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《SARS-CoV-2（COVID-19）蛋白酶结构的刚性、正常模式和柔性运动》

  • 来源专题：生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者： hujm
  • 发布时间：2020-03-19

  • 英国巴斯大学的科研人员在bioRxiv预印版平台发表论文“Rigidity, normal modes and flexible motion of a SARS-CoV-2 (COVID-19) protease structure”，探讨了SARS-CoV-2（COVID-19）蛋白酶结构的刚性、正常模式和柔性运动。
    最近已经报道了通过卵石博弈刚性分析（pebble-game rigidity analysis）、弹性网络结构模型和全原子模拟分析的SARS-CoV-2病毒的一种蛋白酶的两个晶体结构，病毒蛋白酶的这种计算研究遵循了在研究其他同二聚体酶中有效的方案。预测该蛋白酶在体内表现出柔性运动，其直接影响已知抑制剂结合位点的几何形状，并在结构的其他位置打开新的潜在结合位点。已经生成了代表晶体结构上自然柔性变化的生成的PDB文件的数据库，并可以从机构数据档案中下载该数据库。文章指出，该信息可能会为基于结构的药物设计和片段筛选工作提供信息，这些工作旨在为确定用于治疗COVID-19的特定抗病毒疗法打下基础。

  • 原文来源：https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.10.986190v1.full.pdf
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    • 发布时间：2020-03-13
    • 1.时间：2020年3月12日 2.机构或团队：巴斯大学 3.事件概要： 英国巴斯大学的科研人员在bioRxiv预印版平台发表论文“Rigidity, normal modes and flexible motion of a SARS-CoV-2 (COVID-19) protease structure”，探讨了SARS-CoV-2（COVID-19）蛋白酶结构的刚性、正常模式和柔性运动。 最近已经报道了通过卵石博弈刚性分析（pebble-game rigidity analysis）、弹性网络结构模型和全原子模拟分析的SARS-CoV-2病毒的一种蛋白酶的两个晶体结构，病毒蛋白酶的这种计算研究遵循了在研究其他同二聚体酶中有效的方案。预测该蛋白酶在体内表现出柔性运动，其直接影响已知抑制剂结合位点的几何形状，并在结构的其他位置打开新的潜在结合位点。已经生成了代表晶体结构上自然柔性变化的生成的PDB文件的数据库，并可以从机构数据档案中下载该数据库。文章指出，该信息可能会为基于结构的药物设计和片段筛选工作提供信息，这些工作旨在为确定用于治疗COVID-19的特定抗病毒疗法打下基础。 4.附件： 原文链接： https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.03.10.986190v1.full.pdf
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