《孩子们很好:合成生物学的训练场现在有了一个转折》

  • 来源专题:人类遗传资源和特殊生物资源流失
  • 编译者: yanyf@mail.las.ac.cn
  • 发布时间:2019-12-19
  • 工业革命期间,当煤炭被大量燃烧时,人们并不知道大气中碳的微妙平衡。当塑料在20世纪30年代被发明出来的时候,我们无法预料它们会如何污染我们的海洋。

    在21世纪,我们对自然世界有了更好的理解。我们也有工具和技术让人们更好地与世界保持平衡。精密技术,如国际遗传工程机器(iGEM)竞赛中开发的合成生物学解决方案,正在帮助我们解决过去的问题,同时建设一个可持续的明天。

    对合成生物学领域的年轻科学家来说,iGEM竞赛几乎是人生必经之路。这项比赛于2003年在麻省理工学院(MIT)的一个独立学习课程中诞生。Ginkgo Bioworks的联合创始人汤姆·奈特(Tom Knight)也是第一门课程的联合创始人。还有iGEM的创始人兰迪·雷特伯格和合成生物学的领导者德鲁·恩迪。Ginkgo联合创始人Austin Che、Reshma Shetty、Barry Canton和Jason Kelly参加了早期的课程。2006年,他们一起加入了一个iGEM团队,致力于在大肠杆菌中生产一种风味化合物。如今,许多合成生物学的行业领袖都是在iGEM crucible的激烈竞争中脱颖而出的。

    自2003年以来,iGEM已经发展成为一个全球性的活动,成千上万的参与者聚集在波士顿参加iGEM的大型聚会。这个比赛展示了来自高中、本科和研究生水平的年轻合成生物学家的创新,这些创新有助于通过合成生物学解决全球问题。关键在于使用标准的生物部件。这些是DNA的功能单位,就像基因或启动子。这些部件被添加到iGEM注册表中,以便未来几年世界各地的团队可以使用它们来创建新的生物解决方案。它的全球团队合作。

    用生物学构建未来

    考虑到它们对培养下一代合成生物学家的影响,有远见的公司热衷于支持iGEM团队。Twist Bioscience公司认识到,通过将他们的DNA合成技术与iGEM合作,他们可以为参与者带来直接的好处。DNA是工程生物学的基础元素,是能够规划可持续生物经济的“生物细胞”。Twist在硅芯片上开发了一个独特的DNA合成平台。当首席执行官艾米丽·勒普罗斯特(Emily Leproust)在2019年的大型聚会上致辞时,她把DNA比作语言。

    wist的CEO Emily Leproust在iGEM巨人大会上向下一代合成生物学家发表演讲。她传达的信息是:制造DNA的能力永远不应该成为创新者为世界提供生物解决方案的障碍。照片:iGEM基金会和贾斯汀·奈特。

    她解释说:“单个信件的影响力很小,但如果按顺序排列,它们有能力描述我们周围的世界,带来知识、关系和参与。”她强调了iGEM的创业精神和改变世界的精神,并补充说:“Twist始于一个伟大的想法。我们可以用硅技术来写DNA。我们每天都在生产数百万的寡核苷酸,我们把这些寡核苷酸转化成数千种高级基因,供研究人员使用。”

    今年的团队瞄准了污染

    污染是今年比赛的共同主题之一,在今年的iGEM巨人大会上,有许多杰出的团队在这个领域工作:

    埃克塞特大学的研究小组指出,海洋中35%的微塑料污染来自洗衣,其中大部分来自我们的聚酯服装。他们着手制造一种以酶为基础的过滤器,阻止细菌进入海洋。他们的方法包括合理地设计酶和重建现有酶的祖先版本,从而最好地设计出一种稳定的、功能性的蛋白质,将其纳入过滤系统。

    iGEM埃克塞特

    另一个大项目旨在设计微生物来捕捉碳并影响当地天气。台湾的NCHU Taichung对浮游植物中的碳捕获途径很感兴趣,这种途径可以生成二甲基硫化物,并将其转化为云凝结核。他们在大肠杆菌中设计了一种不同的二甲基硫通道来做同样的事情。碳捕获本身就有助于减少温室气体的排放,但用这种产品在云中播种也有助于反射阳光,就像地球极地的冰一样。

    曼彻斯特的这个可爱的团队设计了一种细菌来生产天然的染发剂,这种染发剂不仅给头发上色,而且有助于头发的修复。传统的染发剂可能含有过敏原,而且它们的制造比Cutiful合成生物溶液更不环保。他们的生物友好型染发剂甚至能产生令人愉悦的柑橘或香草气味。

    巴黎的Cinergy团队想知道,对于法国每年扔在地上的300亿个烟头,他们能做些什么。每个烟蒂需要10到15年才能自行降解,但巴黎的研究小组找到了一种方法,将它们转化为绿色电力。他们通过改造微生物,将烟蒂的主要成分醋酸纤维素分解成碳水化合物。碳水化合物可以被另一种微生物用来制造电子,这些电子被引导到导线上,产生可用的电能。

    超越iGEM:把好的想法带到这个世界

    在iGEM开发的新奇想法也不会在项目结束时消失。为了帮助留住和发展这些全球人才,iGEM基金会在iGEM之后成立。

    “大约有150位相关的基于synbio的iGEM联合创始人参与了竞争。这些都是应用合成生物学公司,专注于食品、农业技术、水和健康等领域。

    Wright强调了一些团队的成功,如Ginkgo、PvP Biologics、Hyasynth和Puraffinity,但还有很多很多的成功故事都是在iGEM中诞生的。After iGEM的目标是与世界各地的igemer保持接触,通过专业项目发展他们的技能和公司,并帮助传播全球问题的生物解决方案的理念。

    投资于人是实现这一目标的关键。工程生物学不是一项开发或规模化的廉价技术,该领域依赖于寻求改善我们世界的赠款和投资的支持。Twist等公司认识到了这一点。

    “我们绝不希望DNA成为你研究的限制因素,”勒普罗斯特在今年的大型聚会上说。“这就是为什么我们今年为每个团队提供了10000个免费DNA碱基,并支持iGEM合成标准化的部分。”

    iGEM

    2019年10月,波士顿,iGEM团队成员与主会场或iGEM大会上的竞赛评委交换。照片:iGEM基金会和贾斯汀·奈特

    通过快速、廉价地获取注册表中的任何部分,世界各地的iGEM研究人员都可以进行他们的创新项目,而不必一次花费数周时间等待从头合成DNA部分。

    人类面临的卫生、食品和供水方面的全球性挑战需要一个全球性的解决方案。iGEM基金会鼓励创新和支持新一代合成生物学家。在iGEM校友和Twist Bioscience等公司的支持下,他们将把我们的世界变得更美好。

    ——文章发布于2019年12月10日

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    • 美国科学家联合会(FAS)的Ali Nouri博士和文明企业的Shahram Seyedin-Noor博士 1980年,世界卫生组织宣布正式消灭天花,这是现代医学最辉煌的成就之一。据估计,天花病毒在20世纪已导致3亿多人死亡。这是包括第一次世界大战和第二次世界大战在内的同一时期所有战争死亡人数总和的三倍。 今天,科学家们掌握了使天花起死回生的工具。(1975年诺贝尔生理学或医学奖(Nobel Prize in physiology or medicine)得主戴维·巴尔的摩(David Baltimore)说,“发表了天花病毒序列,所以如果你有实验室设备,你可以通过合成来修复它。”) 事实上,他们已经用其他几种病毒做到了这一点。去年,加拿大研究人员利用邮购DNA以10万美元的价格重组了“灭绝”的马痘病毒,它是天花的近亲。在这一实验之前,还有其他类似的实验,包括2002年小得多的脊髓灰质炎病毒的组装,以及2005年H1N1大流行病毒(也被称为“西班牙流感”)的复活。一个世纪前,H1N1大流行病毒夺去了5000万人的生命。在这些科学里程碑和对医疗保健、环境友好型制造等诸多领域的其他贡献背后,是一个被称为合成生物学的领域——而且它正在加速发展。 合成生物学,或称synbio,结合了工程和生物学的原理,生产用于农业、医疗保健、食品、材料等领域的产品。在10月的第一周,在加州旧金山举行的SynBioBeta 2018大会上,来自世界各地的科学家、工程师、企业家、决策者和风险投资家展示并讨论了synbio的最新进展。这些最前沿的创新包括在DNA分子中存储数字信息(0和1),重新设计臭名昭著的沙门氏菌,使其成为疫苗传递的来源,重新连接细菌的遗传电路,制造能够检测环境污染物的生物传感器。 在synbio社区中,我们将生物技术的巨大力量视为一股美好的力量。但合成生物学也带来了需要管理的风险。其中一个危险来自生物技术的双重用途应用- -这种技术可能被转用于制造毒素和病原体作为生物武器。随着合成生物学的基石变得更加分散,或“民主化”,这些工具被怀有恶意的个人滥用的风险也随之上升。 考虑DNA合成技术。利用化学前体高效、廉价地构建长DNA分子的能力,对synbio初创公司和大学里的科学家们来说是一个巨大的好处,他们现在可以把这项繁琐的任务外包给集中的设施。但这也为一种可能性打开了大门,即一个怀有邪恶意图的人可能会订购属于毒素和病原体的基因。一旦获得,这些基因可以被导入细胞或无细胞提取物,在那里它们可以被转录,然后转化成毒素,甚至是致病病毒。 为了应对这种风险,DNA合成公司在国际基因合成联盟(IGSC)的旗帜下进行了谨慎的自我监管。2009年,IGSC开始筛选客户的身份,以及长度超过200个碱基对的任何双链DNA分子订单。其目的是确保属于毒素和病原体清单的DNA序列只提供给被特别授权与这些制剂合作的研究人员。 这一框架是近10年前实施的,今天仍然有效。然而,它并非没有缺点。筛选短寡核苷酸存在技术挑战,短寡核苷酸可用于构建更大的DNA分子。此外,IGSC的成员仅占基因合成市场的80%,这就留下了一个漏洞,一个坏家伙可能会利用这个漏洞。 虽然这个框架在很大程度上是静态的,但技术却不是。随着synbio的加速,风险也在增加。例如,公司正在努力构建桌面基因合成器,可以卖给实验室甚至个人。这将需要一个不同于目前集中式DNA工厂的风险缓解框架。其他公司正在努力创造新的平台来产生分子和改良的生物体来治疗疾病。这些技术也可以用来制造新的毒素和致病菌。再加上机器人自动化的趋势、软件和计算机辅助生物设计(Bio-CAD)以及人工智能方面的新进展,很明显,即使是没有经过正规科学训练的新手,最终也可能会使用这些工具,不管它们是好是坏。 从这里我们要去哪里? 显然,确保合成生物学共同体的工具不被用于或试图用于邪恶的目的是符合其利益的。这两种情况都可能引发严重的政府监管,从而阻碍该行业的创新和增长。 该行业作为一个整体,有机会建立在最初的自我调节模型的基础上,这一模型已被几家领先的基因合成公司采用。正在开发新技术的科学家和工程师处于有利地位,能够通过量身定制的技术和制度保障措施来防止滥用(阿里·努里(Ali Nouri)博士是约翰霍普金斯大学卫生安全中心(Center for Health Security)与SynBioBeta 2018联合举办的生物安全和合成生物学会议研究金的研究员)。它们应该与政策界建立桥梁,评估风险,制定拟议的指导方针,并以促进而不是阻碍进一步创新的方式实施这些方针。 就商业企业而言,包括初创企业和资助它们的私人风险投资家在内的商业企业,也可以采取一种积极警惕的文化,将识别和减轻风险列为优先事项。马克•扎克伯格(Mark Zuckerberg)普及的“快速行动,打破陈规”(move fast and break things)箴言,帮助推动了创新,但也带来了新的风险。从俄罗斯最近对美国选举的干预可以看出,即使是像社交媒体这样看似无害的技术,如果没有有效的保护措施,也可能具有破坏性的“双重用途”。就合成生物学而言,滥用的可能性和降低风险的必要性更加明显。 基因合成公司已经证明,学术界、商界和政策界可以在一个动态的框架内共同努力,抵御风险。该框架倡导过程透明、开放渠道、跨学科合作和行业标准,这些标准必须得到普遍采用,才能真正有效。合成生物学的双重用途并非独一无二;人工智能、增材制造和其他新兴领域都带来了巨大的利益和风险。 通过建立并超越现有的DNA合成风险缓解框架,synbio社区可以为其他部门树立一个强大的榜样。 ——文章发布于2018年10月22日
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    • 本文由印度最大的私营企业信实工业有限公司为您播报。欲了解更多信息,请访问www.ril.com 到2100年,全球人口预计将达到112亿,预计97%的人口增长将出现在发展中地区,地球面临着资源压力。在世界上人口最多的亚洲大陆,上个世纪的快速增长和经济发展对环境造成了破坏。为了满足日益增长的人口日益增长的需求,砍伐森林以开垦土地供人类使用,造成了生境破坏和生物多样性的丧失。人类和工业活动也导致了污染和气候变化。 不幸的是,据预测,人口密集的发展中国家将经历最快的增长,从而对已经有限的资源造成更大的压力。创新者、研究人员和企业家越来越多地向合成生物学寻求解决方案。藻类和细菌已经通过基因工程生产生物燃料,这是一种环境友好的化石燃料替代品。这些方法对南亚国家来说可能是至关重要的,因为这些国家的空气污染程度很高。限制获得洁净水是另一个关键问题,可以通过开发微生物生物传感器(比酶更稳定)来检测水中的重金属污染物来部分解决这个问题。 印度在南亚地区占有重要地位,是世界上人口第二多的国家,拥有近14亿人口。这些人中的大多数显然将从解决环境可持续性问题的合成生物学应用中获益。然而,合成生物学研究在印度仍处于起步阶段,而且在很大程度上仅限于少数几个机构和团体,包括印度理工学院(IITs)、国家生物科学中心(NCBS)、科学与工业研究理事会(CSIR)和贾瓦哈拉尔·尼赫鲁大学。只有喀拉拉邦大学的系统和合成生物学中心专门研究合成生物学。 印度的情况与其他亚洲国家的主要合作研究平台形成了鲜明对比,比如新加坡合成生物学协会(Singapore Consortium for Synthetic Biology)和深圳合成生物学协会(Shenzhen Synthetic Biology Association)。印度必须尽快赶上它的邻国——有一个强大的力量可以帮助它达到这个目标。 用合成生物学来驱动一个清洁的星球 信实工业有限公司(RIL)是一家位于印度合成生物学领域前沿的私营企业。该公司成立于1957年,由迪鲁拜•安巴尼(Dhirubhai Ambani)在孟买的Masjid Bunder创办,当时是一家小型纱线贸易公司,现已成长为印度最大的私营企业,业务遍及能源、环境、纺织和石化领域。 通过这些项目,RIL希望开发出为清洁地球提供动力的策略。目前,RIL的研发重点集中在三个关键领域:将有机废物转化为煤油和航空燃料,将麻疯树转化为航空燃料和生物柴油,将藻类转化为生物原油和化学品。农业是印度经济中最重要的部门,占印度国内生产总值(GDP)的18%,每年产生数百万吨的农业废弃物,RIL的研发工作有可能对印度农业产生重大影响。 RIL还在积极探索基于藻类的清洁地球战略。藻类是将阳光和二氧化碳转化为储存能量的高效转换器。基因编辑技术的进步可以显著提高藻类产量和/或光合作用捕获二氧化碳的能力——这是一种可能的生化生产策略,也可以降低大气中的二氧化碳水平,使地球变得更清洁。 里尔公司的Rcat HTL技术将食品废料和农业残渣中的有机成分转化为可再生的煤油和航空燃料。通过麻风树的多代回交,提高了麻风树的产量,为干旱条件下边缘土地上的麻风树种植园提供了潜在的商业机会。 RIL团队还致力于利用微生物从废物中生产有用的产品,并为环境的可持续发展做出贡献。例如,RIL在大肠杆菌和梭状芽孢杆菌中设计了新的代谢途径,使微生物能够从废糖和合成气中产生高价值的生化物质——有效地减少浪费,最大限度地利用合成气,同时生产特殊化学品。 RIL在藻类转化石油方面的努力使该公司对光合作用有了更好的定量理解。类似地,CRISPR和多组学平台等先进技术的强大能力将使RIL能够解决农业、卫生等领域的潜在机遇。 商业上的成功不必以牺牲企业或社会责任为代价 在追求利润的竞赛中,企业责任往往是商业成功的对立面。然而,成功并没有以牺牲RIL公司的可持续性为代价。随着新兴经济体对精细化学品的需求不断增长,预计到2023年,全球特种化学品市场规模将达到7822亿美元。由于它的重点是合成生物学研究,RIL准备享受一部分利润。 在经济成功的过程中,RIL没有忘记它对提高弱势群体人民生活质量的承诺。其慈善机构信实基金会成立于2010年,作为各种倡议的平台。目前,该基金会的重点是在农村转型、卫生、教育、体育促进发展、救灾、艺术、文化和遗产以及城市重建等领域创造变革。通过诸如Bharat-India-Jodo这样的项目,信实基金会已经影响了印度超过15500个村庄和100个城市地区的2000万人的生活。Bharat-India-Jodo项目帮助那些生计选择有限的农村农户,而城市更新计划则改善了公共空间。 合成生物学是一种强大的工具,可以同时为创收、环境修复和社会发展打开大门——对于印度这样的国家来说,这是至关重要的,因为大多数人口将直接和立即从合成生物学技术中受益。对于像RIL这样的公司来说,投资合成生物学是一个明智的举措,它们希望进入生物化学市场,注重环保,同时回馈社会。