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《基于培养液滴数字聚合酶链反应的结核分枝杆菌快速直接药敏试验。》

  • 来源专题：实验室生物安全
  • 编译者： 张虎
  • 发布时间：2019-05-16

  • 使用ddPCR，Xpert，定量PCR（qPCR）和MGIT TM 960 TM检测102个痰样品中的结核分枝杆菌。 通过测量培养4天内DNA量的变化来测试ddPCR阳性样品对利福平（RMP），异烟肼（INH）和链霉素（SM）的易感性。 为了比较，使用标准琼脂比例法测试MGIT 960阳性样品的易感性。

  • 原文来源：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/30808455
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相关报告

  • 《含有贝达喹啉和德拉马尼等14种药物的微量滴定板用于结核分枝杆菌大规模药敏试验的验证》
    • 来源专题：结核病防治
    • 编译者：蒋君
    • 发布时间：2018-09-04
    • UKMYC5平板是由CRyPTIC联合会（结核病综合抗性预测：国际联合会）设计的96孔微量滴定板，能够测量14种不同抗结核（抗TB）化合物对于超过30,000临床结核分枝杆菌分离株作用的MIC值。与UKMYC5板所基于的MYCOTB板不同，UKMYC5板包括两种新的（贝达喹啉和德拉马尼）和两种改变用途的（氯法齐明和利奈唑胺）化合物。 UKMYC5平板由四大洲的七个实验室通过使用一组19个外部质量评估（EQA）菌株（包括H37Rv）进行测试。为了评估阅读方法和培养时间的最佳组合，在培养7、10、14和21天后，使用三种方法（镜像盒，显微镜和Vizion数字观察系统），由两个读数器从每个板测量MIC。此外，对所有EQA菌株进行全基因组测序，并通过7H10 / 7H11琼脂比例法（APM）和MGIT960分枝杆菌生长指示管进行表型表征。我们得出结论，在孵育14天后，使用Vizion系统可以最佳地读取UKMYC5平板，达到了97.9％的互读一致性，并且实验室内和实验室间重复率分别为95.6％和93.1％。镜像盒具有类似的可重复性。被分类为APM，MGIT960抗性的菌株或已知赋予抗性突变的菌株与被分类为易感的菌株相比，MIC持续升高。最后，UKMYC5板记录了一个菌株的中间MIC，APM测量了接近应用的临界浓度的MIC，这为证明UKMYC5板可以定量地测量由特定遗传变异引起的抗TB化合物的耐药性提供了早期证据。
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  • 《应用PCR-反向点杂交技术快速检测结核分枝杆菌耐药突变基因》
    • 来源专题：结核病防治
    • 编译者：李阳
    • 发布时间：2016-10-18
    • PCR-反向点杂交技术是一种将PCR技术的高敏感度、反向斑点杂交技术的高特异性和膜芯片技术的高通量3种优势有效结合起来的快速基因诊断手段，可同时检测4种一线抗结核药物5个常见耐药相关基因上13个位点的突变，简便快速，且可直接采用痰标本进行检测，8小时即可得出结果。基于此，来自江西省胸科医院的研究人员以该院肺结核住院患者痰标本为分析样本，借助PCR-反向点杂交技术对一线抗结核药物（异烟肼、利福平、链霉素及乙胺丁醇）5个常见耐药突变基因上的13个位点进行了检测，用于了解基因突变发生频率及分布特点，并以药敏试验为金标准进行比较，分析其敏感度、特异度、符合率、阳性预测值及阴性预测值等指标，旨在评价其在结核分枝杆菌快速耐药检测中的应用价值，其相关成果发表于《中国防痨杂志》2016年第38卷第8期。 研究共纳入经病原学或病理学证实或符合菌阴肺结核诊断标准的1071例肺结核住院患者（男723例、女348例），且均送检了痰液标本。采用PCR-反向点杂交技术对上述痰标本进行异烟肼（H）、利福平（R）、链霉素（S）及乙胺丁醇（E）耐药基因检测，并以基于痰培养（改良罗氏培养）阳性标本的比例法药敏试验检测结果为金标准来验证基因检测结果的可靠性，进而评价其检测效能。 PCR-反向点杂交检测结果显示，596例结核杆菌阳性（阳性率为55.65％），其中218例（36.58％）检出H、R、S、E耐药基因突变，分布于所测13个位点。此外，根据药物突变位点检出例次占该药物基因突变总检出例次的构成比，发现H、R、S、E最常见突变位点分别位于KatG的315M（82.53％，137/166）、rpoB的S531L（69.50％，98/141）、rpsl的43M（78.65％，70/89）以及embB的306M2（55.13％，43/78）和306M1（39.74％，31/78）。 此外，433例患者标本同时行结核杆菌培养，发现157例培养及PCR-反向点杂交检测均为阳性，其中药敏试验结果显示耐药者74例，H、R、S、E分别耐药45、59、37及19例。以培养及药敏试验结果为金标准，PCR-反向点杂交法对H、R、S、E的耐药检测经Kappa检验具有较好一致性（Kappa值分别为0.77、0.73、0.66、0.49），其中反向点杂交法的敏感度分别为88.89％（40/45)、79.66％（47/59）、67.57％（25/37）、63.16％（12/19）；特异度分别为91.07％（102/112）、91.84％（90/98）、95.00％（114/120）、91.30％（126/138）。 综上所述，PCR-反向点杂交技术用于结核杆菌耐药基因检测具有快速、可靠的优点，对早期临床用药具有指导作用，但限于检测基因的不足，使得诊断敏感度不够高，因而后续还需纳入更多突变基因来开展相关的试验研究。
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