《为什么美国新冠感染率全球第一?这项新研究发现了“端倪”...》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2021-12-20
  • 发表在《PLOS Computational Biology》上的一项最新研究中,来自美国南加州大学领导的研究团队发现,在第一波新冠大流行期间感染新冠病毒原始毒株的人,以及几个月后感染由欧洲传播到美国的新冠病毒变异毒株的人,出现的症状顺序不同。研究人员表示,确定传染病症状发作的顺序将有助于在人群中早期区分有症状的感染,从而实现非药物干预并减少疾病的传播。

    在这项研究中,研究人员开发了一个数字模型,用于根据患者症状数据预测感染新冠肺炎有症状病例的症状出现次序。

    模型预测显示,在2020年5月感染新冠病毒原始毒株(D614G)的人出现的第一个症状是发烧,其次是咳嗽;而两个月后在美国感染D614G变体的人,很可能是以出现咳嗽为他们的第一个症状,其次是发烧、恶心/呕吐和腹泻。而已知在其他国家或地区的新冠肺炎患者中,发烧通常为第一个出现的症状。

    鉴于在第一波疫情暴发期间从欧洲迅速传播到美国占主导地位的是D614G变体,研究人员假设这种突变可能会影响症状出现的顺序。

    为了验证,他们又分析了日本暴发疫情时的患者数据。分析发现,随着在日本流行的新冠病毒原始毒株被D614G变体取代,患者出现症状的顺序也转变为了与美国一样的模式。这一发现验证了其他地理区域的类似结果,并支持D614G变体比新冠病毒原始毒株更早出现咳嗽的假设。

    研究人员表示,Google趋势分析支持这些发现,而天气、年龄和合并症不影响该模型对症状顺序的预测。

    这些结果表明,在病毒性传染病中,症状顺序会随病毒的突变而发生改变,同时提出了D614G变体更具传染性的可能性,因为感染者在导致身体虚弱的发烧出现之前更有可能在公共场所咳嗽。众所周知,新冠病毒最常见的传播途径是呼吸道飞沫,有症状的患者在咳嗽时往往会加剧这种传播,再加上有很多人不戴口罩,从而引发病毒快速传播。

    因此,这可能就是新冠病毒在美国快速传播的原因之一。截至目前,美国新冠肺炎累计确诊病例50513424例;累计死亡病例803651例。

    该研究第一作者、南加州大学融合科学研究所的博士后研究员Joseph Larsen说:“研究症状可能出现的顺序可以增加我们对疾病如何传播的理解,并进一步告知研究人员和医疗保健系统,感染者在未来可能经历的疾病症状。"

    然而,该研究并没有回答这样一个问题,即:在最初几波疫情中发现的症状顺序对目前的德尔塔或奥密克戎变异毒株导致的症状是否成立。

    另据美国全国广播公司财经频道(CNBC)报道,当地时间12月16日,美国纽约市市长比尔-白思豪的高级健康顾问Jay Varma博士在推特上说,随着假期前的病例数激增,纽约市的新冠病毒检测阳性率在短短三天内翻了一番。

    他写道:"我们以前从未在纽约市见过这种情况。”

    从12月9日到12月12日,纽约市的阳性检测率从3.9%飙升至7.8%。

    "这是奥密克戎变异毒株,它不像以前的任何变异株,它能同时逃避疫苗和病毒诱导的针对感染的免疫。"Varma补充说。

  • 原文来源:https://news.bioon.com/article/6794152.html
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    • 在一项新的研究中,来自加拿大、法国、俄罗斯、西班牙、美国和德国的研究人员重新分析了所有公开的RNA测序数据,发现了比以前已知的RNA病毒多出近10倍的病毒,包括在一些意想不到的地方发现的几种新的冠状病毒。这个全球规模的RNA病毒数据库可以帮助快速识别病毒外溢到人类,以及那些影响牲畜、作物和濒危物种的病毒。相关研究结果于2022年1月26日在线发表在Nature期刊上,论文标题为“Petabase-scale sequence alignment catalyses viral discovery”。论文通讯作者为加拿大独立研究员Artem Babaian博士。 Babaian博士是Serratus项目合作的幕后推手。Babaian说,与云创新中心(加拿大英属哥伦比亚大学和亚马逊网络服务之间的公共/私人合作)合作,Serratus项目能够在亚马逊网络服务上建立一台“极其强大”的超级计算机,其功率相当于22500个CPU。 这台超级计算机读取了来自世界各地570万个生物样本的2000万GB(gigabyte, 千兆字节)的公开基因序列数据,寻找表明存在RNA病毒的特定基因。这些样本已经收集了13年,并在世界研究界内自由分享,包括从冰芯样本到动物粪便的一切样本。 Serratus项目的研究人员发现了132000种RNA病毒(以前只知道15000种)和9种新的冠状病毒。Babaian估计,如果没有云创新中心和亚马逊网络服务,传统的超级计算机需要花费一年多的时间和几十万美元来完成这项分析所需的2000年的CPU时间。Serratus项目在11天内花费24000美元完成了这一任务。 Babaian说,“我们正在进入一个了解自然界中病毒的遗传和空间多样性的新时代,以及各种各样的动物如何与这些病毒接触。我们希望是如果像SARS-CoV-2---导致COVID-19的冠状病毒---之类的病毒再次出现,我们不会措手不及。这些病毒可以更容易地被识别,并且可以更快地找到它们的天然病毒库。真正的目标是这些感染被及早识别,以至于它们永远不会成为大流行病。如果一名病人出现不明原因的发烧,一旦对血液进行测序,你如今可以将人类中的未知病毒与现有病毒的更大数据库联系起来。例如,如果一名病人在圣路易斯市出现了来源不明的病毒感染,你如今可以在大约两分钟内通过这种数据库进行搜索,并将这种病毒与例如2012年在撒哈拉以南非洲取样的一只骆驼联系起来。” 32岁的Babaian之前一直在加拿大英属哥伦比亚省癌症研究中心进行癌症基因研究,当COVID-19大流行病发生时,他转换了研究方向。Babaian说,这项新的研究是作为一个“有趣的副业”开始的,始于2020年3月3日,当时他和他的登山伙伴朋友---英属哥伦比亚大学工程系学生Jeff Taylor---“在一张餐巾纸的背面”勾勒出了这个想法。他指出,“我应该保留那张餐巾纸。” Babaian不久后向英属哥伦比亚大学的云创新中心(Cloud Innovation Centre)寻求帮助。Serratus项目,以英属哥伦比亚省Tantalus山脉的Serratus山命名,他和Taylor在2020年的一次攀登中看到了这座山,于是发起了这个项目。 Babaian回忆说,当第一批研究结果开始在他的笔记本电脑上闪现时,他正坐在他妻子的护理椅上,这表明Serratus项目不仅在工作,而且以几乎难以理解的速度产生数据。 他说,“这可能是我生命中最激动人心的科学时期。有两种类型的乐趣。第一类是微笑和开玩笑。第二类是当你在做这件事的时候很痛苦,但记忆却很闪亮,就像攀岩。在许多方面,Serratus项目是第二类乐趣。你只需要相信它会成功。” Babaian说,如果没有英属哥伦比亚大学云创新中心的支持,他不可能完成这项研究。他说,“云创新中心确实在那里为我们打开了大门。我们有一个想法,他们从他们的网络中带来了专家,使其成为现实。如今,全球社会可以从所有这些以前未被利用的研究中受益。” 英属哥伦比亚大学云创新中心主任Marianne Schroeder说,“Babaian带着一个创新的愿景找到了我们。英属哥伦比亚大学云创新中心的力量在于,我们将英属哥伦比亚大学的内部创新和技术团队与亚马逊网络服务的团队配对。我们非常荣幸能够支持这一愿景的实现;协助为复杂问题找到技术解决方案是我们的工作。” 参考资料: Robert C. Edgar et al. Petabase-scale sequence alignment catalyses viral discovery. Nature, 2022, doi:10.1038/s41586-021-04332-2.
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    • 2020年9月19日讯/生物谷BIOON/---在一项新的研究中,来自美国匹兹堡大学医学院、北卡罗来纳大学教堂山分校、德克萨斯大学加尔维斯敦医学分部、加拿大英属哥伦比亚大学和萨斯喀彻温大学的研究人员分析了迄今为止最小的可以完全地和特异性地中和SARS-CoV-2冠状病毒的抗体分子。这种比全尺寸抗体小10倍的微小抗体分子已被用于构建一种称为Ab8的药物,有潜力用于治疗和预防SARS-CoV-2感染。相关研究结果近期发表在Cell期刊上,论文标题为“High Potency of a Bivalent Human VH Domain in SARS-CoV-2 Animal Models”。 这些研究人员报道,Ab8对预防和治疗小鼠和仓鼠的SARS-CoV-2感染非常有效。它的微小尺寸不仅增加了它在组织中扩散的潜力,以便更好地中和这种冠状病毒,而且还使得通过吸入等替代途径给药成为可能。重要的是,它不会与人体细胞结合---这是一个好的迹象,说明它不会对人产生副作用。 论文共同作者、匹兹堡大学医学院传染病科主任John Mellors博士说,“Ab8不仅具有治疗COVID-19的潜力,而且还可能用于防止人们感染SARS-CoV-2。更大尺寸的抗体已经可有效抵抗其他的传染病,而且耐受性良好,这让我们看到希望,Ab8可能有效地治疗COVID-19患者,并且也有可能保护那些从未感染过且没有免疫力的人。” 这种微小的抗体分子是免疫球蛋白的可变重链(VH)结构域,其中免疫球蛋白是血液中发现的体。它是以SARS-CoV-2刺突蛋白为诱饵,在1000多亿个潜在候选抗体分子文库中“钓鱼”发现的。Ab8是在VH结构域与免疫球蛋白尾部的部分区域融合在一起后产生的,这可以增加了全尺寸抗体的免疫功能,却没有增加体积。 作为一家新成立的受到匹兹堡大学医学院支持的公司,Abound Bio公司已经授权Ab8在全球范围内进行开发。 论文共同通讯作者、匹兹堡大学医学院抗体治疗中心主任Dimiter Dimitrov博士是2003年最早发现原始SARS冠状病毒(SARS-CoV)中和抗体的人之一。在随后的几年里,他的团队发现了针对许多其他传染病的强效抗体,包括由MERS-CoV、登革热病毒、亨德拉病毒和尼帕病毒引起的抗体。针对亨德拉病毒和尼帕病毒的抗体已经在人体中进行了评估,并被批准在澳大利亚在同情的基础上进行临床使用。 临床试验正在测试恢复期血浆--其中含有来自已患上COVID-19的人的抗体--作为那些与这种病毒感染作斗争的人的治疗方法,但对于那些可能需要它的人来说,没有足够的血浆,而且它没有被证明是有效的。 这就是为什么Dimitrov和他的团队着手分离编码一种或多种阻断SARS-CoV-2病毒的抗体的基因,这将允许大规模生产。今年2月,论文共同通讯作者、匹兹堡大学医学院抗体治疗中心助理主任Wei Li博士开始筛选利用人类血液样本制作的大型抗体组分文库,并在创纪录的时间内找到了包括Ab8在内的多种治疗性抗体候选物。 随后,匹兹堡大学医学院生物防御与新兴疾病中心和加尔维斯顿国家实验室的一个研究团队在Chien-Te Kent Tseng博士的带领下,利用SARS-CoV-2活病毒对Ab8进行了测试。在很低的浓度下,Ab8完全阻止了这种病毒进入细胞。有了这些结果,Ralph Baric博士和他的北卡罗来纳大学教堂山分校同事们利用SARS-CoV-2的修饰版本在小鼠身上测试了不同浓度的Ab8。相比于未经治疗的对照小鼠,即使在最低剂量下,Ab8也将经过它治疗的小鼠体内的传染性病毒载量降低了10倍。萨斯喀彻温大学的Darryl Falzarano博士及其同事们通过评估发现Ab8在治疗和预防仓鼠感染SARS-CoV-2方面也很有效。Sriram Subramaniam博士和他在英属哥伦比亚大学的同事们通过使用复杂的电子显微镜技术发现了Ab8如此有效地中和这种病毒的独特方式。 Mellors说,“COVID-19大流行是人类面临的一项全球性挑战,但是生物医学科学和人类的聪明才智有可能战胜它。我们希望我们发现的抗体将能够为这一胜利做出贡献。”(生物谷 Bioon.com) 参考资料: 1.Wei Li et al. High potency of a bivalent human VH domain in SARS-CoV-2 animal models. Cell, 2020, doi:10.1016/j.cell.2020.09.007. 2.Tiny antibody component highly effective against SARS-COV-2 in animal studies https://medicalxpress.com/news/2020-09-tiny-antibody-component-highly-effective.html