《新方法使得CRISPR基因编辑准确性高达98%》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: huangcui
  • 发布时间:2017-11-29
  • 在过去的五年里,CRISPR-Cas9技术因它的简单性和低成本,引发了基因编辑领域变革。但是,尽管这项技术能够可靠地发现和切割靶DNA序列片段,但是按照所希望的那样修复这种切割是一种碰运气过程。当目标就是校正DNA中导致遗传疾病的碱基变化时,高达50%的错误率是一个特别不容忽视的问题。

    如今,在一项新的研究中,美国威斯康星大学麦迪逊分校生物医学工程教授Krishanu Saha领导的一个研究团队开发出一种能够让这种修复不那么容易地出错的新方法。相关研究结果于2017年11月23日在线发表在Nature Communications期刊上,论文标题为“Assembly of CRISPR ribonucleoproteins with biotinylated oligonucleotides via an RNA aptamer for precise gene editing”。

    与标准的CRISPR技术相比,这种新方法将按照所希望的那样精确地重写DNA序列的概率提高了10倍。这些研究人员利用一种被称作RNA适配子(RNA aptamer)的分子胶组装一种完整的CRISPR修复工具包并将这种工具包运送DNA切割位点上,从而实现这种更高的修复精准度。

    Saha说,“这种工具包不仅提供了分子剪刀,而且还提供了细胞修复这种DNA切割所需的正确模板。鉴于这种RNA适配子比较牢固,而且非常稳定,我们所需的就是一下子将这种工具包运送到细胞中的合适位置上。”

    与现有技术相比,新方法还有其他的几项优势。首先,这种工具包仅含有非病毒试剂,这就简化了生产过程,并降低了在未来开展遗传手术临床应用时存在的安全性问题。其次,将一种RNA适配子添加到这种工具包中要比修饰Cas9蛋白更加容易,而且提供更大的灵活性。

    论文第一作者、Saha实验室的研究生Jared Carlson-Stevermer说,“我们能够将其他的生物分子添加到这种工具包中,就像是将一块额外的乐高积木放入一种已经存在的结构中。”

    一个这样的例子是添加荧光标记,这允许研究人员很容易地在一个细胞群体中鉴定出所有经过精确编辑的DNA序列。Saha说,“通过寻找这些荧光标签,我们能够实现98%的准确率。”

    在这项新的研究中,这些研究人员利用这种新方法以显著提高的保真度校正了源自一名庞贝氏症(Pompe disease)患者的干细胞系中的一种特定突变。庞贝氏症是由复杂的糖分子在器官和肌肉组织中堆积引起的一种罕见的遗传性疾病。

    Saha说,“这类遗传手术并不缺乏候选的应用对象,这是因为有上万种疾病是由较小的序列差错造成的,而这种新方法能够修复这些错误。我们的下一个目标是在动物模型中测试这种方法,并且努力重写更长的DNA片段。”

  • 原文来源:https://www.nature.com/articles/s41467-017-01875-9
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  • 《“基因魔剪”准确性低于预期》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
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    • 英国《自然·生物技术》杂志16日在线发表了一项重要研究:有“基因魔剪”之称的CRISPR-Cas9基因组编辑技术,在靶点附近引起的DNA删除或重排,比科学家此前预期得要严重。该发现意味着,研究人员必须密切观察基于CRISPR-Cas9疗法对编辑后细胞造成的序列变化。 目前,CRISPR-Cas9基因组编辑已被广泛认为是癌症、HIV、血友病和镰状细胞疾病的潜在治疗方法。Cas9的作用机制,是剪切基因组内靶点位置的细胞DNA双链。细胞修复DNA双链断裂的路径通常会引入小规模的DNA插入或删除。这个过程可以用来使致病基因失活,或修正基因突变。在此之前,人们对这一技术手段的主要安全顾虑是Cas9的脱靶率较高。 但此次,英国维康桑格研究所科学家艾兰·布拉德雷及其同事通过研究小鼠和人类的实验室细胞系发现,除了已知的伴随DNA双链断裂修复发生的小规模DNA错误,CRISPR-Cas9技术还可能在靶点附近导致大规模的DNA删除,在部分情况下,甚至引起复杂的DNA重排。 研究团队发现,在小鼠干细胞和人类视网膜色素上皮细胞内,可能出现规模达数千DNA碱基的删除,导致临近基因或调控序列可能受到影响,并改变细胞功能。 研究人员表示,以上发现与Cas9的临床应用的相关性尚未可知。虽然上述实验的原本目的不是检测除了敲除靶基因之外染色体变化的有害影响,但是却突出了一个潜在安全隐患,急需对此开展进一步的研究。 而就在今年2月,《自然》杂志网站还曾报道一项由斯坦福大学领导的研究,其揭示人体自身的免疫系统也可能会破坏基于CRISPR-Cas9开发的基因疗法。
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    • 编译者:hujm
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    • 近日,一项刊登在国际杂志Nature Biotechnology上的研究报告中,来自德克萨斯大学等机构的科学家们通过研究开发了一种新工具能帮助科学家们为特定的工作选择最佳的可用基因编辑选项,从而就使得CRISPR技术更加安全、便宜和高效。近年来,CRISPR基因编辑技术在改善人类健康、农业研究等方便表现出了巨大的潜力,但其所面临的挑战在于基因编辑的微妙性质,即不允许出错,为了实现基因编辑,科学家们会使用来自名为CRISPR的自然系统中几十种不同的酶类,随后他们会锁定出问题的DNA序列,紧接着利用酶类作为剪刀来剪断错误序列,使得遗传物质被添加、移除或改变,但这些剪刀或许并不完美,其准确性和有效性会因CRISPR酶和项目而异,而且新的工具会引导新的用户,因此研究者可以为其高风险的基因编辑选择最好的CRISPR酶类。 研究者Steve Jones博士表示,我们设计了一种新方法,其能帮助检测这些不同的CRISPR酶的特异性,其能以一种前所未有的方式来对抗任何引起DNA序列的改变;当CRISPR酶靶向作用了错误的DNA片段后问题就会出现,每一种CRISPR酶在编辑不同的序列上都会存在一定的优缺点,因此研究人员就开始着手开发一种工具来帮助科学家们比较不同的酶类并寻找你一种能发挥用途的最佳酶类。 研究者表示,CRISPR并不是在实验室设计出来的,也并不是人类为了人类而设计的,其是细菌用来抵御病毒感染的天然工具;该工具在医学应用上有着不可思议的潜力,但医学研究的首要原则就是不给患者造成伤害,而科学家们研究的主要目的就是如何让CRISPR变得更加安全。这项研究中,研究人员开发了一种DNA序列文库,并测定了每一种CRISPR酶的准确性,利用酶编辑序列的时间以及编辑序列的准确性,对于某些任务而言,常用的酶类CRISPR-Cas9的效果最好,而在其它实验中,不同的酶类则表现更好。 Hawkins表示,这就像标准化考试一样,每个学生都会参加同样的考试,这样我们就能获得一个比较的基准,本文中,研究人员所开发的新型工具就能帮助他们在第一次尝试中选择最好的酶类,从而就能使得这个过程变得更加有效且便宜;此外,其还能为研究人员提供每个酶类最可能出现错误的地方的相关信息,这样就能节省一定的时间,这项技术也能为研究者降低风险提供一种新方法,其会使得基因编辑技术变得更能够进行预测及可控。