《Nature | 通过遗传学和疾病关联进行大规模血浆蛋白质组学比较》

  • 来源专题:战略生物资源
  • 编译者: 李康音
  • 发布时间:2023-10-07
  • 2023年10月4日,安进子公司deCODE Genetics在Nature上发表了题为Large-scale plasma proteomics comparisons through genetics and disease associations的文章。高通量蛋白质组学平台测量血浆中数千种蛋白质,结合基因组和表型信息,有能力弥合基因组和疾病之间的差距。该研究对英国生物银行制药蛋白质组学项目生成的Olink Explore 3072数据进行了关联研究,这些数据来自5万多名英国生物银行参与者的血浆样本,具有表型和基因型数据,按英国或爱尔兰、非洲和南亚血统分层。

    研究人员将结果与SomaScan v4对36000名冰岛人血浆的研究结果进行了比较,其中1514人的Olink数据也可用。研究人员发现两个平台之间存在适度的相关性。虽然在两个平台上检测到的顺式蛋白数量性状位点的绝对数量相似(在Olink上为2101个,而在SomaScan上为2120个),但在Olink平台上具有此类分析性能支持证据的分析比例更高(72%对43%)。相当多的蛋白质具有不同平台之间的基因组关联。该研究提供了一些例子,说明平台之间的差异可能会影响从蛋白质水平与疾病研究的整合中得出的结论。研究人员展示了如何利用英国生物银行参与者的不同血统来帮助检测新的关联和完善基因组定位。该研究结果显示了两种最常用的高通量蛋白质组学平台提供的信息的价值,并展示了它们之间的差异,这些差异有时提供了有用的互补性。



    本文内容转载自“ CNS推送BioMed”微信公众号。

    原文链接: https://mp.weixin.qq.com/s/lHh011wh7XclQqUOKHFsAw

  • 原文来源:https://www.nature.com/articles/s41586-023-06563-x
相关报告
  • 《Nature | 血浆蛋白质组学与遗传和健康在英国生物银行的关联》

    • 来源专题:战略生物资源
    • 编译者:李康音
    • 发布时间:2023-10-07
    • 2023年10月4日,美国剑桥大学的研究人员等在Nature上发表了题为Plasma proteomic associations with genetics and health in the UK Biobank的文章。制药蛋白质组学项目是一个竞争前的生物制药联盟,对54,219名英国生物银行参与者的血浆蛋白质组学特征进行了分析。该研究提供了该计划的详细总结,包括技术和生物学验证,对蛋白质组疾病特征的见解,以及各种人口和健康指标的预测模型。 该研究展示了2,923种蛋白质的综合蛋白质数量性状位点(pQTL)定位,确定了14,287种主要遗传关联,其中81%以前未被描述,以及非欧洲个体的祖先特异性pQTL定位。该研究提供了血浆蛋白质组遗传结构的最新特征,并结合了随着样本量和蛋白质组学分析覆盖率随时间增加而预测的pQTL发现率。研究人员对跨多个生物域的反式pqtl提供了广泛的见解,强调了在多种细胞因子和补体网络中对配体-受体相互作用和途径扰动的遗传影响,并说明了ABO血型和FUT2分泌状态对胃肠道组织富集表达的蛋白质的远程上位性影响。该研究通过将蛋白质靶点(如PCSK9)的遗传代理效应扩展到其他端点,并解开与COVID-19易感性相关的位点上受干扰的特定基因和蛋白质,证明了这些数据在药物发现中的实用性。这种公私合作伙伴关系为科学界提供了一个相当广泛和深入的开放获取的蛋白质组学资源,以帮助阐明蛋白质基因组学发现的生物学机制,并加速生物标志物、预测模型和治疗方法的发展。 本文内容转载自“ CNS推送BioMed”微信公众号。 原文链接: https://mp.weixin.qq.com/s/lHh011wh7XclQqUOKHFsAw
  • 《利用大规模生物库EHR增强心脏代谢疾病药物的药物遗传学》

    • 来源专题:重大慢性病
    • 编译者:李永洁
    • 发布时间:2025-03-31
    • 电子健康记录 (EHR) 与大规模生物样本库相结合,为揭示治疗效果的遗传基础提供了巨大的前景。然而,源自此类记录的药物诱导的生物标志物轨迹仍然研究不足。在这里,我们从 EHR 中提取临床和药物处方数据,并在英国生物银行(发现)和 All of Us 计划(复制)中对十种心脏代谢药物反应结果进行 GWAS 和罕见变异负担测试,包括对他汀类药物的脂质反应、对二甲双胍的 HbA1c 反应和对抗高血压药的血压反应 (N = 932-28,880)。我们对欧洲血统参与者的发现分析在全基因组显着性水平 (APOE、LPA 和 SLCO1B1) 中恢复了先前报道的药物遗传学信号,以及 GIMAP5 中一种新的罕见变异与 HbA1c 对二甲双胍的反应的关联。重要的是,这些关联是治疗特异性的,与未接受过药物治疗的个体的生物标志物进展无关。我们还发现多基因风险评分可以预测药物反应,尽管它们解释了不到 2% 的方差。总之,我们提出了一个基于 EHR 的框架来研究药物反应的遗传学,并系统地研究了 41,732 名英国生物样本库和 14,277 名我们所有人参与者中常见和罕见的药物遗传学对心脏代谢药物反应表型的贡献。