2023年9月13日，Nature 期刊同期发表了两篇研究论文，这两项研究利用AlphaFold蛋白质结构数据库，让我们得以探索此前未知的蛋白质宇宙，通过分析比较蛋白质结构，发现了蛋白质中前所未见的新形状，揭示了蛋白质之间意想不到的联系，给黑暗中的“蛋白质宇宙”带来光亮。
对首尔国立大学的计算生物学家 Martin Steinegger 来说，他感兴趣的是绘制整个数据库中蛋白质之间的关系。为了实现这一目标，他与苏黎世联邦理工学院的计算生物学家 Pedro Beltrao 合作，他们开发了一种基于结构对齐的聚类算法——Foldseek cluster，可以根据蛋白质形状的相似性，快速比较AlphaFold蛋白质结构数据库中的每个结构。使用这一新算法，他们在AlphaFold蛋白质结构数据库中识别了230多万个形状相似的蛋白质簇。该研究以：Clustering-predicted structures at the scale of the known protein universe 为题，发表在了 Nature 期刊上。
来自巴塞尔大学的 Joana Pereira 和 Torsten Schwede 等人采用了一种略有不同的方法来阐明蛋白质宇宙中的暗物质。这项研究强调了大规模工作在识别、注释和确定新蛋白家族方面的价值。通过利用蛋白质生物信息学中最近的深度学习的革命性进展，我们能够以前所未有的规模揭示蛋白质宇宙的未知领域，为生命科学和生物技术的创新铺平道路。该研究以：Uncovering new families and folds in the natural protein universe 为题，发表在了 Nature 期刊上。
本文内容转载自“生物世界”微信公众号。原文链接: https://mp.weixin.qq.com/s/IFCXBqvYRC_J-IsqH5X7jA
