覆盖作物是一种促进农业系统中土壤生态健康的广泛推广战略。尽管大量文献证明覆盖作物和土壤生物学之间的联系，是土壤生态健康的重要组成部分，但是评估覆盖作物物种如何影响土壤微生物群落的研究仍然有限。本研究分别利用磷脂脂肪酸（PLFA）和每日呼吸速率，研究了八种秋播作物分别种植单株和多株对微生物群落结构和土壤生物活性的影响。紧接着2011年8月和2012年春季燕麦（Avena sativa L.）之后，宾夕法尼亚州中部邻近地区建立了14种覆盖作物治理和无覆盖作物防治措施。在覆盖作物种植和终止之前的大约两个月到九个月期间，土壤群落从秋季和春季的大块土壤中采集了20厘米（7.9英寸）深度的样本。在秋季和春季，覆盖作物导致总PLFA浓度相对于控制地块中存在的可耕种杂草群体增加（分别增加5.37 nmol g-1和10.20 nmol g-1）。虽然地上植物生物量（无论是从野生杂草还是覆盖作物）和总PLFA浓度之间存在正相关关系，但我们还发现，个体覆盖作物种类有利于特定的微生物功能组。在燕麦和谷类黑麦（Secale cereale L.）覆盖作物下，丛枝菌根（AM）真菌更丰富。非AM真菌与毛叶苕子（Vicia villosa L.）存在正相关。这些覆盖作物的微生物群落的协会不仅存在于单一栽培中，也存在于多物种覆盖作物混合物。野生杂草群落与更高比例的放线菌和革兰氏阳性菌有关。土壤生物活性随治理而变化，与微生物群落的大小和组成（真菌和细菌的比例）呈正相关关系。这项研究确定了覆盖作物、微生物群落和土壤生态健康之间的明确联系。我们已经证明，覆盖作物通常会促进微生物生物量及其活性，对特有物种的覆盖作物对土壤微生物群落组成的影响最终影响土壤生物活性。这一发现促进了通过覆盖作物选择来增强土壤健康的土壤微生物群体的有意管理。
