《光遗传学助力细菌工厂精准控制》

  • 来源专题:生物科技领域知识集成服务
  • 编译者: 陈方
  • 发布时间:2020-11-16
  • 2020年9月7日《自然-化学生物学》报道,美国普林斯顿大学的研究人员开发了一种利用光遗传技术控制打开和关闭大肠杆菌生产过程的方法,基因电路精确控制一直是利用细菌产生有价值的化学物质(例如生物燃料异丁醇)的关键技术。这种被称为光基因调控LAC操纵子(optogenetic regulation of the lac operon,OptoLAC)的工具提高了对细菌基因表达的控制能力和精度。

    用异丙基甲基- D-1-巯基半乳糖吡喃苷(isopropyl β-D-1-thiogalactopyranoside,IPTG)控制LAC操纵子在大肠杆菌中的基因表达已被广泛应用,包括代谢工程研究和重组蛋白生产。较之于IPTG这样的化学诱导剂,光遗传学工具提供了更加优异的调控性能,例如易调性、可逆性、动态感应强度高和空间控制力好等。

    此次,研究者开发出了一系列OptoLAC电路,通过蓝光就可以控制多种IPTG诱导启动子的基因表达。将这些工具应用于代谢工程中,与IPTG诱导相比,两升生物反应器的甲戊酸酯和异丁醇的产量分别提高了24%和27%。此外,OptoLAC电路还可以控制重组蛋白的生产,也达到了与IPTG诱导相当的产量,而且前者对于重组蛋白表达的控制更加精准灵活。

    大肠杆菌目前已经用于工业生产各种生物产品和特种化学品,例如颜料和香料等。科学家还经常使用大肠杆菌深入研究代谢、生物合成途径及其他方面的基本原理。因此,这项技术不仅适用于工业生产应用,对基础研究也具有重要意义。

  • 原文来源:https://phys.org/news/2020-09-flipping-on-off-bacteria-chemical-factories.html
相关报告
  • 《光遗传学方法提供研究肠道内细菌所需精度》

    • 来源专题:光电情报网信息监测服务平台
    • 编译者:husisi
    • 发布时间:2021-01-13
    • 德克萨斯州的研究人员用光遗传学控制机制,通过应用不同颜色的光成功地将蠕虫肠道内的肠道细菌"打开"和"关闭"。这项研究由Baylor College of Medicine的Meng Wang和Rice University的Jeffrey Tabor主导,研究小组表明莢膜异多糖酸(CA)代谢物是由肠道细菌产生的,而不是在胃中被消化。 Wang之前进行的研究表明,CA将蠕虫的寿命延长了50%,这个值相当于实验室环境中四周以上的寿命。这一新进展成功地将CA的产生限制在蠕虫的肠道,最终使科学家能够测量其对肠道细胞的益处。在这项研究中,当精心设计的大肠杆菌链暴露在绿光而不是红光下时,其产生了CA。然后结合基因使荧光蛋白呈现不同的颜色,这个方法保证一种颜色将永远是明亮的,当使用微观观察时会明显地呈现出来。这使得科学家能够看到细菌在蠕虫体内的位置。只有当细菌产生CA时,第二种颜色才变得可见。 研究人员在将细菌喂给蠕虫之前将细菌控制在红灯下。当细菌通过消化道进入肠道时,它们激活了绿灯。 "当其暴露在绿灯下时,携带这种大肠杆菌菌株的蠕虫也会活得更久。光线越强,寿命越长," Wang说。Wang是Robert C. Fyfe生物寿命课题的讲座主席,同时也是Huffington Center on Aging at Baylor的分子和人类遗传学教授和Howard Hughes Medical Institute的研究员。在早期对高等生命体的实验中,Wang表示,CA有效地调节了线粒体的裂变和聚合之间的平衡,包括在肠道细胞和肌肉细胞上。这种效应有助于细胞的寿命;线粒体(向单个细胞提供能量的细胞结构)在裂变和聚合之间保持平衡,尽管其效率会随着时间的推移而降低。线粒体功能障碍会导致细胞的衰退以及生物体的变老。 在蠕虫的胃肠道图像中可以看到光反应的细菌(喂给蠕虫的细菌)。工程师们对细菌进行编程以产生一种叫做mCherry的红色荧光蛋白,这样它们就很容易在显微镜下看到。当暴露在绿灯下时,细菌还会产生一种叫做sfGFP的绿色荧光蛋白,这会导致它们发绿色光。当暴露在红灯下时,它们不会产生绿色荧光蛋白。左列图中蠕虫被红灯处理。右列图中的蠕虫被绿灯处理 Tabor说,针对这些实验结果,他们提出了一个是否可转移的问题,即肠道细胞是否在其它细胞之前首先受益于CA,因为CA是在肠道中产生的。更广泛的问题是:CA对线粒体的好处是否会从肠道传播到全身?研究人员说,他们没有发现在短期内线粒体在蠕虫肌肉细胞内受益的证据。这意味着CA促进长寿的作用从肠道开始,然后扩散到组织。这项新技术利用光进行精确观测,该技术的准确性可以让研究人员回答有关肠道代谢的其它问题。 "我们知道肠道细菌会影响我们身体的许多过程," Tabor说。"它们与肥胖、糖尿病、焦虑、癌症、自身免疫性疾病、心脏病和肾脏疾病有关。大量的研究是关于当你有各种疾病时会带有什么细菌,以及它们显示了什么样的相关性。Tabor说,除了相关性之外,最终目标是显示其因果关系。一个人可以通过摄入细菌以改善健康和/或治疗疾病,这是是科学家渴望继续了解的东西。 然而,在设计实验以显示肠道内特定位置所发生的情况时,困难仍然存在,因此工作人员绘制出一条路线以显示肠道细菌产生的分子可能导致疾病或健康。Tabor说:"肠道是一个很难进入的器官,尤其是在大型哺乳动物中。"我们的肠子有28英尺长,而且功能具有多样性。比如整个肠道的pH会变化,细菌也会随之变化。不同的组织功能不一样,就像它们会分泌不同的分子一样。他说:"要回答有关肠道细菌如何影响我们健康的问题,你需要能够在特定地点和特定时间打开基因,比如动物年轻时或动物早上醒来时。你需要精确的控制基因开关,来研究它们的轨迹,它们在哪里发生的以及它们是如何发生的。Tabor说由于它使用光来触发基因,光遗传学提供了这种控制的水平。他说在这一点上,光是真正具有足够精度来打开小肠细菌基因的唯一信号。
  • 《珊瑚恢复力的遗传学新发现》

    • 来源专题:中国科学院文献情报系统—海洋科技情报网
    • 编译者:liguiju
    • 发布时间:2023-10-18
    • 在过去的50年里,全球珊瑚礁复原力遭受巨大打击,例如美国从佛罗里达州延伸到整个加勒比海,包括鹿角珊瑚(A.cervicornis)和榆角珊瑚(Acropora palmata)在内的分支珊瑚Acropora属经历了大范围的衰退。20世纪70年代末开始,由于海洋变暖、飓风和白带病 ,Acropora珊瑚物种发生区域性死亡。 当前,为了恢复岌岌可危的珊瑚礁生态系统,美国佛罗里达每年培育数以万计的珊瑚礁幼苗。大型珊瑚礁恢复计划预测,要在70英亩(约0.3平方公里)的礁体上恢复珊瑚覆盖率,需要外植大约十万-百万个珊瑚幼苗 。鹿角珊瑚(A. cervicornis)因其易于生长繁殖的特性,是最为常见培育物种。然而,由于全球海洋变暖、极端气候以及白带病的持续爆发,使包括佛罗里达州在内的珊瑚礁培育陷入重重困境。珊瑚白带病是一种由不明病原体导致的细菌性疾病,病理主要表现为组织坏死的白带从珊瑚底部扩展到顶部,直至珊瑚死亡,是鹿角珊瑚面临的重大威胁。 Vollmer et al.(2003) 通过传播实验和新基因组对佛罗里达(育苗珊瑚)和巴拿马(野生珊瑚)的鹿角珊瑚76个混合基因型种群进行了全基因组关联研究,确定了与疾病抗性相关的10个基因组区域和73个单核苷酸多态性(SNP),发现了导致基因蛋白质编码变化的4个抗病性SNPs。这项基因鉴定不仅提供了有效抗病途径,还有助于了解珊瑚免疫反应过程的重要信息。 大量生物分子库(omics)数据被广泛应用于珊瑚健康与疾病研究 。然而,omics在有效区分免疫反应、炎症反应及组织损伤方面存在不足。Vollmer et al.(2003)发现的控制溶酶体、囊泡运输调节以及内吞作用的基因在珊瑚疾病反应中都起着关键作用。了解这些特定基因的突变有助于提高珊瑚抗病能力,同时促进对珊瑚免疫系统的认识。 珊瑚抗病性生物标志物鉴定可引入应对白化疾病和气候风险的干预措施,推动珊瑚礁种群复原力研究,是开展恢复工作的唯一有效途径。在珊瑚健康面临深刻威胁的情况下,只注重种群的遗传多样性恢复,而忽略整合抗病性特征,是无法从根本上促进珊瑚礁生态系统可持续发展的。根据这一点,Vollmer et al.(2003)在保持遗传多样性的同时,通过遗传筛选选择出加勒比地区鹿角珊瑚抗病基因,并用于提高雀花礁植野生和苗木的抗病性研究,为鹿角珊瑚这一极度濒危物种的生存带来了希望。 抗病性与其他关键指标(如耐热性、繁殖和存活率等)的耦合关系是珊瑚礁复原力探索中的重要一环。未来,在Vollmer et al.(2003)工作的基础上,进一步探究抗病基因的可繁殖性、耐热性以及抗应激性与提高珊瑚礁恢复力相关性有待加强。当前,对鹿角鱼体内抗病性与其他指标权衡的研究还没有报道 。然而,在其他珊瑚物种中,抗病性与耐热性之间的权衡已有记录  。此外,珊瑚疾病是宿主、微生物和环境之间的复杂相互作用的结果,因此,在发现宿主的抗病性的同时,还需要考虑其他因素的贡献。尤其重要的是,要确定环境条件(如温度)如何与遗传学相互作用,从而影响其抗病性。 (熊萍 责编)