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《Nature | 空间IMA1调控限制了MAMP感知的根系铁获取》

  • 来源专题：战略生物资源
  • 编译者： 李康音
  • 发布时间：2024-01-13

  • 2024年1月10日，索尔克生物学研究所等机构的研究人员在Nature上发表了题为Spatial IMA1 regulation restricts root iron acquisition on MAMP perception的文章。

    铁在宿主-微生物相互作用中至关重要。在感染期间限制宿主对有效铁的限制是一种重要的防御策略，称为营养免疫。然而，这给面向外部的吸收组织（如肠道上皮或植物根表皮）带来了一个难题，这些组织会产生有利于铁生物利用度的环境。例如，植物根系主要从土壤中获取铁，当缺铁时，通过包括根际酸化和铁螯合剂分泌在内的机制增加铁的可用性。然而，铁生物利用度的提高也有利于威胁植物健康的细菌的生长。

    该研究报告说，微生物相关的分子模式，如鞭毛蛋白，通过拟南芥中全身缺铁信号肽Iron Man 1（IMA1）的局部降解导致根铁获取的抑制。当细菌进入根组织时，也会引起这种反应，但当它们停留在外根表面时则不会引起。IMA1本身在调节根和芽的免疫力方面发挥作用，影响根系定植水平和对细菌叶面病原体的抵抗力。该研究结果揭示了营养免疫的适应性分子机制，该机制影响铁的生物利用度和摄取以及免疫反应。

  • 原文来源：https://www.nature.com/articles/s41586-023-06891-y
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  • 《第16届柏林开放获取会议总结：共同向开放获取转型》
    • 来源专题：数智化图书情报
    • 编译者：于彰淇
    • 发布时间：2023-12-05
    • 2023年6月6—7日，来自六大洲的38个国家的代表团齐聚第16届柏林开放获取会议（简称“B16会议”），参会人员包括科学家、学者、教育和研究部门代表、研究资助机构、高校和研究机构领导层以及图书馆和图书馆联盟代表等。本次会议由柏林系列会议的发起者马克斯·普朗克学会主办，并由马克斯·普朗克数字图书馆的“开放获取2020”倡议（OA2020）组织。作为一次全球战略性研讨峰会，会议致力于推动透明和可持续发展的开放获取模式，以替代目前学术期刊普遍采用的付费订阅模式，提供研究成果的即时开放获取，从而实现科学和社会影响最大化。柏林会议的历史可以追溯到20年前，首届会议发布了具有奠基意义的《关于自然科学和人文科学资源开放获取柏林宣言》（2003年）。在B16会议上，国际参会者利用这一平台完善、更新和协调开放获取的方法策略，尤其关注与学术出版商进行开放获取转换谈判的问题。会议形成的“关键见解”将指导研究界在塑造日益开放的学术交流范式的下一步行动。会议的最终声明总结了研究社区对学术出版商调整后的新期望。01关键见解开放学术出版环境的当务之急是提升研究的质量和效率，并通过增强透明性、可获取性、可用性、可信性和公平性来提高研究的影响力。会议讨论过程中的关键意见强调，全球范围的开放获取转换谈判在塑造为科学和学术服务的开放范式方面起到关键作用。 （一）学术出版的包容性有利于科学和学术发展开放获取作为一种高质量的学术出版模式正在迅速发展。然而，目前开放出版服务的费用构成并未考虑到实际情况，这对包容性原则的实施造成了不利影响，而包容性原则是研究过程中发挥最佳作用的必备要素。学术出版应将包容性原则融入其业务和运营实践中。如果出版部门未对这一期望做出反应，处于成熟转换阶段的机构有责任共同谈判，以建立一个包容和公平的开放学术出版体系。科学决不能因全球范围内出版费用的不公平因素而发生倒退。与会者讨论实录：“科学决不能因为出版费用而倒退。” “开放获取国家政策的实施还不充分: 为了使开放获取成为全球事实，需要与国际社会进行合作，实现所有研究社区以中性投入（cost neutral）完成开放获取过渡。”“我们不是寻求施舍，而是追求公平和可持续的未来。”（二）为读者和作者提供最具扩展性的OA策略在欧洲的开创下，世界各地的研究团体正积极推动学术期刊出版向开放获取转型，并成功完成了转换协议（TAs）的谈判。新加入开放获取谈判的成员可以绕过分散订阅和作者所面临的“混合”开放出版费用，而转向成本中性的集中协议，以确保与之前的订阅费用保持平衡。以此方式，作者可以在所选择的期刊上以立即开放获取的方式发表文章，无需支付文章处理费（APC），而读者则可以获得更多经过同行评议的研究成果。事实证明，研究界根据当地原则采用新的和过渡性的成本分配模式，能够有效使资金从订阅向开放出版可持续过渡。透明文化以及先行者所积累的知识、经验、方法、工具和经验教训都可供研究社区使用，以确保所有人都能参与并成功完成向开放获取的转型。图1图2图1世界各国正在实施转换协议，产生重大OA收益。 图2先行开展转换谈判的国家研究成果OA覆盖率正在接近100%。 来源ESAC市场观察网站。图3 从哥伦比亚到加拿大，从南非到挪威，从澳大利亚到中国，世界范围内越来越多的转换协议谈判表明，这种消除订阅学术出版系统缺陷和不公平的方法是可行且可推广的。图表显示过去几年在转换协议下发表的OA文章的累积数量。来源ESAC市场观察网站。（三）完成向OA过渡的新目标在通过成本中性的转换协议实现了最初的开放获取目标之后，先行者正在推动开放获取的进一步发展，通过设立新的调整后的目标来反映研究社区的期望，即超越转换协议，达成开放出版协议，实现开放获取成本公平透明，与出版社向作者提供的服务相称。研究社区致力于集体和透明地评估这一目标的实现进展，以确保出版界为此负责。阅读和出版模式只是过渡性的，从印刷时代继承下来的带有商业和运营模式要素的协议将被抛弃。与会者讨论实录：“我们的联盟成功地通过转换协议扩大了开放获取的范围，控制了图书馆的成本，并显著降低了机构总体开支。”“我们已经成功覆盖了所有会员机构100%的文章产出，协议涵盖了混合和完全开放获取期刊，甚至取消了页面费和彩印费。”“尽管我们加入得较晚，但我们被认为是全球贡献的一部分，这对我们来说非常重要，因为我们正在与这个领域的巨人比肩前行。”（四）全方位的文化变革正在重新确立科学的公共属性最近，世界各地的政策声明强调了对研究成果开放获取的共同愿景，以及对学术出版成本不断增长可能会使公共资金管理机构难以长期可持续的共同担忧。为了减少全球研究界对传统期刊提供的学术交流服务的依赖，需要转变出版文化、组织结构以及研究型组织的管理方式。通过提高透明性、改进对学术出版经费的监督和问责机制，围绕开放性重新调整订阅业务方向，有助于推动这一转变。随着研究团体在学术期刊出版领域完成开放获取转型，可以通过将资金转移到新的、可替代的学术交流形式，参与开放和互操作基础设施的开发，以及实施公共资助研究成果权利保留政策，为进一步转型做好准备。与会者讨论实录：“通过转换协议，我们增强了图书馆在科学界作为推动开放出版促进者的作用。”“转换协议最大的作用是激发了政府、高校和科学委员会等关键角色之间的合作，他们现在为了共同的目标而团结在一起。”“转换协议谈判已经引发了广泛讨论和对开放出版的额外兴趣，研究人员也是如此。”“我们已经成功地将锁定在订阅中的支出重新用于资助开放获取过渡。数万种期刊已经成为我们研究人员的开放出版平台，他们不需要支付APC，通过这种方式，我们国家的研究在整个研究界变得更加显著。”“转换协议的工作让我们的员工更加意识到，图书馆可以作为开放获取许可和出版方面的宣传教育者，为校园带来潜在价值。”“我们的研究议程与社会经济转型的需求密切相关。因此，当我们谈转型时，改变的不仅仅是订阅合同的结构；同时也在深刻改变我们的社会，使其更具包容性。”OA2020将发挥协调作用，服务于全球研究界加速学术出版向开放获取转型和塑造新兴研究开放模式范式，并将这些关键意见整合到众多信息共享、能力建设和战略活动中。02最终声明根据研究界设定的目标和期望，B16代表团共同评估了学术出版商参与开放获取转换谈判的表现，并制定了下一步集体行动，以促进在全球范围内建立透明、包容、可持续和财务公平的学术出版系统。以全面和立即开放获取、成本中性和透明性为基本要求，B16的最终声明代表了所有与会者围绕研究社区与学术出版商就开放获取转换谈判的新目标达成的强烈共识：（一）必须以更快的速度推进全球OA转型各大洲的研究团体通过开放获取谈判，使得研究成果对读者和作者更加可见和免费获取，这符合所有人的利益，需要加快推进。出版商必须向所有人提供转换性和过渡性的开放获取协议，并将其作为默认协议，以更快速度、更大规模实现全面、快速且永久的转换，摆脱对研究成果的付费访问。（二）学术出版不接受不公平在取消订阅付费墙方面取得的进展，不能对参与开放科学和学术活动产生阻碍风险。开放获取转型必须真正具有包容性，能够反映研究学科、主题、语言和成果的多样性。为符合全球研究界利益和支持学术目标实现，开放出版服务应当考虑所有研究社区的文化、政策和财务状况，按区域进行差异定价。以“一刀切”方式设定高额出版费用的开放出版模式是不公平的。出版服务的定价应在全球范围内公平、透明、可负担和可持续。（三）学术自治是学术出版的必要条件科学同行评议过程中的质量保证必须与提供出版相关服务的过程明确分开，以避免为了增加出版商的收入而降低标准的情况发生。编辑的独立性必须得到保证。（四）作者选择和作者权利必须得到充分支持我们强烈支持作者保留版权及其所有权利。与出版商的开放获取协议中应明确规定，作者只向出版商授予“有限的”或“非排他性的”许可，而具有变革性的知识共享(CC) 许可协议，例如CC-BY许可协议，应作为默认选项。为与开放获取的精神和目标保持一致，更严格的CC许可协议(例如，CC-BY-NC, CC-BY-ND和CC- BY-NC-ND)应根据作者的学科需求，按最初设计的目的发挥作用；因此 “出版许可”协议不应以任何方式限制作者的权利。作者对许可协议类型的选择不应与出版服务的价格挂钩。根据上述几点，出版商可以通过与全球研究界的所有成员合作，实现完全和即时的开放获取，从而恢复我们对其学术交流诚信承诺的信任。03会议总结B16反映了世界范围内转换协议谈判持续增长的趋势，并形成了来自不同地域背景的广泛参与者之间强烈结成全球联盟的共识。该会议计划旨在促进新老成员之间的公开讨论和信息共享，以加深对各谈判团队在走向全面开放范式过程中的独特立场和观点的了解。联合主席Gerard Meijer在开幕辞中对与会者取得的重大进展表示祝贺，并希望大家以此次会议为契机，共同制定战略方针，持续推动所有参与者的进步。马克斯·普朗克学会主席马丁·斯特拉特曼(Martin Stratmann)致欢迎辞，他介绍了会议讨论中值得关注的两个主题。他首先引用了德国科学与人文委员会 (Wissenschaftsrat) 2022年建议，强调实现开放范式不仅局限于出版，研究机构必须在文化、思维方式和组织结构方面做出重大改变，以便在尊重学术自由的情况下为所有研究人员提供开放的出版机会。其次，他指出，“科学的包容性对科学有利”，强调了学术出版全球公平的重要性，呼吁资源丰富的科学国家利用其影响力来实现这一目标。图4 Martin Stratmann致欢迎辞会议联合主席 Ulrich P?schl 在开幕致辞中提出了会议的另外两个主题，他回顾了坚持和提高学术交流质量控制的重要性，并期待实现超越学术期刊的开放获取，推动研究交流的不断进步，例如，开放评议互动讨论，以及透明且可追踪的文章级指标，这些指标具有包容性和可获取性，可供全球科学界和全社会使用。图5 会议联合主席 Gerard Meijer 和 Ulrich P?schl第一天的会议主要围绕研究界的领导者和谈判者对转换协议的观点评价展开，包括转换协议对当地研究界和各地学者的影响，以及出版部门在满足研究社区对开放获取转型关键驱动因素期望方面的表现。德国马克斯普朗克数字图书馆科学信息服务部负责人ádám Dér通过对ESAC市场观察网站的数据进行可视化分析，强调了转换协议实施不到5年时间，已经取得约100万篇研究论文立即开放获取的成就，以及一些国家在确保其绝大多数研究成果对全世界公民和科学家免费公开获取方面取得的成功，离不开转换协议和补充战略的支持。图6 ádám Dér 展示OA2020转换协议评估工作组正在进行的工作Dér 还结合近期开放获取谈判兴起的背景下研究政策和学术出版格局的关键转变，与来自欧洲和美国OA2020转换协议评估工作组的其他成员一起分享了各自转换实施过程中对关键创新举措的见解，以及面临挑战和后续措施。使出版商协议具备稳定性和成本控制的策略包括：将研究资助资金与图书馆之前的订阅资金相结合，将开放出版机会扩大到所有作者，重新调整机构在订阅访问方面的资金以支持开放出版，设计新的联盟级成本分配模式以实现平稳过渡，当谈判目标无法达成时，让利益相关者做好“退出”的准备是重点强调的关键创新举措之一，而未来的挑战包括改善作者体验、将集中谈判范围扩大到长尾部分的小型出版商和完全开放出版商。工作组还对其开发的新评估工具进行预告，该工具可以对参与转换协议的基于订阅出版商业务进行透明的、全研究社区的评估，该互动型工具将很快在ESAC网站上公开发布。它可以跟踪出版商在范式变革关键驱动因素方面的进展，包括以成本和运营透明、公平和可持续的方式，支持所有作者公开发表研究结果，为未来的谈判和行动提供支撑信息，以促进下一步发展和提升。本届会议举行了两次小组会议，旨在对定量和定性评估进行协同思考。一次小组会议是由来自非洲、欧洲、南美、北美、大洋洲和亚洲的研究界和图书馆领导人组成，另一次小组会议是由具有代表性的学术出版商领导人组成。研究界领导人小组成员分享了关于转换协议对学者和科学家产生积极影响的看法，以及认为的下一个需要解决的关键挑战，包括确保订阅系统的不平等不会延续到开放出版系统中，以及研究产出日益增长的长期可负担性和可持续性。最终表达了各自应对挑战的战略决心，以完成并超越学术出版的开放获取转型。图7 在 Colleen Campbell（OA2020）主持的讨论中，Ellen Tise（SANLiC）、Günther Waibel（加利福尼亚大学）和 Astrid S?derbergh Widding（斯德哥尔摩大学）一起讨论。受邀的出版商领导人小组成员分享了对学术出版开放获取转型最新进展的看法，并从中期展望的角度，探讨了为作者提供最佳服务的机遇和挑战，以支持开放、透明、可持续、包容和全球公平的学术传播范式。在开场发言中，出版商领导人小组强调，开放获取的关键问题之一是对立即存储已接收手稿的“绿色OA路径”的担忧，因为该路径依赖于期刊出版中订阅系统的延续，从而破坏了向完全开放范式的转变；考虑到当前学术生态系统的复杂性，研究界处于接受开放学术出版范式的不同准备阶段；合作的重要性在于充分发挥学术生态系统中所有参与者的潜力，促进开放出版场所领域的健康多样性。图8 出版商小组由Elsevier、APS、Frontiers、Wiley、CUP、PLOS 和Springer Nature领导人代表组成小组主持人代表B16会议参与者发言，对出版商领导人提出了进一步的问题，包括：与资助机构代表合作开发标准化、低成本的数据交换中心的可能性，该交换中心需要出版商将作者被接受的手稿自动发送到存储库；根据当地经济情况和收入水平设定不同的开放出版服务费用；重新制定版权转让政策，使作者不会被要求将任何权利独家转让给出版商，并且作者能够自愿选择是否将商业使用权利和演绎权利以非独家转让的形式给出版商。基于最近在不同地区举办的一系列研讨会中提出的观点，会议第二天首先以“基于全球公平的开放出版”为主题进行小组讨论，来自非洲、亚洲、欧洲和拉丁美洲的研究界和图书馆领导者参加了讨论。小组成员讨论了研究人员在各自背景下遇到的财务障碍，并反思了出版部门和更广泛的国际研究界在减少学术出版不平等方面的作用。在随后的讨论和所有代表参加的战略会议上形成了会议“关键见解”，以指导研究界在塑造日益开放的学术交流范式的下一步行动。会议的最终声明总结了研究社区对学术出版商调整后的新期望。图9 致力于开放出版全球公平问题的小组成员包括 Herman Er?ulj（斯洛文尼亚）、Remya Haridasan（印度）、Faranah Osman（南非）和 Andréa Vieira（巴西），讨论由Bregt Saenen（欧洲科学）主持。展望转型之后，研究界将围绕开放性重新调整其订阅投入、组织结构和流程，并将深化创新更好融入研究交流。B16会议的最后环节集中讨论了在发展战略中可以采纳的不同要素以及可实施的实践举措，以助力形成开放性和多样化生态系统。资助者、高校领导层、图书馆联盟和开放出版商等代表不同参与者的小组成员都承认转换协议谈判或开放出版协议的战略重要性。同时，他们还强调了研究评估改革（例如DORA、CoARA）、预印本审核平台和基础设施（例如ASAPbio、Review Commons）、探索新的研究传播模式（例如eLife）、支持开放获取专著以及地区和本土语言出版商、对长尾部分的小型及完全开放出版商投入的重要性，特别是已采用不依赖作者费用模式运营的出版商。此外，会议上提出了政策和政治声明的作用，例如，德国联邦教育和研究部（BMBF）国务秘书Sabine D?ring和萨克森州科学文化和旅游部国务秘书Andreas Handschuh在会议上公开的《联邦政府和德国各州关于开放获取的联合准则》被强调为改善研究传播生态系统的重要驱动力，特别是与自下而上的方法相结合时。图10 国务秘书 Sabine D?ring (BMBF) 介绍了德国联邦和地区开放获取联合准则。会议联合主席Meijer在总结讲话中，再次强调了全流程透明的重要性，无论是在编辑和同行评议过程中，还是在出版服务定价和开放出版谈判中所保障的条件上，都要确保研究传播的质量控制和持续改进。与会者一致认同Meijer的结论，即我们不需要怀疑是否应该进行转换协议或开放出版协议的谈判，当前任务是不断改善以完成转型，并塑造为科学和社会服务的新兴学术出版开放模式。图11 B16与会者合影。 新闻来源于以下网站，不代表本公众号立场： https://oa2020.org/b16-conference/[2023-07-10]
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  • 《【Nature Communications】获取高效环保锂的方法》
    • 来源专题：新能源汽车
    • 编译者：王晓丽
    • 发布时间：2024-06-12
    • 随着电动汽车市场的蓬勃发展，锂离子电池所需的矿物质--锂的需求也急剧上升。过去十年间，全球锂产量增长了两倍多。但目前从岩矿或卤水中提取锂的方法速度缓慢，能源需求大，环境成本高。此外，这些方法还需要浓度极高的锂资源，而且只有少数几个国家有这种资源。 现在，芝加哥大学普利兹克分子工程学院（PME）的研究人员优化了一种新方法，可以从更稀释、更广泛的矿物质来源中提取锂，这些来源包括海水、地下水以及压裂法和近海石油钻探留下的 "回流水"。 "目前，锂的需求量和产量之间存在差距，"Neubauer 家族分子工程助理教授、这项发表在 Nature Communications 上的新研究的资深作者刘冲（音译）说。"我们的方法可以从非常稀的液体中高效提取矿物质，这可以大大拓宽锂的潜在来源"。 在新的研究中，研究人员展示了某些磷酸铁颗粒如何能最有效地从稀液体中提取锂。他们的新发现可能会加速一个更快、更环保的锂提取时代的到来。 如今，锂电池中使用的大部分锂都来自两种基本的提取工艺。锂矿石可以用重型机械开采、粉碎，然后用酸处理以分离出锂。另一方面，卤水锂池则使用大量的水泵将水抽到地表，然后经过一年多的时间蒸发掉，从而获得干燥的锂。 研究人员率先采用了一种完全不同的方法，从稀液体中提取锂。他们根据锂的电化学特性，利用橄榄石磷酸铁的晶格来分离锂。由于锂的大小、电荷和反应性，锂会被吸入橄榄石磷酸铁柱的空隙中--就像水被浸入海绵的孔中一样。但是，如果柱体设计完美，同样存在于盐水中的钠离子就会被排除在外，或者以更低的水平进入磷酸铁柱。研究人员测试了橄榄石磷酸铁颗粒的变化如何影响其选择性分离锂而非钠的能力。 研究小组用不同的方法合成了橄榄石磷酸铁颗粒，得到了从20纳米到6000纳米不等的颗粒尺寸。然后，他们根据这些颗粒的大小将它们分成不同的组，并用它们制造出可以从弱溶液中提取锂的电极。他们发现，当磷酸铁颗粒过大或过小时，它们往往会让更多的钠进入其结构中。这导致锂的提取纯度降低。这些发现对于推动电化学锂萃取走向商业化应用至关重要。他们建议研究人员不仅要关注生产橄榄石磷酸铁，还要关注生产理想粒度的橄榄石磷酸铁。 原文链接：“Identifying critical features of iron phosphate particle for lithium preference,” Yan et al, Nature Communications, June 7, 2024. DOI: 10.1038/s41467-024-49191-3
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