《【食品放大镜】喜讯!Food前沿发文!最新技术公布,分子对接与模拟助力食品科学领域再攀高峰!》

  • 来源专题:食品安全与健康
  • 编译者: 杨娇
  • 发布时间:2025-06-12
  • 2025 年 3 月 28 日,诺奖得主、蛋白质设计先驱 David Baker 教授在 Nature Methods 期刊发表了题为: Atomic context-conditioned protein sequence design using LigandMPNN 的研究论文。 该研究开发了一种 新型深度学习方法—— LigandMPNN,该方法明确地对生物分子系统中的所有非蛋白质成分进行了建模,预计 LigandMPNN 将在设计新的结合蛋白、传感器和酶方面得到广泛应用。 蛋白质的从头设计,能够创造出具有新功能的新型蛋白质,例如催化作用、与 DNA、小分子和金属的结合以及蛋白质间的相互作用。 在生物信息学领域,传统纯生信研究依赖大量实验,成本高、周期长,限制了研究进展。而随着人工智能技术飞速发展,机器学习算法展现出强大的数据处理与分析能力,为纯生信研究开辟新路径。将机器学习引入纯生信,有望突破实验瓶颈,高效挖掘生物数据价值,助力科研人员更深入理解生命奥秘,在疾病筛查、药物研发等方面发挥关键作用,这一融合趋势成为科研界关注焦点。
  • 原文来源:http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzI4NDQxNjM3MQ==&mid=2247626230&idx=2&sn=b731df1738c1a19b3125162f1c8dc869&scene=0#wechat_redirect
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  • 《【食品放大镜】IF15.1!马里兰大学马培华博士等国际食品顶刊发文:食品科学中的大语言模型:创新、应用和未来》

    • 来源专题:食品安全与健康
    • 编译者:王晓梅
    • 发布时间:2024-07-24
    • 来源:食品放大镜 2024年4月16日,马里兰大学马培华博士等在国际食品Top期刊Trends in Food Science & Technology(Q1,中国科学院1区,IF: 15.1)发表题为“Large language models in food science: Innovations, applications, and future”的综述性论文。 大语言模型(LLMs)在食品科学领域的作用日益重要,改变了食谱开发、营养分析、食品安全和供应链管理等领域。这些模型为食品科学的各个方面带来了复杂的决策制定、预测分析和自然语言处理能力。 本综述侧重于LLMs在提升食品科学方面的应用,重点是食品安全,尤其是污染物检测和风险评估。本综述还探讨了人工智能和LLMs在监管合规和食品质量控制方面的作用。讨论了数据偏差、错误信息风险以及实施障碍(包括数据限制和道德问题)等挑战。还强调了跨学科合作克服这些挑战的必要性。 综述亮点 大语言模型(LLMs)增强了食品科学领域,如食谱开发、营养分析和供应链管理。 LLMs在食品安全中起着关键作用,尤其是在污染物检测和风险评估方面。 实施LLMs需要解决数据限制、道德问题,并促进跨学科合作。 挑战和未来前景 LLMs在食品安全与科学领域面临着一些挑战。数据的局限性和偏见,包括文化、语言和研究相关的偏见,导致模型在提供准确且多样化信息方面的能力受限。英语语言数据的主导地位使非英语术语和练习被边缘化,而对资金充足的科学研究的偏见导致食品安全问题的代表性不均衡。此外,LLMs会依赖过时或不准确的数据集,使得错误信息长期存在,而且它们简化复杂主题的倾向可能会导致错误建议带来严重健康风险。解决这些挑战需要多样化训练数据集,定期更新模型,并采取措施来缓解现有的偏见。 新兴研究有望显著增强LLMs在食品科学与研究领域的应用。语境理解和记忆能力的进步使LLMs能够更有效地处理复杂的询问,从而提高回答的深度和连贯性。此外,整合多模态能力(文本、图像和语音数据)可提供综合分析,尤其适用于解读食品科学中的科学图像和文本信息。领域适应性可使LLMs针对特定领域进行调整,提高对专业术语和概念的熟悉程度。此外,减少偏见并确保人工智能的使用符合道德规范,有助于获得平衡且具有文化敏感性的见解,而先进的个性化技术则可以提供定制的饮食和营养建议,从而丰富LLMs在食品安全与科学领域的实用性和可靠性。 结论 总之,本综述阐明了LLMs在革新食品科学各个方面的重大作用。通过利用其在自然语言处理、预测分析和决策制定方面的先进能力,LLMs为食谱开发、营养分析、食品安全和供应链效率方面的创新提供了前所未有的机会。然而,它们的应用并非没有挑战。数据偏见、错误信息风险以及道德考虑和模型持续更新的必要性等问题都是需要解决的关键问题。LLMs在监管和质量控制过程中一体化的融合,为提高准确性和效率提供了一个有希望的途径,但这需要仔细实施和监督。LLMs在食品科学中的未来在很大程度上依赖于跨学科合作和持续的研究,以充分发挥其潜力,同时减轻相关风险。随着我们继续探索并扩展这些技术的边界,它们对推动全球食品系统发展的贡献仍然是研究人员、行业专业人士和政策制定者关注的一个重要领域。 图文赏析 图1.(a)按类型分类并展示LLM训练数据源。总结了LLMs在食品相关领域的应用;(b)LLM相关工作的里程碑。 图2. (a)GPT的典型应用流程,其中输出的提示是由经过微调的GPT模型生成的;(b)BERT与GPT的比较。虽然它们都使用注意力机制,通过文本数据集的Transformer架构来学习上下文,但BERT充当编码器,而GPT充当解码器。 图3.(a)FoodGPT指令微调的整个流程;(b)FoodGPT从外部知识图谱检索的方法。 原文链接 https://doi.org/10.1016/j.tifs.2024.104488 食品放大镜 
  • 《【食品放大镜】西华大学林洪斌副教授团队在Food Chemistry发表最新研究成果》

    • 来源专题:食品安全与健康
    • 编译者:杨娇
    • 发布时间:2025-04-28
    • 近日,西华大学食品与生物工程学院“发酵调味品科学与工程”团队在农林科学领域国际顶尖期刊《Food Chemistry》(Q1, IF:8.5)发表题为“Investigation the antioxidant mechanisms of Capsaicinoids on myofibrillar protein based on multispectral and molecular docking”的研究性论文。西华大学2020级硕士研究生赵建华为论文第一作者,林洪斌副教授和唐洁教授为论文通讯作者。该研究工作得到了四川省科技厅(2023YFN0015)和中国农大四川现代农业产业研究院专项资金的资助。 成果介绍 近年来,预制食品市场在全世界范围内显著扩大,特别是在中国这样的发展中国家,消费者对便利性以及健康和可持续的预制产品的要求越来越高。鱼肉、猪肉、牛肉和家禽等是主要的预制肉类制品,它们在食用前需要冷藏和再加热。近年来,消费者对零售冷藏预制肉制品的需求激增,然而,关键的限制因素仍然存在,例如肉制品在储存过程中的蛋白质氧化敏感性,导致产品变质,这影响了产品的感官属性和营养完整性。因此,探索现代预制加工技术对产品稳定性的影响,特别是对于预制肉制品,由于其蛋白质含量高,确保储存期间的产品质量是一个更复杂的挑战。辣味作为人们日常饮食中不可或缺的“口味”,深受消费者的喜爱。辣椒素(CAPs)是辣椒中主要的辛辣物质。CAPs是一类包含在辣椒果实中的生物碱,是赋予辣椒辛辣风味的主要成分,主要由辣椒素(CAP)和二氢辣椒素(DCAP)单体组成,约占辣椒素的91%。在中国的西南地区,湖南省和江西省等地,由于CAPs的存在,辛辣味经常与肉类风味一起被发现,以增强产品的风味并延长食品的货架期。牛肉是预制肉制品的重要来源,是一种高蛋白、低脂肪、低胆固醇、营养丰富的肉类,其蛋白质的氨基酸组成接近人体所需,深受消费者的喜爱。肌肉蛋白质是牛肉中最重要的功能性成分之一,赋予牛肉产品许多重要的理化性质和感官品质。肌肉蛋白质占整个肌肉重量的15- 22%,肌原纤维蛋白(MP)占肌肉蛋白质的55- 60%,是形成肌肉纤维的结构蛋白质。MP参与活生物体的肌肉收缩过程,并调节牛肉和牛肉制品的保水、凝胶化和乳化等特性,从而直接影响产品的嫩度和质地。因此,控制牛肉预制肉制品中MP的氧化仍是一个需要克服的挑战。尽管大量研究证实了CAPs在医药和食品领域中具有抗氧化、抑菌、降血压等作用,但其在肉蛋白体系中的相互作用及抗氧化机制尚未得到充分的探讨。 因此,本研究采用多光谱学并结合分子对接等方法研究了CAPs在肉制品加工中的抗氧化作用机制,并阐明了CAP和DCAP与牛肉MP的结合机制。结果表明,低浓度的CAPs能有效防止AAPH自由基对MP的攻击,使MP的结构发生氧化性变化,并防止MP的肽键断裂、表面疏水性和粒径变小等现象。高浓度的CAP能改变蛋白质的结构,形成更多的小分子聚集体,减少肌动蛋白-肌球蛋白的结合,有利于肉的嫩度。此外,CAP通过疏水作用与Tyr93结合,DCAP与Phe446结合并发生静态荧光猝灭。CAP复合物通过疏水相互作用、氢键和静电相互作用与MP结合,改变MP的二级和三级结构,增加MP的α-螺旋含量,提高MP的抗氧化结构稳定性。本研究为辛辣菜肴中蛋白质的抗氧化策略提供了理论支持,进一步丰富了CAP活性物质的综合利用,促进其在食品调理菜肴等领域的应用。