手足口病（HFMD）是全球，尤其是亚太地区的一种公共卫生威胁。肠道病毒 A71（EV-A71）、柯萨奇病毒 A16（CVA16）和 CVA6 是导致包括泰国在内的多个国家爆发手足口病的主要病原体。检索了 2000 年至 2022 年期间存入数据库的 385 个 VP1 核苷酸序列，其中包括 228 个 EV-A71、33 个 CVA16 和 124 个 CVA6，并使用贝叶斯系统发生法进行了分子进化鉴定。鉴定出的所有 EV-A71 均属于基因型 B、亚基因型 B4 和 B5，以及基因型 C、亚基因型 C1、C2、C4a、C4b 和 C5。分析表明，在过去二十年中，这些病毒共同流行，亚基因型也发生了变化。CVA16 被归入基因型 B1（主要是亚基因型 B1a），CVA6 被归入亚基因型 D3（1-4 支系）。EV-A71 基因型 B 和 C、CVA16 基因型 B1 和 CVA6 基因型 D3 的 tMRCA 分别为 1993.79、1982.62、1995.86 和 2007.31，这表明这些病毒很可能在手足口病病例被发现之前就已传入泰国并在泰国秘密流行。研究证实这些病毒在二十年观察期间的波动和周期性模式。这项研究深入揭示了分子流行病学的进化动态，为当前基因型匹配疫苗的选择、疫苗开发和实施提供了支持。
