的潜力。 尽管中美洲、非洲之角和南亚的土著土地拥有不成比例的利用植物多样性,但保护区的出现率与利用物种丰富度呈负相关。寻找保护利用植物和传统知识集中地区的机制必须成为实施《昆明—蒙特利尔全球生物多样性框架》的优先事项。
  • 《昆明植物所实现细胞松弛素aspechalasine A的全合成》

    • 来源专题:中国科学院亮点监测
    • 编译者:yanyf@mail.las.ac.cn
    • 发布时间:2018-10-17
    •         结构复杂多样的天然产物是现代药物发现的重要源泉,然而由于大部分天然产物自然来源极其有限,难以对其化学结构、生物及药理活性、生物合成途径开展深入研究,因此,如何简洁、高效地大量获得天然产物及其类似物成为天然产物化学、药物化学、有机化学和化学生物学的重要研究领域。   细胞松弛素是一大类真菌代谢产物,目前该家族已分离得到300多个成员。它们不仅具有复杂且迷人的化学结构,同时也有着广泛的生物活性,其中包括免疫调节、细胞毒性和杀线虫活性。这一类天然产物分子早已引起多位合成大师的广泛关注,并且已报道了许多杰出的工作,如早期的E. J. Thomas, G. Stork, E. Vedejs, B. M. Trost及近期的A. G. Myer等人都发展了非常漂亮的全合成路线来制备这类天然产物以研究其药理活性。近年来,华中科技大学张勇慧课题组陆续分离得到了一系列细胞松弛素类的多聚体如asperchalasines A-H等,其中结构最为复杂的asperchalasine A从生源合成的角度来看,被认为是由两分子aspochalasin B和一分子epicoccine杂合而成,分子中含有20个手性中心和5/6/11/5/5/6/5/11/6/5十个环系,结构十分复杂;在生物活性方面,asperchalasine A对肿瘤细胞株在G1周期具有显著的抑制活性,而对正常细胞株几乎无影响,具有潜在的药物研究价值。该类分子一经发布便引起国内外多位合成化学家的关注。   近期,中国科学院昆明植物研究所天然产物合成化学团队,以最长线性步骤16-17步,完成了asperchalasine A等分子的首次不对称全合成。在该工作中,利用分子间Diels-Alder反应及分子内Horner–Wadsworth–Emmons大环化等反应,克级制备了这一工作中的关键天然产物aspochalasin B。由aspochalasin B出发再通过分子间的Diels-Alder反应发散性合成了asperchalasines D、E和H,随后利用仿生合成策略实现了分子间立体选择性的5+2环化加成反应,最终实现了asperchalasine A分子的首次全合成。   该工作对揭示asperchalasine A类多聚体的生源合成路径具有重要的参考价值,也对该分子进一步药理活性的研究提供了重要基础。该工作近期以Total Synthesis of Asperchalasines A, D, E and H 为题发表在国际化学期刊《德国应用化学》(Angewandte Chemie International Edition)上,博士生龙先文和丁一鸣为共同第一作者,研究员邓军为论文通讯作者,昆明植物所为唯一单位,该研究得到中国科学院相关人才计划(No. 2017-022)、国家基金委自然基金(21871278)、植物化学国家重点实验自主课题等的资助。