《我国首个原创型基因治疗载体问世》

  • 来源专题:微藻光驱固碳合成生物燃料产品的关键技术研究
  • 编译者: 王阳
  • 发布时间:2021-01-08
  • 1月5日,上海交通大学系统生物医学研究院的蔡宇伽团队在《自然-生物医学工程》(Nature Biomedical Engineering)杂志上发表了一篇题为:Lentiviral delivery of co-packaged Cas9 mRNA and a Vegfa-targeting guide RNA prevents wet age-related macular degeneration in mice的研究论文,发明了一种介于病毒载体与非病毒载体之间的类病毒体(virus-like particle, VLP)递送技术。VLP可以递送CRISPR/Cas9 mRNA, 实现安全和高效的体内基因编辑。

    值得一提的是,该技术是我国首个完全自主开发的原创型基因治疗载体,体现了我国在基因治疗领域的科技进步。

    自最早的基因编辑工具问世至今,基因编辑技术已经有近30年的历史了。特别是2012年以来,随着CRISPR的横空出世,基因编辑技术日渐趋于成熟。然而遗憾的是,相对于基因编辑工具本身的快速进化,其递送技术的发展极其缓慢和困难。而递送之于基因编辑治疗的重要性如同火箭之于登月。由于递送技术的滞后发展,体内基因编辑治疗的临床应用困难重重,整个领域都在期待递送技术的突破。

    诺奖得主Jennifer Doudna在2020年初给Nature杂志撰写的综述中,系统论述了基因编辑治疗的前景和挑战。在展望CRISPR美好应用前景的同时,这位今年的诺奖得主发出了‘递送可能仍然是基因编辑体细胞治疗的最大瓶颈’的感叹(Delivery remains perhaps the biggest bottleneck to somatic-cell genome editing)。

    近几年来,基因编辑工具本身的发展令人眼花缭乱,各种Cas9变体、碱基编辑工具及其变体、Prime Editor等,层出不穷。但是,这些工具的临床应用必须回归到递送,而迄今为止可选的递送工具还是有几十年历史的‘老三件’:AAV、慢病毒以及纳米材料。尽管这些递送载体广泛用于基础研究,但它们却不适合直接用于临床。基因编辑的临床应用有着安全性和有效性的双重标准。一方面,病毒载体由于长时间的表达基因编辑酶,会带来安全性上的不确定性;另一方面,纳米材料则面临效率上的挑战。

    2020年上半年,张峰作为创始人的著名基因编辑治疗科技型企业Editas实施了首例人体基因编辑治疗的临床研究(Nature Biotechnology volume 38, page382(2020))。但由于该研究使用AAV作为载体,CRISPR将长期与患者共存,具有一定的风险。理想的基因编辑递送工具需要兼具瞬时和高效的特点,以确保治疗的安全性和有效性。

    蔡宇伽教授说:“实现基因编辑酶在体内的瞬时递送是我们基因治疗科学家的终极梦想。有了这样的载体,我们可以最大限度地提高基因编辑治疗的安全性,也意味着基因编辑体内治疗离临床应用无限接近。然而,实现这个梦想并不容易,也几乎没有人相信可以成功。我从博士生时代开始尝试, 到现在成为博士生的导师,经过10年的不断地探索与积累,直到最近才取得了核心突破。”

    慢病毒载体可以高效感染几乎所有的细胞,而非病毒成分mRNA具有瞬时性的特点。蔡宇伽团队利用mRNA茎环结构与噬菌体衣壳蛋白特异识别的原理,通过病毒工程技术,将两者的优点完美的结合起来,创造了新型递送技术VLP-mRNA。通过VLP-mRNA递送Cas9 mRNA, Cas9的存在时间只有72小时。研究发现,与长时间表达Cas9的病毒系统相比,VLP mRNA可以显著降低、甚至完全避免脱靶效应。另外,VLP mRNA可以递送整个CRISPR元件(Cas9与gRNA),克服了AAV载体运载能力小的限制,甚至可以递送更大的碱基编辑工具。

    蔡宇伽团队研究人员还将VLP-mRNA技术用于眼科疾病的治疗。老年性黄斑变性(AMD)是一种退行性眼底疾病。患者表现为中心视力下降、视物变形、周边部或中心视野出现暗点,对老年人的生活质量造成极大的影响。据统计,西方发达国家中 70 岁 以上的老年人罹患 AMD 者超过 40%。随着我国老年人口日渐增多,黄斑变性的发病率也越来越高。另外,糖尿病患者也可能罹糖尿病相关黄斑变性,总体发病率在10%左右。目前,黄斑变性的治疗方法是VEGF单克隆抗体。然而,抗体需要反复给药;另外,抗体外溢可导致严重的并发症。

     

    研究团队利用激光诱导的小鼠黄斑变性模型,通过视网膜下腔注射的方式,发现CRISPR特异性的分布在视网膜色素上皮细胞(RPE),而RPE 细胞是眼内VEGF的主要来源。VLP递送CRISPR实现了高达44%的vegfa基因敲除,降低了63%的新生血管面积。第二代测序表明VLP-mRNA未诱导出脱靶效应。

    对于此前报道的AAV递送CRISPR引起的大片段缺失,研究团队通过第三代测序,仅能发现勉强高于背景的信号。值得一提的是,VLP mRNA无论在体外还是在眼内,均未引起免疫反应。这些实验结果有力支持了CRISPR在黄斑变性基因治疗上的临床应用潜力。

    总的来说,VLP-mRNA是一种通用型的、瞬时性的CRISPR递送工具,兼具高效和安全的优点。该技术无疑将帮助CRISPR体内基因编辑治疗时代的真正来临,为无药可治或有药难治的遗传性、获得性以及感染性疾病的患者带来新的希望。

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    • 长期以来,腺相关病毒载体(AAV)由于具有长期潜伏于人体而不表现出任何明显致病性的优点被公认是目前最理想的基因治疗基因载体。然而,近年来不断有声音提醒,这一看似安全的疗法或许存在着致命的风险。 当地时间12月22日,《Science》发布了一篇题为“Liver tumor in gene therapy recipient raises concerns about virus widely used in treatment”的文章再次印证了这一观点。报道称,荷兰生物制药公司uniQure的一项针对B型血友病的基因疗法被美国FDA叫停,起因是接受治疗后该患者患上了肝细胞癌。 doi:10.1126 / science.abg2917 处于舆论中心的是一种基于AAV5病毒载体的基因疗法,该疗法此前曾被FDA授予突破性疗法称号以及EMA授予优先药品(PRIME)称号。从此前的临床数据来看,这一疗法疗效颇佳。 2019年uniQure公司曾在第27届国际血栓和止血学会(ISTH)上分享了该疗法的2期临床数据,显示三名患者在治疗36周后FIX活性高达正常值的54%,平均值为正常值的45%。 此次遭到搁置的3期临床实验涉及54名患者。在刚刚过去的第62届美国血液病学会年会上,uniQure公司分享了初期实验数据,显示在给药26周后,患者FIX水平从≤2%提高至37.2%,达到试验主要终点,接受一次性基因治疗6个月后,重症患者似乎已经转变为功能性治愈状态。 根据此次uniQure发表的声明,有理由相信可能是患者体内的潜在疾病使他患上癌症。据介绍,这位肝癌患者25年前曾经感染了乙肝病毒和丙肝病毒,而这些病毒的慢性感染与80%的肝细胞癌有关。尽管如此,但是更重要的问题是要确定AAV基因治疗是否与此次事件有关,或者说促进了患者肝癌的发生。 2020年11月,《Nature Biotechnology》发表了一篇题为A long-term study of AAV gene therapy in dogs with hemophilia A identifies clonal expansions of transduced liver cells 的研究论文。文章提到,在对9只A 型血友病犬进行AAV 基因治疗10年后,竟然发现 AAV 病毒携带的治疗性基因片段有些被整合到了狗的染色体上控制生长的基因附近,显示有诱发癌症的可能性。   https://www.nature.com/articles/s41587-020-0741-7 在此之前,AAV血液病基因疗法已经显示出可能存在肝受损风险。2001年,费城儿童医院开展的AAV2(载有FIX基因)的临床试验中就报道出了肝脏受损情况,其他类型AAV载体的临床试验中也同样也出现了这种情况。 加拿大女王大学的血友病研究者David Lillicrap说:“尽管这名肝癌患者接受治疗的时间较短,将患癌症原因归咎于AAV基因治疗似乎不太合理,但是如果患者体内已经产生了一个缓慢生长的肝脏肿块,那么AAV可能会以一种能够刺激癌细胞更快生长的方式插入到他的肝细胞的DNA中。” 这或许也是uniQure这项研究的不足之处,并没有将既往HCV和HIV感染者排除在外。目前该公司正在与FDA展开合作,对这一事件背后的起因展开调查,预计2021年初将获得调查结果。
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    • 引言 基因治疗为传统疗法无效的疾病提供了可选择的治疗方案。自2016年以来,欧洲药品管理局(European Medicines Agency,EMA)和美国食品药品监督管理局(Food and Drug Administration,FDA)批准了总共6种基因治疗产品:2种用于治疗B细胞癌的嵌合抗原受体T细胞产品和4种用于治疗严重单基因疾病的产品。此外,目前有800多种细胞和基因治疗项目正在临床开发中。该文章对基因治疗领域目前的研究及发展状况做出了概述。 基本原理 对遗传病采取基因治疗有两种基本策略:一种是将整合载体导入前体细胞或干细胞内,从而使基因可以传给每个子细胞;另一种则是通过非整合载体将基因递送到长期存活的有丝分裂后细胞或缓慢分裂的细胞内,从而确保该基因在细胞存活期间持续表达。转移的DNA在染色体外达到稳定。第一种情况下,干细胞转导通常为离体操作,并且需要整合载体;第二种情况则通常是通过体内基因递送的方式实现。 在获得基因治疗的临床经验之前,研究者们就已确定了其理论上的潜在风险。临床数据对这些风险进行了修正和排序,目前已经明确,整合载体(例如逆转录病毒载体)的主要风险为插入诱变风险,即载体插入细胞DNA可能会破坏该DNA的功能元件。对于体内给药的载体,主要风险来自对载体的免疫应答。插入诱变风险目前已通过制造更安全的载体来降低或规避,免疫应答风险目前已通过辅助性免疫调节药物来降低。 体内基因治疗 目前,科学家已经利用一系列基因递送载体对单基因疾病进行了体内基因转移研究,大多数研究主要应用AAV载体。重组AAV载体是利用一种非致病性无包膜细小病毒构建而成,大部分AAV载体DNA在细胞内以稳定附加体的形式持续存在,因而AAV载体发生插入诱变的风险低。 alipogene tiparvovec(Glybera,uniQure)是首个商业化AAV载体产品,也是针对遗传病的首种基因治疗。该药物的获批标志着AAV产品可达到监管要求,因此人们对其他AAV载体产品的开发兴趣也得以提升。目前体内基因治疗的主要应用如下: (1)视力衰退。美国FDA和EMA均批准了一种AAV载体产品voretigene neparvovec-rzyl(Luxturna,Spark Therapeutics),用于治疗由RPE65突变引起的一种罕见的、常染色体隐性遗传的失明。如果不接受治疗,大多数患者的病情最终会发展到完全失明。voretigene neparvovec-rzyl的获批推动人们采用类似方法治疗其他先天性失明,针对各种遗传性视网膜营养不良的试验目前正在进行中。 (2)血友病。以肝脏或其他器官为目标对AAV载体进行的全身性血管内给药已经在数种重度遗传病中获得了正面的临床结局。应用AAV载体介导的基因转移治疗血友病的3期试验目前正在进行中,文章认为目前研究中的安全性数据令人鼓舞。 (3)脊髓性肌萎缩。AAV全身性给药的另一个成功应用是治疗脊髓性肌萎缩。2017年,研究者报告了15名1~8月龄婴儿单次静脉注射表达SMN1的AAV9载体后获得的结果,2019年,该治疗获得美国FDA批准。将试验扩大到100多名婴儿和儿童之后虽证实了前期研究的结果,但出现了两例死亡病例,一例与其基础疾病的发展相关,另外一例仍在等待尸检结果。 离体基因治疗 2016年,采用造血干细胞和祖细胞(HSPC)进行的离体基因治疗达到了一个里程碑,当时EMA批准了Strimvelis(Orchard Therapeutics)用于治疗腺苷脱氨酶(ADA)缺陷型重度联合免疫缺陷(SCID)。具体方法是采用γ-逆转录病毒载体插入ADA基因的功能性拷贝,然后将经过上述基因修饰的自体HSPC输入患者体内。这次试验虽取得了成功,但为实现长期治疗获益,必须为经基因修饰的自体干细胞打开骨髓微环境并创造空间,然而清髓所需的化疗具有毒性,会增加继发性肿瘤或骨髓衰竭的发生风险,目前基于抗体的预处理方案等替代策略仍在研究中。 离体基因治疗的另一个研究方向是地中海贫血和镰状细胞贫血的治疗。EMA有条件地批准了Zynteglo用于治疗12岁及以上,且不属于β0/β0基因型的输血依赖型β-地中海贫血患者。靶向不同基因、利用不同载体治疗镰状细胞性贫血的4项基因治疗试验正在进行中。 领域未来发展 所有细胞和基因治疗都面临了一个挑战:这些高价值疗法的“一次性”与针对长期用药所设计出的报销制度之间存在矛盾。基因治疗的进展为之前无药可医的多类疾病带来了新的治疗方法,但医疗系统不会获得直接的费用补偿。因此,文章认为未来必须解决基因疗法的付费问题。 此外,对于应用AAV载体进行的体内基因治疗,文章认为未来10年的努力将集中于阐明和管理人体对载体的免疫应答,并继续改进AAV载体的设计和开发,从而提高靶向能力并采用较小剂量达到体内疗效。 对于离体基因治疗,文章认为未来的目标包括改进慢病毒载体的设计、进一步提高其安全性,以及开发毒性较低且有助于基因矫正干细胞稳定植入的预处理方案,从而减少并发症。 基因治疗的进展为许多迄今无法治愈的疾病带来了令人兴奋的新治疗机会。然而,要克服这类新型药物带来的挑战并实现其全部治疗潜力,文章认为仍需要强有力且持续的努力。