《家麻雀基因组中人类共生的特征》

  • 来源专题:外来生物入侵
  • 编译者: 刘小燕
  • 发布时间:2018-09-19
  • 家麻雀(Passer domesticus)是一个非常成功的人类依赖物种;几乎遍布在每个大陆。然而,尽管他们对于人类来说无处不在并且十分熟悉,但是对它的起源却鲜为人知。我们试图调查家麻雀的进化历史,并确定其过渡到与人类共生互利的过程。我们使用了来自三个欧亚物种的120个个体的整个基因组重测序数据集,其中包括三种Bactrianus麻雀种群,一种近东非共生的发散的麻雀谱系。随着农业的传播,麻雀可能会因此进入欧洲。使用Bactrianus麻雀,我们进行了比较基因组扫描,以确定可能涉及适应人类生态位的基因。我们确定了在Bactrianus种群中不存在的共生麻雀基因组中最近的阳性选择的潜在特征。

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    • 编译者:王成卓
    • 发布时间:2018-08-11
    • 城市和相邻地区代表了人类活动的密集焦点,并为研究人类介导传播和基因流动提供了独特机会。研究人员在侵入性短柄草扩展范围边缘的城乡交界处检验了景观特征对其基因流动的影响,并使用了来自22个地区的个体进行全基因组单核苷酸多态性研究。利用ResistanceGA优化阻力参数,为每个景观特征创建阻力面。结构分析确定了三个不同的集群,多样性分析支持了至少三个本地引入的存在。对距离矩阵的多重回归没有证据表明发育、道路、冠层覆盖或农业对山楂果的遗传距离有显著影响。地理距离是遗传距离的一个普通预测因子,反映了地理聚类。河流作为管道的模型解释了遗传距离的很大一部分变化,但是定向基因流动证据的缺乏消除了水蚀作为一种分散机制。这些结果和对受扰动地区种群分布的观察表明,河流对鼠尾草散布模式的影响可能会由于人类的娱乐活动而导致种子散布。
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    • 编译者:李康音
    • 发布时间:2024-02-20
    • 2024年2月14日,海军军医大学王红阳院士/陈磊研究员课题组联合北京大学生物医学前沿创新中心/北京未来基因诊断高精尖创新中心白凡教授课题组、杜克-新加坡国立大学医学院Steven G. Rozen教授课题组以及福建和瑞基因吴琳博士团队合作在Nature在线发表了题为 Deep whole-genome analysis of 494 hepatocellular carcinomas 的最新研究成果。该研究完成了中国人群肝细胞癌全基因组深度特征分析(Chinese Liver Cancer Atlas, CLCA)。 该研究对494例来自中国不同地区的肝细胞癌患者肿瘤组织进行了高深度的全基因组测序(平均120x),深入分析了编码区和非编码区的驱动基因、突变印记、拷贝数变异、聚集式变异事件(clustered alteration:chromothripsis, chromoplexy和kataegis)、染色体外环状DNA(extrachromosomal circular DNA, ecDNA)以及突变演进规律等特征,揭示了以HBV相关肝细胞癌为主的全基因组变异景观,为深入理解中国人群肝细胞癌的演进机理提供了重要的线索。