《miRNA在大肠癌中表达的综合知识库》

  • 来源专题:外来生物入侵
  • 编译者: 刘小燕
  • 发布时间:2019-12-29
  • “ miRNA大肠癌”(https://mirna-coadread.omics.si/)是一个免费的web应用程序,用于研究microRNA和mRNA的表达及其在大肠癌中的相关性。据我们所知,“ miRNA大肠癌”基于来自相同数据源的最大可用样本量,拥有大肠癌中miRNA靶基因表达和相关性的最大知识库。分析了来自The Cancer Genome Atlas的295例结肠和直肠腺癌样品的高通量分子分析数据,并将其整合到我们的知识库中。开发此web应用程序的目的是帮助研究人员发现miRNA-靶基因相互作用在结肠直肠癌中的行为和作用。为此,可以通过网络表格获得在我们的知识库中收集的miRNA和mRNA数据的差异表达和相关性分析结果。为了通过实验验证我们的知识库,我们选择了基因FN1、TGFB2、RND3、ZEB1和ZEB2以及miRNA hsa-miR-200a/b/c-3p,hsa-miR-141-3p和hsa-miR-429。两种方法都揭示了miRNA hsa-miR-200b/c-3p与目标基因FN1之间以及hsa-miR-200a-3p与目标TGFB2之间负相关,从而支持了已开发知识库的有用性。

相关报告
  • 《通过单细胞转录组分析健康成年人和大肠癌患者结肠组织中ACE2的表达》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2020-02-28
    • medRxiv于2月23日出版了上海交通大学医学院附属仁济医院等发表的预印本论文“Profiling ACE2 expression in colon tissue of healthy adults and colorectal cancer patients by single-cell transcriptome analysis”。 文章指出,找出2019新型冠状病毒(2019-nCoV)如何在人体器官中传播非常重要。除了发烧和呼吸系统并发症外,在一些2019-nCoV的患者中观察到胃肠道症状,但其意义仍未确定。据报道,细胞受体血管紧张素转化酶2(ACE2)既是SARS-CoV的主要受体,同时也是2019-nCoV的细胞进入受体。 为了更精确地探索2019-nCoV感染后病原体在胃肠道中的潜在传播途径,该项研究分析该项研究队列和其他数据库中健康成年人和大肠癌患者结肠组织中ACE2 RNA的表达谱。 研究数据表明,ACE2主要在结肠的上皮细胞中表达。在该项研究队列和亚洲外部数据集中ACE2的表达从健康对照,腺瘤到结直肠癌患者中逐渐增加。根据ACE2在结肠上皮细胞中的表达情况,研究团队推测腺瘤和结直肠癌患者比健康人更容易感染2019-nCoV。作者认为,该研究数据可在临床应用中为未来2019-nCoV易感性人群的分类和管理提供理论依据。 *注,本文为预印本论文手稿,是未经同行评审的初步报告,其观点仅供科研同行交流,并不是结论性内容,请使用者谨慎使用。
  • 《首张人脑综合基因表达地图提出新的见解》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:huangcui
    • 发布时间:2017-12-11
    • 有史以来人们对这一神秘器官一直充满好奇:它能生产浪漫的爱情诗歌,也能生产严谨的科学公式。由最初小小的胚胎和一点干细胞出发,成熟的大脑从何而来? 根据今天发表的《Science》,加州大学旧金山研究所三名年轻学者Tomasz Nowakowski、Alex Pollen、Aparna Bhaduri和他们的博后导师脑发育研究专家Arnold Kriegstein等人,向前迈出了关键的一步。 他们绘制的人脑综合基因表达地图,为解答特定细胞和基因网络如何铸造最复杂的人体器官提供了新的见解。 “用真实的人体组织研究大脑发育问题非常重要,我们今天发表的许多数据都是小鼠研究中无法察觉的信息,”UCSF再生医学和干细胞研究中心主任、神经学教授Kriegstein说。 2014年,Pollen和Nowakowski等人以及Fluidigm公司在《Nature Biotechnology》上发表了用于分析人脑组织单个细胞中DNA活性独立模式的关键技术:利用一个特殊的“微流体”设备,捕获单个细胞,然后将其导入纳升级别的小室中。这些小室可以精确地控制DNA测序所需的各步扩增反应,可同时用于96个细胞的独立分析。这种捕获和为信使RNA测序准备细胞的新系统,可产生更准确的序列数据。了解Fluidigm的C1单细胞自动制备系统的更多信息。 利用这种技术,该团队去年还发表了一篇《Cell Stem Cell》证明一类表达AXL的新型神经干细胞是寨卡病毒能够导致破坏性头小畸型病例的重要线索。 之后,Pollen和Nowakowski开始与具有统计和生物信息学背景的Bhaduri合作,研究特定神经元和干细胞的大脑发育,以及它们如何导致正常或病态大脑成长。为此他们构建了一个全面的、开源的、跨脑区的大脑基因表达地图,希望为其他科学家们提供线索资源。 “鉴定与神经和精神类疾病风险有关的遗传变异虽然很重要,但是即便了解哪些基因突变可能导致疾病也无法准确地得知究竟脑内哪种细胞类型发育出现了问题,”Pollen补充道。“作为一个桥梁,唯有一张整体的人脑细胞地图可以帮助我们确认这些信息。” 研究人员分析了关键发育时间点上不同大脑区域的单细胞基因表达,随后用统计算法聚类基因表达模式不同的细胞。 通过这一数据集,研究人员识别到了神经干细胞之间前所未知的基因表达差异,这种差异导致了脑深层结构和皮层表面不同构造形成。让人吃惊的是,不同神经细胞类型的分子指纹的生成时间远远早于脑发育,换句话说,在大脑发育的极早期,脑细胞就已经显现出了分子差异,这刷新了人们对脑细胞分化和发育的一般认识。 最令团队感到兴奋的结果是,他们观察到一种名为外-放射状胶质细胞(outer-radial glia,oRGs)的神经干细胞与自闭症之间存在某种联系。在新研究中,他们发现在人脑发育的第二阶段,oRGs细胞表达mTOP信号通路相关基因。此前有研究证明,mTOR信号通路缺陷与自闭症和其他几种精神疾病关系密切。新发现证明,这类mTOR-表达oRGs细胞在神经和精神疾病起源中可能扮演重要角色。 另一个同样激动人心的新发现是,大脑发育过程中瞬时基因表达事件在不同区域的脑皮层的神经元命运之间具有广泛差异,这否定了一个已经存在很多年的观点:大脑皮层是由几乎相同的“皮层柱(cortical columns)”组成的。相反,新数据表明,在发育过程中,不同部位的神经元表达不同遗传程序(即横切面表达差异),但是处于不同皮质层的相邻神经元的基因表达模式基本相似(即纵切面表达类似)。 与以往的脑细胞类型鉴定不同,这项研究在基因表达层面实现了一次大规模的细胞类型鉴定。Kriegstein课题组也在最近获得了NIH BRAIN倡议(BRAIN Initiative)提供的500万美元经费支持。为了更好地将该数据资源共享给全世界的科研工作者,他们正在与加州大学圣塔克鲁兹分校合作构建一款交互式数据浏览器。