《微生物所在调控地衣型真菌形态转变与共生方面获得突破性进展》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2020-09-04
  • 地衣作为先锋生物,能够风化岩石形成土壤,在地球生态演替中发挥重要功能。地衣是一大类与绿藻或蓝细菌共生的专化型真菌,占自然界已知真菌数量的20%。系统进化分析表明,地衣化和去地衣化在真菌进化历史上曾多次发生,共生的地衣与寄生、菌根及腐生真菌之间均具有较近的亲缘关系。地衣是互惠共生的典范,也是揭示真菌进化不可或缺的重要研究对象。但地衣如何实现菌藻识别并共生,其分子机制如何,由于缺乏地衣遗传操作系统,这些问题一直悬而未决,地衣菌藻的人工重建及性状的基因改造以及地衣生物技术的应用也因此受到严重限制。

      生长型在酵母态和菌丝态之间转变的现象在真菌中较为普遍,但是在地衣型真菌中仅发现放射盘石耳有此现象。本研究以放射盘石耳为研究材料,发现营养胁迫和渗透压胁迫可以导致该菌从酵母态转变成假菌丝态;与其共生藻接触也可以激发假菌丝的产生。添加外源cAMP及IBMX(促进细胞内cAMP积累)可以诱导该菌发生明显的组织分化,揭示cAMP信号传导在调控形态转变的重要作用。

    为了进一步验证调控机制,本研究将该菌编码Gα亚基的Gpa3基因敲除,Gpa3敲除菌株在胁迫及共生藻的诱导条件下均不能产生假菌丝。而在添加IBMX条件下可以恢复产生假菌丝的表型,说明Gpa3基因位于cAMP信号上游并调控cAMP信号通路。显性激活GPA3蛋白(GPA3Q208L)的突变菌株在诱导条件下显示出更多的假菌丝分枝,但是在与共生藻接触时不能维持稳定的共生状态,导致30%的藻细胞死亡。结果揭示Gpa3基因及cAMP信号传导在调控共生平衡方面的重要作用。

    本研究是首次真正意义上的对地衣型真菌基因进行的功能研究,填补了地衣共生机制研究的空白,为地衣菌藻体外人工重建研究奠定了重要基础。本研究被审稿人评价为“地衣共生领域一项革命性的工作”,由此改变了地衣领域的“游戏规则”。本项工作由中国科学院微生物研究所魏江春院士与美国普渡大学Jin-Rong Xu教授共同指导。相关成果已在Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America(PNAS)杂志在线发表,题为“Coregulation of dimorphism and symbiosis by cyclic AMP signaling in the lichenized fungus Umbilicaria muhlenbergii”。中国科学院微生物研究所助理研究员王延延为论文第一作者,普渡大学的Jin-Rong Xu教授为论文的通讯作者。魏江春课题组的魏鑫丽项目研究员及Jin-Rong Xu团队的卞祝筠博士生也参与该研究并作出重要贡献。本研究得到了国家自然科学基金、国家留学基金委及普渡研究生基金的资助。

  • 原文来源:https://www.pnas.org/content/early/2020/08/31/2005109117;http://www.im.cas.cn/xwzx2018/kyjz/202009/t20200904_5686675.html
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    • 地衣是由一种地衣型真菌和相应的藻类或蓝细菌组成的稳定共生生态系统。作为先锋生物,地衣在干热、寒冷、高海拔、强光照等极端恶劣的环境下历经长期演化形成了其独特的适应能力。   叶上衣目地衣型真菌(Strigulales)为典型的叶生地衣,主要生长于热带地区的树叶上,是一类特殊生境的地衣资源。因其分布范围广而成为热带地区最具代表性的叶生物种,同时也是为数不多隶属于座囊菌纲的地衣型真菌。对特殊生境来源的地衣进行收集和深入认识,对于充分发掘利用未知地衣物种的应用潜力及加强生物资源的储备非常重要。   中国科学院微生物研究所魏江春院士研究组近些年从中国热带地区采集了大量地衣标本,通过结合表型和基因型进行综合研究,发现了从海南岛采集的隶属于叶上衣目的新种Tenuitholiascus porinoides,其双层囊壁不会形成小室结构,并且在某些生长发育阶段,子囊呈现单层壁。已有研究表明,在地衣型真菌中子囊顶器的结构是携带重要遗传信息的分类学特征,通常用于高阶的分类单元。上述子囊顶器的结构不同于叶上衣目仅含的叶上衣科(Strigulaceae),同时,多基因系统发育学分析也表明它代表了该目一新科Tenuitholiascaceae中的一个新属Tenuitholiascus,进一步揭开了座囊菌纲地衣型真菌的进化史。以上研究成果已发表于真菌学著名期刊IMA Fungus上。   叶上衣属(Strigula)作为叶上衣科(Strigulaceae)最大的类群,对其分类主要依据形态学特征,其分类系统较为混乱。魏江春院士组联合德国、巴西、古巴等多所大学的科研人员对世界范围来源的叶上衣科(Strigulaceae)标本通过表基结合的思路综合研究,对叶上衣属的分类标准进行了修订。研究结果表明,不同谱系其基因型(SSU, LSU, TEF1-α和RPB2)和表型特征的差异,使其足以代表物种水平以上的进化显著单元(Evolutionary Significant Unit,ESU),因而将传统叶上衣属划分为六属。除狭义叶上衣属(Strigula s.str)外,恢复了Phylloporis, Puiggariella, Raciborskiella 和 Racoplaca属,并建立采集自中国海南的新属Serusiauxiella。该新属除参与共生的藻类与其他属不同以外,其大分生孢子末端的附属丝结构呈现独特的由缓慢至快速的生长行为,此现象可能与将大分生孢子固着在叶片表面有关。同时,形态和序列分析结果揭示了叶上衣科另外两个新属Flagellostrigula和Swinscowia。相关文章已发表于真菌学顶级期刊Fungal diversity,这是中国地衣学者主体工作发表在该杂志的首篇。 上述研究为深入探讨座囊菌纲真菌类群之间的系统发育关系提供了有价值的新线索,为完善该纲的真菌分类系统提供了有力支持。基于此,魏江春院士研究组助理研究员蒋淑华受邀以主要作者身份参与了Kevin D. Hyde教授联合多个国家的研究学者对座囊菌纲分类系统更新和修订的项目(Refined families of Dothideomycetes: Orders and families incertae sedis in Dothideomycetes. Fungal diversity, accept)。   以上工作由中国科学院微生物研究所魏江春院士与德国自由大学Robert Lücking教授共同指导,中国科学院微生物研究所助理研究员蒋淑华为论文第一作者,英国自然历史博物馆David L. Hawksworth教授参与研究并作出重要贡献。感谢中国科学院微生物研究所菌物标本馆邓红高级实验师在研究过程中对标本管理的支持。相关研究课题得到了国家自然科学基金应急管理项目(31750001)和国家自然科学基金青年基金(31800010)的资助。
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    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
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    • 抗生素耐药是现代医学面临的严峻挑战之一,在近几十年来,产生抗生素耐药性的病原微生物持续增加,每年在全球范围内耐药菌引发感染造成的死亡人数达到70万人。抗菌肽(AMPs)作为解决抗生素耐药性的候选方案之一,具有不易产生抗药性、作用快速等优势,同时因为容易降解也不会对环境造成持续性污染。因此,开发出能够应对抗多重耐药菌的新药物,缓解耐药问题迫在眉睫;但传统方法筛选新药的候选分子成功率较低,亟需高通量的挖掘和筛选手段。       抗菌肽是一类具有抗微生物活性的小肽,其作用范围包括细菌、真菌、病毒和寄生虫。抗菌肽可以通过多种作用机制达到抑制病原微生物的效果,其中较为普遍的作用机制是结合病原微生物的细胞膜,扰乱细胞膜结构;或直接在细胞膜上形成微孔使细胞内容物外流,最终将病原微生物杀死。近些年来,能抵御多重耐药菌同时不易产生耐药性的抗菌肽,已被认为是替代传统抗生素的下一代抗菌剂,如果能在大量的微生物和微生物组中高效、高通量挖掘,将非常有益于临床应对耐药菌的治疗。       2022年3月3日,中国科学院微生物研究所在国际重要期刊《自然-生物技术》(Nature Biotechnology)上发表了题为“Identification of antimicrobial peptides from the human gut microbiome using deep learning”的研究性文章。该文章采用自然语言学习(NLP)的多种神经网络方法,实现了抗菌肽挖掘模型的构建和优化;通过该预测模型在大规模微生物组(1万余样本)中的应用,总计挖掘并合成了216种潜在的新型抗菌肽。经实验验证,其中181种新型抗菌肽具有抗菌活性(占83.8%)。进一步的实验表明抗菌肽对多重耐药革兰氏阴性菌具有较强的抑菌能力,同时在动物感染模型中验证部分抗菌肽具有非常好的体内活性和安全性(图1)。  该研究结合了微生物组大数据和最新的深度学习模型,提供了人工智能赋能大分子挖掘和转化的良好范例;同时,也表明微生物组数据中存在着大量待开发资源,通过计算方法可以将具有生物活性的分子快速高通量的发掘出来。其次,该研究还扩大了人工智能在生物医学领域的应用范围,先前研究中主要集中在医学图像处理、小分子药物筛选等领域,增加了人工智能的应用场景。考虑到未来随着测序数据的累积,更多的微生物大数据将被获得。同时,不论是小分子药物还是肽的搜索空间仍处于早期探索阶段,对于挖掘多功能分子(治疗感染、代谢和免疫疾病),具有非常大的发展潜力。       中国科学院微生物研究所王军课题组马越,夏彬彬,陈义华课题组郭正彦,张雨薇为本文的共同第一作者。王军研究员和陈义华研究员为共同通讯作者。本研究受到了中国科学院战略先导项目“病原体宿主适应与免疫干预”、科技部重点研发、国家自然科学基金委相关人才计划项目(陈义华)、面上项目和“糖脂代谢的时空网络调控”重大研究计划培育项目,以及北京市科技新星项目的支持。       论文链接:https://www.nature.com/articles/s41587-022-01226-0