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《Nature，1月30日，中国冠状病毒：已经发表了几篇论文？》

  • 来源专题：COVID-19科研动态监测
  • 编译者： zhangzx
  • 发布时间：2020-02-01

  • NEWS 30 JANUARY 2020

    China coronavirus: how many papers have been published?

    Research papers and preprints are appearing every day as researchers worldwide respond to the outbreak.

    More than 50 research papers have been published on the new Chinese coronavirus in the past 20 days, as scientists rush to understand the pathogen and how it spreads.

  • 原文来源：https://www.nature.com/articles/d41586-020-00253-8
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相关报告

  • 《Nature：新研究发现9种新的冠状病毒》
    • 来源专题：生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者：hujm
    • 发布时间：2022-02-20
    • 在一项新的研究中，来自加拿大、法国、俄罗斯、西班牙、美国和德国的研究人员重新分析了所有公开的RNA测序数据，发现了比以前已知的RNA病毒多出近10倍的病毒，包括在一些意想不到的地方发现的几种新的冠状病毒。这个全球规模的RNA病毒数据库可以帮助快速识别病毒外溢到人类，以及那些影响牲畜、作物和濒危物种的病毒。相关研究结果于2022年1月26日在线发表在Nature期刊上，论文标题为“Petabase-scale sequence alignment catalyses viral discovery”。论文通讯作者为加拿大独立研究员Artem Babaian博士。 Babaian博士是Serratus项目合作的幕后推手。Babaian说，与云创新中心（加拿大英属哥伦比亚大学和亚马逊网络服务之间的公共/私人合作）合作，Serratus项目能够在亚马逊网络服务上建立一台“极其强大”的超级计算机，其功率相当于22500个CPU。 这台超级计算机读取了来自世界各地570万个生物样本的2000万GB（gigabyte, 千兆字节）的公开基因序列数据，寻找表明存在RNA病毒的特定基因。这些样本已经收集了13年，并在世界研究界内自由分享，包括从冰芯样本到动物粪便的一切样本。 Serratus项目的研究人员发现了132000种RNA病毒（以前只知道15000种）和9种新的冠状病毒。Babaian估计，如果没有云创新中心和亚马逊网络服务，传统的超级计算机需要花费一年多的时间和几十万美元来完成这项分析所需的2000年的CPU时间。Serratus项目在11天内花费24000美元完成了这一任务。 Babaian说，“我们正在进入一个了解自然界中病毒的遗传和空间多样性的新时代，以及各种各样的动物如何与这些病毒接触。我们希望是如果像SARS-CoV-2---导致COVID-19的冠状病毒---之类的病毒再次出现，我们不会措手不及。这些病毒可以更容易地被识别，并且可以更快地找到它们的天然病毒库。真正的目标是这些感染被及早识别，以至于它们永远不会成为大流行病。如果一名病人出现不明原因的发烧，一旦对血液进行测序，你如今可以将人类中的未知病毒与现有病毒的更大数据库联系起来。例如，如果一名病人在圣路易斯市出现了来源不明的病毒感染，你如今可以在大约两分钟内通过这种数据库进行搜索，并将这种病毒与例如2012年在撒哈拉以南非洲取样的一只骆驼联系起来。” 32岁的Babaian之前一直在加拿大英属哥伦比亚省癌症研究中心进行癌症基因研究，当COVID-19大流行病发生时，他转换了研究方向。Babaian说，这项新的研究是作为一个“有趣的副业”开始的，始于2020年3月3日，当时他和他的登山伙伴朋友---英属哥伦比亚大学工程系学生Jeff Taylor---“在一张餐巾纸的背面”勾勒出了这个想法。他指出，“我应该保留那张餐巾纸。” Babaian不久后向英属哥伦比亚大学的云创新中心（Cloud Innovation Centre）寻求帮助。Serratus项目，以英属哥伦比亚省Tantalus山脉的Serratus山命名，他和Taylor在2020年的一次攀登中看到了这座山，于是发起了这个项目。 Babaian回忆说，当第一批研究结果开始在他的笔记本电脑上闪现时，他正坐在他妻子的护理椅上，这表明Serratus项目不仅在工作，而且以几乎难以理解的速度产生数据。 他说，“这可能是我生命中最激动人心的科学时期。有两种类型的乐趣。第一类是微笑和开玩笑。第二类是当你在做这件事的时候很痛苦，但记忆却很闪亮，就像攀岩。在许多方面，Serratus项目是第二类乐趣。你只需要相信它会成功。” Babaian说，如果没有英属哥伦比亚大学云创新中心的支持，他不可能完成这项研究。他说，“云创新中心确实在那里为我们打开了大门。我们有一个想法，他们从他们的网络中带来了专家，使其成为现实。如今，全球社会可以从所有这些以前未被利用的研究中受益。” 英属哥伦比亚大学云创新中心主任Marianne Schroeder说，“Babaian带着一个创新的愿景找到了我们。英属哥伦比亚大学云创新中心的力量在于，我们将英属哥伦比亚大学的内部创新和技术团队与亚马逊网络服务的团队配对。我们非常荣幸能够支持这一愿景的实现；协助为复杂问题找到技术解决方案是我们的工作。” 参考资料： Robert C. Edgar et al. Petabase-scale sequence alignment catalyses viral discovery. Nature, 2022, doi:10.1038/s41586-021-04332-2.
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  • 《Nature Communications上发表猪冠状病毒重要研究进展》
    • 来源专题：生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者：hujm
    • 发布时间：2022-03-24
    • 国际著名学术期刊《Nature Communications》在线发表了题为《Structures of a deltacoronavirus spike protein bound to porcine and human receptors》（猪德尔塔冠状病毒刺突蛋白与人和猪受体复合物的结构）的研究论文。报道了江苏省农业科学院兽医所李彬研究员团队与南京农业大学生命科学学院张水军教授合作在猪德尔塔冠状病毒（PDCoV）跨物种传播方面的重要研究成果。 冠状病毒的跨种传播对全球公共卫生构成了重大威胁，冠状病毒属的很多成员可以跨物种感染人和动物，包括新型冠状病毒SARS-CoV-2、SARS冠状病毒和中东呼吸综合征冠状病毒（MERS-CoV）等。 猪德尔塔冠状病毒（PDCoV）是一种新型猪肠道冠状病毒，可引起哺乳仔猪腹泻和呕吐，生长猪、成年猪及生产母猪也可感染，给全球养猪业带来巨大经济损失。该病毒于2012年首次在香港的猪群中发现，2014年2月美国在腹泻仔猪和母猪的粪便中首次检测到PDCoV。随后，韩国和中国大陆也从腹泻猪的临床样品中检测到该病毒。 2021年12月，据《Nature》期刊报道，从海地的三名发热儿童血清样本中检测并分离到了PDCoV，表明PDCoV具有感染人的风险。冠状病毒通过其表面的刺突蛋白与细胞受体结合，入侵宿主细胞从而实现感染。然而，PDCoV结合受体的分子机制仍不明确，研究其与人和猪的受体分子结合是揭示其跨种传播的关键。 研究团队解析了PDCoV的刺突蛋白（S蛋白）受体结合区（RBD）与人和猪的细胞受体氨基肽酶N（APN）的复合物晶体结构，揭示了PDCoV结合两个物种受体上保守的氨基酸位点，且发现PDCoV的RBD在人和猪APN上具有高度相似的结合区域，可能是其感染猪和人的结构基础。但该结合区域与人冠状病毒HCoV-229E、猪呼吸道冠状病毒（PRCoV）与受体APN的结合区域完全不同。 结合体外生化和病毒感染实验，研究团队进一步鉴定了APN受体上影响PDCoV实现跨物种传播的关键氨基酸位点（Y316、K379、E426和W429）。该论文揭示了猪德尔塔冠状病毒跨物种传播的可能机制，为研制该病毒的疫苗和药物提供了结构基础和理论依据。
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