我们检查了SARS-CoV-2的169个基因组，发现它们可以分为两种主要的基因型，即I型和II型。类型I可以进一步分为类型IA和IB。我们的系统发育分析表明，IA型最类似于祖先SARS-CoV-2。 II型可能是从I型演变而来，主要导致感染。我们的结果表明，II型SARS-CoV-2是武汉华南市场暴发疾病的源头，很可能起源于超级传播者。由I型病毒引起的暴发应该在其他地方发生，因为患者与市场没有直接联系。此外，通过分析区分I型和II型菌株的三个基因组位点，我们发现在这三个位点中的两个位点的同义变化（synonymous changes ）使得II型菌株比I型菌株更高的蛋白质翻译效率，这也许可以解释为什么II型菌株是占主导地位，这更意味着II型比I型更具传染性（传播性）。
