当前COVID-19的爆发给全球卫生带来了前所未有的挑战1。引起这次暴发的新冠状病毒SARS-CoV-2与SARS-CoV和蝙蝠冠状病毒RaTG132具有高度的序列同一性。尽管蝙蝠可能是各种冠状病毒的宿主3，4，但SARS-CoV-2是否具有其他宿主物种仍是未知的。在这里，我们显示从马来亚穿山甲中分离出的冠状病毒（我们命名为穿山甲CoV）在E，M，N和S蛋白中与SARS-CoV-2具有100％，98.6％，97.8％和90.7％的氨基酸同一性， 分别。特别地，穿山甲-CoV的S蛋白的受体结合结构域与SARS-CoV-2的受体结合结构域几乎相同，只是非关键氨基酸不同。我们的比较基因组分析表明，SARS-CoV-2可能起源于一种类似于穿山甲CoV的病毒与一种类似于RaTG13的病毒的重组。我们分析的25株马来亚穿山甲中有17株检测到了穿山甲冠状病毒。感染的穿山甲显示出临床症状和组织学变化，并且针对穿山甲-CoV的循环抗体与SARS-CoV-2的S蛋白反应。从与SARS-CoV-2密切相关的穿山甲中分离冠状病毒表明，这些动物有可能充当SARS-CoV-2的中间宿主。如果不能有效地控制野生动植物贸易，这种新发现的来自穿山甲的冠状病毒可能是未来对公共健康的威胁，穿山甲是非法野生生物贸易中贩运量最大的哺乳动物。
