《农学院潘荣辉课题组在Trends in Biotechnology发文总结面向生物制造和农业的过氧化物酶体代谢工程研究》

  • 来源专题:生物育种
  • 编译者: 季雪婧
  • 发布时间:2024-03-13
  •     基于细胞器工程的代谢途径区室化,是合成生物学和代谢工程研究的重要前沿方向之一。过氧化物酶体代谢流丰富,调控机制多样,作为亚细胞反应器具有独特优势,在植物和酵母底盘代谢工程研究中均有广阔的应用前景。近日,浙江大学现代种业研究所潘荣辉研究员在Cell Press细胞出版社旗下期刊Trends in Biotechnology发表综述,系统地总结了过氧化物酶体代谢工程在生物制造和农业领域中的研究进展,并对过氧化物酶体代谢工程的发展趋势进行展望。

      该论文首先讨论了过氧化物酶体在代谢工程中的应用优势,包括其丰富的代谢流、跨膜转运机制、跨细胞器互作、信号肽、丰度调控机制等。然后,总结以酵母和植物为底盘的过氧化物酶体代谢工程具体研究进展和应用方向,例如过氧化物酶体代谢工程已被用于脂肪酸或羧酸衍生物、萜类化合物、生物碱、抗生素、植物激素等生物分子的合成,以及构建光呼吸旁路以提高作物产量。此外,还探讨了过氧化物酶体酶体代谢工程中多种行之有效的产量提升和优化策略。

        最后,该论文指出近二十年来,酵母和植物底盘的过氧化物酶体酶体代谢工程取得大量进展,广泛应用于生物制造,在合成可降解生物聚酯和可再生生物燃料方面具有巨大潜力,有望应对环境挑战。植物过氧化物酶体代谢工程还可应用于光呼吸改造,以提高光合作用固碳效率从而提升作物产量。未来应全面解析过氧化物酶体定位信号肽,有助于过氧化物酶体代谢工程元件的开发利用,甚至有利于基于过氧化物酶体创造具有正交性的人工细胞器,因此过氧化物酶体信号肽PTS的智能预测是将来过氧化物酶体工程研究的重点方向之一。过氧化物酶工程还在人造碳固定途径的创建中具有潜力,可用于创建人工自养生物。

      该论文的第一作者是潘荣辉课题组的宋书言博士和浙大化工与生工学院连佳长课题组的博士生叶翠芳。通讯作者是潘荣辉研究员和连佳长研究员。密歇根州立大学Jianping Hu教授为本文写作提供了重要指导。潘荣辉课题组聚焦植物能量细胞器代谢网络与代谢工程,以及主要农作物中过氧化物酶体在种子和抗逆方面的生理功能,以通讯作者在Trends in Biotech、Developmental Cell、Plant J、JIPB、Crop J、aBiotech等期刊发表论文,并第一作者在PNAS、Plant Cell、New Phyto、Plant J等期刊发表论文,参与出版《种子学》、《植物生物技术》等教材,以及《Subcellular Biochemistry》、《Methods in Photorespiration》等专著。

  • 原文来源:https://www.ebiotrade.com/newsf/2024-3/20240313064836229.htm
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  • 《mBio:揭示HIV下调过氧化物酶体形成机制》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2020-08-08
    • 在一项新的研究中,来自加拿大阿尔伯塔大学、蒙特利尔大学和蒙特利尔临床研究所的研究人员揭示在HIV患者中新发现的一种工作机制可能也导致针对COVID-19的新疗法。它揭示了HIV如何攻击过氧化物酶体(peroxisome),即在所有细胞中发现的一种有助于调节免疫系统、脂质代谢、心血管健康、大脑发育和神经功能的细胞器。相关研究结果近期发表在mBio期刊上,论文标题为“The HIV-1 Accessory Protein Vpu Downregulates Peroxisome Biogenesis”。 阿尔伯塔大学的Tom Hobman博士说,“我们知道,包括西尼罗河病毒和寨卡病毒在内的其他病毒有几种不同的机制来减少过氧化物酶体,以此来抑制阻止大多数病毒复制的干扰素产生。所有的病毒都有办法阻断这种干扰素反应,这符合过氧化物酶体是病毒感染的一个重要靶标的观点。” 这些研究人员想知道导致COVID-19疾病的新型冠状病毒SARS-CoV-2是否也会攻击过氧化物酶体,因此他们开始在细胞培养物中测试对抗这种病毒的过氧化物酶体增强药物。 Hobman说,“我们正在研究的是这些药物如何能够下调SARS-CoV-2病毒的复制。我们在早期阶段看到了一些非常引人注目的结果。” 揭示HIV工作机制 Hobman说,他的实验室在大约五年前与加拿大神经感染与免疫研究主任、神经学家Christopher Power合作,研究了为什么许多HIV患者会出现过早衰老、脂质营养不良和一系列神经系统疾病,从而使他们无法独立生活。 Hobman及其研究团队发现在患有痴呆症的HIV患者的大脑中,有四种microRNA含量升高。他说,“我们了解到,所有这四种在这些HIV患者的大脑中存在异常调节的microRNA靶向过氧化物酶体生物发生途径,因此它们都下调了构建过氧化物酶体所需的蛋白的表达。” Hobman说,“考虑到过氧化物酶体对人类的健康和发育至关重要,它们可能并没有得到应有的研究。”他指出,出生时患有遗传性过氧化物酶体病---脑肝肾综合征(Zellweger syndrome)---的儿童存在严重的发育和神经系统缺陷,通常在出生后一两年内死亡。 Hobman指出,阿尔伯塔大学的不同寻常之处在于拥有另外两个同样专注于过氧化物酶体的实验室,它们分别由细胞生物学教授Richard Rachubinski和教授兼主席Andrew Simmonds领导。他说,“这种丰富的专业知识对我们的研究计划有巨大的好处。” 重新利用的癌症药物可用于治疗HIV和COVID-19 Hobman实验室去年已证实通过操纵基因来增强过氧化物酶体可以抑制寨卡病毒复制。在接下来的4个月里,他们将继续测试增强过氧化物酶体的药物,看看它们是否能对SARS-CoV-2和HIV起到同样的作用。 他们正在测试的几种药物已经被批准为癌症药物,但Hobman发现它们不约而同地靶向一种阻止过氧化物酶体形成的途径。 他说,“这些药物中的许多种已经在人类中进行了针对其他适应症的测试,因此我们的研究工作应该会有比较快的进展。” 他指出,针对COVID-19的几种有希望的治疗药物,包括瑞德西韦和干扰素,都比较昂贵,而且必须在医院进行治疗,然而一些过氧化物酶体增强剂可以口服,而且副作用小。 他说,他对这种新方法对抗病毒感染的潜力感到兴奋。他说,“最有效的药物通常是直接作用的抗病毒剂。鉴于它们并不靶向病毒本身,所以很有可能它们通过干扰多种病毒使用的共同机制而具有广谱抗病毒活性。”
  • 《农学院李春阳教授团队在Trends in Microbiology发文全面总结雌雄异株植物对微生物组的性别特异性选择作用》

    • 来源专题:生物育种
    • 编译者:姜丽华
    • 发布时间:2023-05-11
    • 细菌、真菌和古细菌等栖息于植物组织的内部与外部,组成了植物微生物组(plant microbiota),主要包括根际土壤微生物群落、叶际微生物群落以及内生微生物群落。它们与宿主植物进行物质与能量交流,在长期的进化过程中形成了高度紧密的相互关系。由于长期适应进化,雌雄植株在形态、生理与生活史等方面表现出明显的性别二态特征,对环境的变化也衍生出不同的适应机制。微生物在植物适应环境变化过程中起到了重要作用,那么对于雌雄异株植物而言,微生物在雄性与雌性的进化过程中扮演着什么样的角色?这或许是雌雄异株植物研究的新亮点。近日,浙江大学农业与生物技术学院李春阳教授在Cell Press出版社期刊Trends in Microbiology发表了题为“How does plant sex alter microbiota assembly in dioecious plants?”的观点论文。该论文全面总结了雌雄异株植物对微生物组的性别特异性选择作用,提出了植物与微生物相互作用的新观点。 性染色体的组成决定了人类与许多动物的性别,雄性与雌性之间性激素水平以及免疫系统等具备明显的性别二态特征,并驱动肠道微生物组表现出明显的性别差异。此外,外界环境条件的变化,如雄性与雌性对食物和运动形式的选择等,也是驱动肠道微生物变化性别差异的重要因素。研究发现,肠道微生物的性别差异引起个体代谢与免疫等方面不同,导致个体对疾病等现象也表现出明显的性别特征。因此,性别是影响微生物组的一个重要因素。 植物表现出性多态现象,有两性花(雌雄同花)、雌雄异花同株(雌花和雄花同株)、 雌花两性花同株、雄花两性花同株、三性花同株(雄花、雌花、两性花同株)、雌雄异花异株现象(仅产生雄花和雌花的单性植株)等,雌雄异株植株广泛在苔藓植物、裸子植物以及被子植物中,其中在被子植物中,雌雄异株植物约15600个物种,涵盖175个门和987个属。性别二态同样是雌雄异株植物的特征。通常认为雌雄异株植物是从雌雄同体的祖先中进化而来,并由性染色体决定植物的性别。植物的性别决定机制比较复杂,包含XX/XY, ZZ/ZW, XO/XX, ZO/ZZ等。一般认为,由于过高的繁殖成本,雌性植株更依赖于环境资源,比如水分和土壤养分等。在土壤贫瘠或者相对缺水的环境中,雌性的生长受到严重胁迫,而雄性维持着较好的生长能力。在环境相对恶劣的西北地区,雄性的胡杨数量明显多于雌性,表现出雄性具备较强的抗胁迫能力。植物生长过程中,积极地从周围的微生物库中招募微生物,后者反作用于前者,能够提高宿主的环境适应能力与抗胁迫能力。类似于人或者动物,由于雌雄植株之间在基因、防御以及代谢等方面的差异,这可能使得雌雄植株能够在根际、叶际以及组织内中招募或者吸引性别特异性的微生物组,影响雌雄适应环境的能力(图1)。 在根际土壤中,植物根系分泌物组成的性别差异驱动宿主选择不同的土壤细菌与真菌。在环境胁迫条件下,雄性可能具有维持土壤微生物群落结构与功能的能力(图3)。研究发现,当处于繁殖期时,雌性Carica papaya, Distichlis spicata 和Antennaria dioica更依赖于与丛枝菌根真菌的共生关系,从土壤中获取养分。最新的研究发现,叶际与组织内微生物组也表现出明显的性别特异性,而且对内生细菌与真菌表现出明显的性别选择作用。雌性与雄性组织的细胞壁、激素以及代谢物等性别二态特征,微生物需要突破植物组织的物理-化学防御体系,适应组织内部环境,才能成功定殖,这可能是驱动性别特异性微生物组产生的主要原因。 雄性植株往往具有较高的抗环境胁迫能力,而且在一定程度上能够帮助雌株度过不良环境,比如通过提高用水效率,增强雌株的抗干旱能力;招募抗重金属菌群,协助雌株提升抗重金属能力。在土壤环境中,雌雄植株之间可能通过密布的菌丝以及不同的菌群构成相互联系(图2)。雄性在环境胁迫条件下,可能通过维持较高的光合固碳能力与根系分泌能力,帮助雌株维持稳定的微生物组,提高自身的抗胁迫能力。 植物与微生物组互作是当今研究的热点,也是难点。对于雌雄异株植物而言,探索微生物在雌雄进化过程中的重要作用,研究雌雄植株驱动性别特异性微生物组装机制以及揭示雌雄异株植物相互关系,将是非常重要的科学问题。