农作物病害的突然出现可能造成不可弥补的经济冲击，特别是对发展中国家的小农而言。例如，小麦瘟病是一种来自南美洲的毁灭性真菌病，2016年出现在孟加拉。目前这种病已通过检疫控制，但很容易扩散到其他小麦种植区，从而威胁到粮食安全。此外，在肯尼亚和埃塞俄比亚发生了广泛的茎锈病作物歉收。最近的进展可以为这一问题提供解决方案，通过从小麦的野生近缘中快速发现和分离抗病基因，然后将其导入优良作物品种中。然而，这种进步有一个障碍：小麦，一种世界性的主食，已经成为转基因作物中的孤儿。
转基因作物——主要是玉米、棉花和大豆——含有抗除草剂和抗虫的转基因，显著提高了农民的利润率。虽然转基因水稻尚未商业化种植，但已批准若干特性，例如，昆虫抗性、除草剂耐受性和维生素A的生物强化。2004年，美国放弃了批准小麦转基因性状的唯一申请，即除草剂耐受性，显然，此后没有其他性状提交监管部门批准。转基因导入抗镰刀菌的基因显然是成功的，镰刀菌是一种杀死小麦的谷粒器官并用毒素污染剩余谷粒的真菌，但没有任何尝试获取转基因作物商业种植批准的记录。看来，反转基因消费群体（主要来自欧洲和日本）对生产者的压力以及开发者不高的利润率，已将小麦归类为低优先级作物。农业种子产业对转基因种子收取高额费用。在美国，小麦主要生长在边际土地上，与玉米相比，仅产生20%的农业收入，这使得工业能否收回与研究投资相关的成本值得怀疑。如果转基因小麦成为可用，有助于稳定小麦生产的话，对于非洲和亚洲永久关注粮食安全的国家可能会接受转基因小麦。
