本校前身為臺灣省立海事專科學校，創立於民國四十二年，當時校地僅有二百坪，在人力、物力均不足的情形下，經歷任院長、校長及全體師生不畏艱困，任勞任怨的努力下，克服萬難，使得學校逐步成長，並配合國家政策，於民國五十三年改制為臺灣省立海洋學院，民國六十八年改制為國立臺灣海洋學院，民國七十八年改名為國立臺灣海洋大學。
目前本校設有海運、生命與資源科學、工、理及技術等五個學 院，下設十四個學系其中十三個學系設有碩士班；八個學系設有博士班及八個獨立研究所，皆設有碩士班；其中有六所擁有博士班。現有專任教師三百餘人，其中 80％以上具有博士學位。本校為提昇教學及研究水準，除陸續延攬優秀師資來校任教外，並依據本校總體發展目標，在教學方面，加強通識教育與專業訓練之配合，設計具系統性的基礎性學程，與特色性專門學程；在學術研究方面，則致力於研究所素質的提昇，積極推動跨院所系之大型研究計畫，並促進國際學術交流與合作。而行政方面相關措施亦配合推動，以充分支援學術與研究需要。
在整體發展的規劃下，未來本校除將繼續發展海運、生命與資源科學、工及理四個學院外，亦將強化海事水產高等技職教育體系。海運學院方面，將加強通訊、操船、船機、自動控制、導航、貨載管理、法商管理等之教學與研究。生命與資源科學學院方面，在教學上，以傳授基礎生命科學、生物技術、食品科技以及海洋資源保育、管理經濟知識；在研究上，利用生物化學、分子生物學與傳統生物學之方法，以動物、植物及微生物為材料進行生理、遺傳、型態、分類、生態研究以及生物技術之應用研發、資源之開發、利用與管理之研究領域。工學院方面，將配合海運、生命與資源科學、理學院相關學術之發展，推動海洋遙測、水中聲學、海下技術、河海工程、造船工程、螺槳空蝕、材料工程等之海洋科技的教學與研究。理學院方面，重視基礎理學教學與研究，並著重海洋物理與波浪、海洋生物與化學、海洋地質、海洋變遷、板塊運動、斷層監測、古氣候/古海洋、地理資訊系統等方面之研究，另積極擴展光電、資訊、奈米領域之研究。
至於有關技職體系之強化，將結合海運、生命與資源科學院及工、理等學院之系所，提供可為海事水產技職學生之進修管道。此外，並將擴展人文社會學院，使海洋大學能均衡發展，成為一所以海洋專業、科技與人文三者並重的綜合大學。擁抱海洋、心懷藍天、放眼天下，海洋大學將以更積極、更多元化、更有彈性與更活潑的辦學態度，迎接21世紀
