农业部发布了《重点流域农业面源污染综合治理示范工程建设规划（2016—2020年》，提出“十三五”期间以“一控两减三基本”为目标，在洞庭湖、鄱阳湖、太湖等重点流域，选择农业环境问题突出、代表性强的小流域，加大源头控制，实施农业面源污染综合治理工程建设，到2020年，建成一批综合示范区，为全面实施农业面源污染治理提供示范样板和经验。
《规划》明确重点建设四类治理工程:
一、农田面源污染综合防控
全面推进化肥农药使用量零增长行动，综合考虑重点流域农村生活、农业生产及面源污水产排污特征，规划布局区域面源污水导流工程和生态净化工程。
二、畜禽养殖污染治理
科学划定禁养区，推行种养结合和生态养殖模式，加强粪污处理设施建设，推进畜禽废弃物的无害化处理和利用。
三、水产养殖污染防治
科学划定禁止养殖区、限制养殖区和养殖区，推进水产健康养殖，促进水资源循环利用和水质净化提升。
四、农业废弃物循环利用
推动秸秆综合利用产业发展，紧密依托畜禽养殖污染治理工程，建设以畜禽粪便和农作物秸秆为主要原料的基质和食用菌产业，以增值利用促进农业废弃物有序收集。开展农田残膜回收区域性示范，创新地膜回收与再利用机制，重点建设废旧地膜回收网点和加工厂。
