《苏州医工所杨晓冬课题组在皮肤镜病灶分割模型研究中取得重要进展》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2022-05-19
  • 皮肤癌是世界上最常见的、增长最快的癌症之一。其中,黑素瘤是最恶性的皮肤癌,2018年就新增28.77万人并导致6.07万人死亡。皮肤镜是皮肤科医生用来区分黑色素瘤的使用最广泛的工具之一,皮肤镜图像中病灶的自动精准分割是计算机辅助皮肤癌诊断的基础步骤,其可提供病灶的位置、形状、大小等定量信息,对提高皮肤癌诊断的准确性和效率具有重要作用。

      然而,由于皮肤癌病灶往往呈现多变的尺度、不规则的形状、模糊的边界以及毛发等噪声的干扰,现存的分割模型面临着类内不一致、类间难区分的挑战(如图1所示,病灶内部的孔洞以及病灶边界附近割裂的片段)。

    针对此问题,苏州医工所杨晓冬课题组提出了一种基于全局和局部像素间相关性学习的皮肤癌病灶分割算法。该算法整体结构如图2所示,在编码器-解码器架构下,首先设计了金字塔transformer像素间相关性模块,旨在捕获不同层次的非局部上下文信息,并进一步探索全局像素级相关性,以应对病灶形状及尺寸的大变化性。此外,还设计了局部邻域度量学习模块,以增强分割模型的局部语义相关性学习能力,提高特征空间中类别之间的可分离性。该算法通过同时学习建模全局和局部像素间相关性来增加类间差异与类内一致性,在三个公开皮肤镜数据集(ISIC2018、ISIC2016、PH2)上进行了实验,算法性能达到了当前最好的水平,部分代表性的分割结果如图3所示。

    该研究成果 “ICL-Net: Global and Local Inter-pixel Correlations Learning Network for Skin Lesion Segmentation” 已在线发表在 IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics杂志上。论文第一作者为研究生曹维维,郑健研究员与常州二院倪昕晔教授为通讯作者。该项工作受到江苏省卫健委(M2020006)、浙江省科技厅(LQ19H110001)和苏州市科学技术局(SJC2021023)、常州市医学物理重点实验室(CM20193005)等项目的经费支持。 

      论文链接:https://ieeexplore.ieee.org/abstract/document/9745347

  • 原文来源:http://www.sibet.cas.cn/kxyj2020/kyjz_169572/202205/t20220518_6449916.html
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    • 编译者:hujm
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    •   放射治疗是利用射线对肿瘤细胞进行定点清除的技术,是癌症治疗的重要技术手段。为了实现最大化照射肿瘤病灶同时保护周围组织和器官,基于多模态影像(计算机断层成像(CT),磁共振(MRI),超声(US)以及锥形束CT(CBCT))等引导的放疗技术受到了极大关注。其中,锥形束CT(CBCT)图像具有骨组织对比度高,空间分辨率高等优势,相比于其他影像引导技术,CBCT图像引导放疗是目前使用最广的图像引导技术。放疗医师通过将定位CT图像与治疗实施阶段扫描的CBCT图像进行刚性或弹性配准,进行分次治疗间的摆位及剂量验证,使得肿瘤的精准放疗成为可能。   然而,由于CT和CBCT图像之间的灰度差异、结构信息不一致、CBCT图像质量差等因素的干扰,快速准确的CT-to-CBCT图像配准算法研究仍然具有很大的挑战性(如图一所示,在CBCT和CT相同解剖位置处,CBCT图像中存在较为严重的伪影)。传统配准算法普遍采用迭代式的优化算法,运行时间较长,实时性差。目前,相关研究工作前沿主要集中于利用深度学习理论研究快速、准确的配准方法。但是,这些工作面对CBCT和CT图像域之间的分布差异、以及CBCT中的噪声伪影干扰,并没有进行深入研究。 针对此问题,苏州医工所杨晓冬课题组提出了一种基于边界梯度引导和跨域特征融合的配准算法。该算法整体结构如图2所示,包含两个重要模块:边界引导注意力模块(EGAM)和跨域注意力模块(CDAM),共同组成了跨域融合的配准网络。该网络分别利用两个相同结构的卷积流,以非耦合的方式分别提取CT和CBCT两个图像域中特有的图像特征。此外,边界引导注意力模块充分挖掘梯度图像的边界信息,引导配准网络建模CT和CBCT中相关解剖结构之间的对应关系,并抑制CBCT中的噪声伪影;跨域注意力模块利用全局和局部信息引导来自两个图像域的特征映射至一个公共空间,以缓解图像域之间的分布差异。   该算法在真实的临床CT-CBCT数据集上进行实验,与其他先进的配准方法相比取得了最优性能。与传统的配准方法相比,该方法在TRE、DSC、以及MHD指标上均获得显著提升。其中,TRE误差从4.00mm降低至2.27mm,DSC指标从74.02%提升到了80.01%,MHD距离也从1.62mm降低至1.50mm。在同样的硬件条件下,该方法在运行速度上有近10倍的提升。此外,该算法还在公开肺部4D-CT数据集(Dir-Lab)上取得了具有竞争力的配准性能,展现了该方法在单模图像配准中的潜力。未来,团队将会针对图像引导放疗中多模态影像配准的痛点问题,进行更加深入的研究,助力临床放疗精度和疗效的提升。  该研究成果“CDFRegNet: A Cross-domain Fusion Registration Network for CT-to-CBCT Image Registration.” 已发表在Computer Methods and Programs in Biomedicine杂志上。论文第一作者为研究生曹玉柱,苏州医工所郑健研究员与常州二院倪昕晔教授为通讯作者。该项工作受到山东省自然科学基金(ZR2021MH213)、苏州市科学技术局(SS202087, SJC2021023)、江苏省卫健委(M2020006)、常州市医学物理重点实验室(CM20193005)等项目的经费支持。   论文链接:https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0169260722004072
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    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2020-08-31
    • 在全球范围内,乳腺癌都是威胁女性健康的最主要恶性癌症。有研究表明,早期的筛查诊断和治疗有利于改善患者的预后。在早期筛查诊断中,乳腺微钙化簇类病灶是重要的早期征象,对于乳腺癌的早期发现及临床治疗具有重要的意义。乳腺X线摄影对该类病灶十分敏感,其中乳腺X线断层合成影像(Digital Breast Tomosynthesis, DBT)是一种三维的X射线断层影像,它能一定程度上克服二维钼靶摄影因组织重叠而影响病变观察的问题。   现阶段利用DBT影像进行微钙化病灶的准确筛查及诊断存在以下挑战:第一,微钙化簇病灶分散在三维数据的多张切片中,不利于病灶的整体观察;第二,由于有限角度的重建或者病人潜在的运动,导致钙化点存在伪影,这些挑战容易导致微钙化病灶的误诊,计算机辅助检测及诊断技术能一定程度上缓解医生误诊的现象。   近期,苏州医工所杨晓冬课题组与苏州市立医院东区乳腺筛查中心合作,在基于乳腺DBT影像的微钙化簇检测及假阳性降低算法研究上取得进展。算法的整体流程如图1所示,包括候选样本检测和假阳性降低两部分。候选样本检测部分采用高斯滤波结合区域聚类的方法获得初步的微钙化簇候选样本,之后采用深度学习算法进行假阳性降低任务。针对DBT影像各向异性分辨率的特点,课题组提出了一种三维各向异性卷积神经网络(如图2所示),可以避免各向异性分辨率的影响同时加强了模型对中心切片的特征重用。课题组在收集的包含592例病例的数据集上进行了实验,获得了0.9765的AUC,性能优于其他四种对比算法,具体实验结果如图3所示。   该研究成果“3D Context-Aware Convolutional Neural Network for False Positive Reduction in Clustered Microcalcifications Detection”发表于IEEE Journal of Biomedical and Health Informatics杂志(2020),论文第一作者为郑健研究员,张凡和李铭副研究员为通讯作者。该研究课题得到了美国匹兹堡大学医学院放射科(吴山东教授)、苏州市立医院东区乳腺放射科(蒋可和陈倩医生)等合作单位的大力支持。该项工作受国家重点研发计划(2016YFC0104505、2016YFF0101303)、国家自然科学基金(61701492)、苏州市科技局(SYG201825)、中国科学院苏州生物医学工程技术研究所(#Y753181305、 #Y95K091K05)等项目的经费支持。 此外,课题组还提出了一种高效、准确的计算机辅助微钙化簇良恶性分类算法。针对微钙化簇分散在三维空间的特点,作者创新性地设计了多空间域的影像组学特征并对比分析其对关键信息的描述性能(包含:形状特征、纹理特征、强度特征和上下文特征)。通过有效的特征筛选机制和分类器训练策略,最好的钙化簇病灶良恶性分类模型的AUC值达到0.868(如图4所示)。当分别对比良恶性微钙化簇特征时,发现恶性微钙化簇相比于良性通常分布较广、钙化点更小且更亮(如图5所示)。该算法能较好地在术前对病灶进行无创诊断,有利于提高医生的诊断准确率,减少良性病人不必要的手术伤害和经济负担。   该研究成果“A radiomics method to classify microcalcification clusters in digital breast tomosynthesis”发表于Medical Physics杂志(2020),论文第一作者为研究生彭云松,郑健研究员和陈倩医师为通讯作者。该研究课题得到了美国匹兹堡大学医学院放射科(吴山东教授)、苏州市立医院东区乳腺放射科(胡大章主任、蒋可医生)等合作单位的大力支持。该项工作受国家重点研发计划(2016YFC0104505、2016YFF0101303)、国家自然科学基金(61701492)、苏州市科技局(SYG201825)、中国科学院苏州生物医学工程技术研究所(#Y753181305、 #Y95K091K05)等项目的经费支持。