《【食品放大镜】喜讯!Food前沿发文!最新技术公布,分子对接与模拟助力食品科学领域再攀高峰!》

  • 来源专题:食品安全与健康
  • 编译者: 杨娇
  • 发布时间:2025-06-12
  • 2025 年 3 月 28 日,诺奖得主、蛋白质设计先驱 David Baker 教授在 Nature Methods 期刊发表了题为: Atomic context-conditioned protein sequence design using LigandMPNN 的研究论文。 该研究开发了一种 新型深度学习方法—— LigandMPNN,该方法明确地对生物分子系统中的所有非蛋白质成分进行了建模,预计 LigandMPNN 将在设计新的结合蛋白、传感器和酶方面得到广泛应用。 蛋白质的从头设计,能够创造出具有新功能的新型蛋白质,例如催化作用、与 DNA、小分子和金属的结合以及蛋白质间的相互作用。 在生物信息学领域,传统纯生信研究依赖大量实验,成本高、周期长,限制了研究进展。而随着人工智能技术飞速发展,机器学习算法展现出强大的数据处理与分析能力,为纯生信研究开辟新路径。将机器学习引入纯生信,有望突破实验瓶颈,高效挖掘生物数据价值,助力科研人员更深入理解生命奥秘,在疾病筛查、药物研发等方面发挥关键作用,这一融合趋势成为科研界关注焦点。
  • 原文来源:http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4NDQxNjM3MQ==&mid=2247626230&idx=2&sn=b731df1738c1a19b3125162f1c8dc869&scene=0#wechat_redirect
相关报告
  • 《【食品放大镜】南京农大食品科学技术学院张充教授团队在《Food Bioscience》发表最新研究成果—蛋白质谷氨酰胺酶助力豆粕蛋白粉功能提升》

    • 来源专题:食品安全与健康
    • 编译者:杨娇
    • 发布时间:2025-09-08
    • 南京农大食品科学技术学院张充教授团队在《Food Bioscience》发表最新研究成果—蛋白质谷氨酰胺酶助力豆粕蛋白粉功能提升 近期,南京农业大学食品科学技术学院张充教授团队在国际期刊《 Food Bioscience 》 (JCR 一区 , IF = 5.9) 发表题目为 “High-level Production of Protein Glutaminase from ChryseobacteriumProteolyticum and Its Application in Enhancing the Functional Properties of Dried Soybean Meal Protein Powder” 的研究性论文。本文第一作者为南京农业大学食品科学技术学院博士生张凯,张充教授为通讯作者。文章通过 RSM-ANN-GA 策略显著提高蛋白谷氨酰胺酶产量,并应用于豆粕蛋白粉改性。结果表明,酶处理有效改善溶解性、分散性、抗氧化性和消化率,优化后产品风味更佳、色泽更亮且营养保持稳定,为植物蛋白粉高值化利用提供了可推广的绿色工艺。 研究背景 全球大豆产量持续增长,豆粕蛋白含量高,却多用作饲料,造成资源浪费。将其制成蛋白粉,既能增值又具经济效益。工业常用喷雾干燥虽成本低,但高温易致蛋白聚集,降低溶解性与分散性。蛋白谷氨酰胺酶(PG)可将谷氨酰胺残基转化为谷氨酸,有效改善蛋白功能,已应用于多种植物蛋白。然而,PG产量偏低,限制了产业化。氮源优化对产酶至关重要,传统响应面法(RSM)虽常用于工艺优化,但对复杂体系预测有限,人工神经网络(ANN)结合遗传算法(GA)则能实现更高精度和效率。RSM-ANN-GA联合策略有望突破产酶瓶颈,为豆粕蛋白高值化利用提供新思路。 结论与展望 本研究利用响应面法(RSM)与人工神经网络-遗传算法(ANN-GA)联合优化了蛋白质谷氨酰胺酶(PG)的发酵培养基。结果表明,两种模型均具备良好可靠性,其中ANN-GA效果更优,使PG酶活达到7.590 U/mL,较优化前提升63.37%,为摇瓶条件下最高报道水平。进一步通过正交试验优化喷雾干燥工艺,使豆粕蛋白粉(DSMP)收率提升至29.71%。功能性评价显示,随着脱酰胺度(DD)的增加,DSMP的溶解性、分散性及抗氧化能力显著增强,多项指标优于商业大豆蛋白粉(CSPP)。在DD为55%时,DSMP的体外消化率与CSPP相当,同时展现更强的鲜味并降低苦味和涩味。色差分析表明,PG处理改善了粉体亮度与外观品质;营养与氨基酸组成则基本保持稳定,且有利于提升蛋白功能特性。 综上, PG 酶改性不仅有效缓解喷雾干燥引起的热聚集,还在营养、功能、感官及视觉等方面全面提升了豆粕蛋白粉品质。本研究建立了高产 PG 的可行路径,并验证了其在植物蛋白高值化利用中的潜力。未来,该工艺有望推广至更多植物蛋白资源,推动绿色、低成本、功能化蛋白粉的产业化生产,为食品工业应用提供新方向。 图文赏析 图1 图文摘要 图2. PG活性的优化。a-c为赖氨酸、酪氨酸和亮氨酸添加水平对PG活性的影响;d-i为响应面法(RSM)的三维图。根据方差分析(ANOVA),星号表示对照组与实验组间存在显著差异(p<0.05)。 图3. 神经网络耦合遗传算法增强PG活性。a:神经网络拓扑结构;b:神经网络拟合模型的回归图;c:由遗传算法确定的PG活性最优值。 图4. 喷雾干燥工艺优化。a-e分别表示物料浓度、麦芽糊精浓度、进料流速、进料温度和风机强度对DSMP粉末产率的影响。 图5. 不同DD条件下CSPP与DSMP特性对比。a:体外消化率与分散性;b:抗氧化活性;c:溶解度 图6. 不同DD条件下CSPP与DSMP的风味对比。a:电子舌;b:电子鼻 原文链接 https://doi.org/10.1016/j.fbio.2025.107528 作者简介 张充,生物技术专业博士,教授,博士生导师,南京农业大学食品科技学院生物工程系系主任,食品微生物与生物技术研究方向负责人,南京农业大学“钟山学者——学术新秀”,泰州市高层次创新创业人才。长期从事食品酶学与合成生物学、农产品资源高值化利用领域的研究。第一或通讯作者在 Food Hydrocolloids 、 Carbohydrate Polymers 、 Bioresource Technology 等食品生物技术领域权威期刊发表学术论文 40 余篇,第一发明人授权专利 10 件,主持国家级、省部级、企业横向课题 10 余项。曾任 Frontiers in Microbiology 客座编辑,以及 Food Chemistry 、 International Journal of Biological Macromolecules 、 Journal of agriculture and food chemistry 、 LWT- Food Science and technology 、 Enzyme and Microbial Technology 等期刊审稿人。主要研究成果:( 1 )挖掘并改造获得新型蛋白质谷氨酰胺酶( PG )、谷氨酰胺转氨酶( TG) 、漆酶等核心食品酶品种;( 2 )结合分子生物技术与理化育种技术,选育具有自主知识产权的链霉菌、醋酸杆菌、金黄杆菌、食品级大肠杆菌等核心微生物菌种;( 3 )建立新型生物催化技术体系,以农产品加工副产物为原料,创制功能蛋白质、活性肽、细菌纤维素等新资源食品原料。
  • 《【食品放大镜】IF15.1!马里兰大学马培华博士等国际食品顶刊发文:食品科学中的大语言模型:创新、应用和未来》

    • 来源专题:食品安全与健康
    • 编译者:王晓梅
    • 发布时间:2024-07-24
    • 来源:食品放大镜 2024年4月16日,马里兰大学马培华博士等在国际食品Top期刊Trends in Food Science & Technology(Q1,中国科学院1区,IF: 15.1)发表题为“Large language models in food science: Innovations, applications, and future”的综述性论文。 大语言模型(LLMs)在食品科学领域的作用日益重要,改变了食谱开发、营养分析、食品安全和供应链管理等领域。这些模型为食品科学的各个方面带来了复杂的决策制定、预测分析和自然语言处理能力。 本综述侧重于LLMs在提升食品科学方面的应用,重点是食品安全,尤其是污染物检测和风险评估。本综述还探讨了人工智能和LLMs在监管合规和食品质量控制方面的作用。讨论了数据偏差、错误信息风险以及实施障碍(包括数据限制和道德问题)等挑战。还强调了跨学科合作克服这些挑战的必要性。 综述亮点 大语言模型(LLMs)增强了食品科学领域,如食谱开发、营养分析和供应链管理。 LLMs在食品安全中起着关键作用,尤其是在污染物检测和风险评估方面。 实施LLMs需要解决数据限制、道德问题,并促进跨学科合作。 挑战和未来前景 LLMs在食品安全与科学领域面临着一些挑战。数据的局限性和偏见,包括文化、语言和研究相关的偏见,导致模型在提供准确且多样化信息方面的能力受限。英语语言数据的主导地位使非英语术语和练习被边缘化,而对资金充足的科学研究的偏见导致食品安全问题的代表性不均衡。此外,LLMs会依赖过时或不准确的数据集,使得错误信息长期存在,而且它们简化复杂主题的倾向可能会导致错误建议带来严重健康风险。解决这些挑战需要多样化训练数据集,定期更新模型,并采取措施来缓解现有的偏见。 新兴研究有望显著增强LLMs在食品科学与研究领域的应用。语境理解和记忆能力的进步使LLMs能够更有效地处理复杂的询问,从而提高回答的深度和连贯性。此外,整合多模态能力(文本、图像和语音数据)可提供综合分析,尤其适用于解读食品科学中的科学图像和文本信息。领域适应性可使LLMs针对特定领域进行调整,提高对专业术语和概念的熟悉程度。此外,减少偏见并确保人工智能的使用符合道德规范,有助于获得平衡且具有文化敏感性的见解,而先进的个性化技术则可以提供定制的饮食和营养建议,从而丰富LLMs在食品安全与科学领域的实用性和可靠性。 结论 总之,本综述阐明了LLMs在革新食品科学各个方面的重大作用。通过利用其在自然语言处理、预测分析和决策制定方面的先进能力,LLMs为食谱开发、营养分析、食品安全和供应链效率方面的创新提供了前所未有的机会。然而,它们的应用并非没有挑战。数据偏见、错误信息风险以及道德考虑和模型持续更新的必要性等问题都是需要解决的关键问题。LLMs在监管和质量控制过程中一体化的融合,为提高准确性和效率提供了一个有希望的途径,但这需要仔细实施和监督。LLMs在食品科学中的未来在很大程度上依赖于跨学科合作和持续的研究,以充分发挥其潜力,同时减轻相关风险。随着我们继续探索并扩展这些技术的边界,它们对推动全球食品系统发展的贡献仍然是研究人员、行业专业人士和政策制定者关注的一个重要领域。 图文赏析 图1.(a)按类型分类并展示LLM训练数据源。总结了LLMs在食品相关领域的应用;(b)LLM相关工作的里程碑。 图2. (a)GPT的典型应用流程,其中输出的提示是由经过微调的GPT模型生成的;(b)BERT与GPT的比较。虽然它们都使用注意力机制,通过文本数据集的Transformer架构来学习上下文,但BERT充当编码器,而GPT充当解码器。 图3.(a)FoodGPT指令微调的整个流程;(b)FoodGPT从外部知识图谱检索的方法。 原文链接 https://doi.org/10.1016/j.tifs.2024.104488 食品放大镜