《科学家发现激酶解锁异染色质的“递进修饰”模式》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2021-11-25
  •  11月24日,Nature杂志社《细胞死亡&分化》(Cell Death & Differentiation)在线发表了中国科学院广州生物医药与健康研究院刘兴国/裴端卿/陈可实团队的最新研究成果“MAP2K6 Remodels Chromatin and Facilitates Reprogramming by Activating Gatad2b-Phosphorylation Dependent Heterochromatin Loosening”(MAP2K6 通过激活 Gatad2b 磷酸化依赖性的异染色质松散来重塑染色质并促进重编程)。该研究发现MAPK信号通路二级激酶MAP2K6,通过磷酸化Gatad2b来打开异染色质,并且提高多能性基因启动子区域的组蛋白乙酰化修饰,最终提高多能性基因的表达,促进多能性的获得。这一工作不仅揭示了MAP2K磷酸化介导的染色质状态在细胞命运调控中的作用,而且发现了激酶起始磷酸化-乙酰化的蛋白“递进修饰”的信号转导新模式。

      细胞核中的染色质分为常染色质、异染色质。常染色质处于伸展状态,有转录活性,而异染色质处于聚缩状态,无转录活性,这两者的相互转换在细胞命运转变的关键。体细胞重编程为诱导多能干细胞(iPSC)的过程必然在染色质水平发生显著重塑,因此是研究表观遗传调控的理想模型。通过这一模型,发现了细胞质信号调控DNA甲基化,组蛋白甲基化,组蛋白乙酰化、乳酸化等细胞核表观遗传的系列全新模式。然而,激酶介导的磷酸化信号,作为细胞应答外界的最重要信号,其在细胞核染色质蛋白修饰中的作用,是一个亟待回答的科学问题。

      MAPK信号通路是一个三级级联激酶系统,对细胞外界各种刺激有开关应答式的反应,它们参与并调控如细胞分化、凋亡、转化及衰老等多种细胞生理病理活动。MKK蛋白属于MAPK级联系统的中心激酶,它们有双重特征,既能被特异的上游激酶激活,又能激活特异的下游激酶,以保证信号传导的精确性。在MAP2K1-7等7个二级激酶中仅MAP2K3和MAP2K6两个激酶能解离异染色质并高效促进重编程。这两个激酶结构相似,功能相近,拥有共同的下级激酶P38,然而,尽管它们发挥异染色质解离功能依赖于激酶活性,但并不是通过激活P38。通过磷酸化蛋白组学,鉴定出MAP2K6的一个新的磷酸化靶蛋白Gatad2b。

      Gatad2b是ATP依赖的染色质重塑复合物NuRD的重要组分之一,可参与核小体的重塑和组蛋白的乙酰化修饰。MAP2K6通过磷酸化Gatad2b的S487和T490位点来解离异染色质,并促进组蛋白乙酰化修饰。解离异染色质后,MAP2K6促进重编程因子Sox2和Klf4分别对它们下游靶标的结合和转录激活,进而促进多能性的获得。

      在经典的激酶信号通路中,信号通过蛋白磷酸化传递;而在我们的最新研究中,发现信号可由蛋白磷酸化递进传递到蛋白的乙酰化。我们发现二级激酶家族7个蛋白中MAP2K3/6可通过磷酸化Gatad2b进而调控组蛋白的乙酰化。这表明了不同的蛋白翻译后修饰存在着“递进修饰”的信号转导新模式,并在多能干细胞命运调控中发挥着重要功能。这正像“葫芦娃”七兄弟中的老三、老六,具有把磷酸化信号变为乙酰化信号的“递进修饰”特殊本领。

      MAPK 通路接受多种细胞外刺激,并在细胞分化、凋亡、转化及衰老等多种生命过程中发挥关键作用。我们的工作表明该通路通过组蛋白修饰来调节基因表达,阐明的这一细胞外刺激和细胞内基因表达之间的新信号通路具有广泛的生理和病理意义。

      本研究获得国家重点研发项目、国家自然科学基金、中国科学院、广东省和广州市的经费支持。

  • 原文来源:http://www.gibh.cas.cn/xwdt/kydt/202111/t20211125_6271081.html;https://www.nature.com/articles/s41418-021-00902-z
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    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
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    • 近日,中国科学院广州生物医药与健康研究院陈捷凯课题组研究发现RNA m6A修饰调控异染色质形成的新机制,阐明RNA m6A阅读器YTHDC1在这一机制中的关键作用:抑制基因组中广泛分布的ERVK、IAP、LINE1等转座元件,限制胚胎干细胞向全能性干细胞转化,相关研究论文以The RNA m6A reader YTHDC1 silences retrotransposons and guards ES cell identity为题于北京时间3月4日发表在Nature上。   RNA上的N6-腺苷酸甲基化(m6A)是mRNA上最丰富的RNA修饰,YTH结构域是已知的能够特异性识别m6A的结构域,因此RNA m6A可通过被含YTH结构域的阅读器蛋白(reader)识别进而参与各种生物学功能。通过基因敲除实验科学家发现,m6A催化酶METTL3敲除的小鼠在E8.5前就胚胎致死,而大部分m6A阅读器基因的敲除并不导致胚胎致死,包括三个分布在细胞质中主要参与mRNA调控的YTH基因(Ythdf1-3),只有分布在细胞核中的Ythdc1敲除后会出现早期的胚胎致死,提示m6A可能具有与YTHDC1有关的其他尚不清楚的重要生物学功能。   由于文献中至今尚未报道能够建立Ythdc1敲除的胚胎干细胞系,陈捷凯课题组运用条件敲除策略,针对编码YTH结构域重要部分的Ythdc1外显子7-9进行条件性敲除,发现敲除后细胞增殖能力迅速下降,基因表达谱出现2C-like(2C指受精卵卵裂后的二细胞期,小鼠在这一阶段启动合子基因组激活)的特征基因激活和逆转录转座元件激活。胚胎干细胞属于多能性干细胞,在小鼠胚胎发育中与囊胚内细胞团(ICM)的发育阶段相近,而2C-like细胞则具备全能性,多能性干细胞在培养中会随机出现少量的2C-like细胞,这一多能性-全能性的转变过程是近年来干细胞领域的研究热点,科学家希望通过了解其机制,发现维持全能性的可能方法。此前科学家曾发现RNA m6A调控胚胎干细胞退出多能性,这一工作进一步发现RNA m6A在全能性-多能性转变中的调控作用。     课题组在之前的工作中曾发现H3K9me3催化酶SETDB1在体细胞重编程、转座元件抑制、全能性-多能性转化中的重要作用(Nature Genetics 2013,Cell Reports 2020),因为表型一致,他们进一步研究RNA m6A是否参与了SETDB1-H3K9me3的调控。     遗传物质以染色质的形式存在,其中活跃转录的部分为常染色质,致密的异染色质代表被沉默的遗传信息。组蛋白H3K9me3是异染色质的重要修饰,也是细胞命运决定的重要机制。在小鼠胚胎干细胞(mES细胞)中,除了组成型异染色质(着丝粒、端粒等),H3K9me3主要标记遍布基因组的逆转录转座子(Retrotransposons)上并沉默这些区域。逆转录转座子上的H3K9me3由SETDB1负责催化,敲除SETDB1会导致这些元件重激活并使胚胎干细胞转化为具有全能性特征的、类似2细胞期的细胞(2C-like细胞)。但SETDB1是如何特异性地被募集到逆转录转座子区域的?目前有一些机制研究揭示,哺乳动物进化过程中会通过含KRAB结构域的锌指蛋白的进化来特异性沉默一部分转座元件(KRAB结构域会通过KAP1招募SETDB1),但这个机制并不覆盖所有各种类型的转座元件,提示还存在未发现的机制。   科研人员发现,YTHDC1能够直接结合转座子元件(TE)所转录出来的RNA上的m6A修饰,并招募SETDB1到相应的染色质位置,催化转座元件上的H3K9me3、形成异染色质并使这些转座元件沉默。敲除Ythdc1,会导致Setdb1依赖性的H3K9me3信号大幅度下降,证明YTHDC1是SETDB1介导逆转录转座子沉默的重要机制环节,也揭示RNA m6A调控染色质的功能。