农产品加工研究所是根据科技部、财政部、中编办国科发政字[2002]356号文件精神，在原子能利用研究所学科调整基础上新组建的研究所。其目的在于贯彻落实中共中央关于农业产业结构调整、增加农民收入的文件精神，适应国民经济建设和社会发展的需要，保证农业的可持续发展，满足新时期消费者对农产品及食品的质量、安全和健康的要求。
该研究所是以农产品加工关键技术和食品科学技术研究为特色，利用生物技术、核技术、工程技术等高新技术手段，研究和解决食品物料学、食品微生物学、食品安全、食品辐照、发酵工程、食品保鲜、食品工艺和食品工程等科学技术问题的综合性研究机构。研究所现有职工102人，其中中国科学院院士1人，研究员6人，副研究员20人，具有博士学位8人。研究所设有食品科学中心实验室、农产品加工工程中心、农业部核技术与农产品加工重点开放实验室、中国农业辐照中心、农业部辐照产品质量监督检验测试中心等研究和开发部门。拥有农产品质量与食品安全、生物物理学博士点，农产品贮藏与加工工程和农产品质量与食品安全硕士点。中国农业科学院一级岗位杰出人才魏益民教授为现任所长。
作为中国农业科学院从事农产品加工技术和食品科学技术研究唯一的国家级科研机构，研究所将重点围绕我国产业结构调整和农业产业化的关键技术需求，结合我国农业生产、食品科学和居民消费者的自身特点，通过农产品加工、贮运和保鲜技术研究，加快我国农产品加工业和食品工业的发展。通过对营养、健康、安全食品原料保障和市场监督控制技术的研究，形成食品、农产品质量与安全产地保证体系和专项技术。通过应用基础研究和高新技术产出，不断取得技术成果、专利或产品，为技术开发和技术服务提供储备。通过技术培训、技术转移和技术咨询，为农产品加工和食品加工企业提供技术支撑和服务。通过与国际机构、大专院校、研究院所、加工企业、优势产区合作研究、联合开发的模式，壮大队伍，扩大影响。与此同时，通过食品科学与工程一级学科和食品科学、粮食油脂及植物蛋白工程和农产品贮藏与加工工程学科博士点、硕士点的建设，培养食品科学与工程专业的高级科技人才。
研究所全体研究人员将奋发努力，加快研究所建设步伐，通过出成果、出人才、出效益，使我国农产品加工业得到更大的发展，为国家做出更大的贡献。
