《Nat Commun:揭示甲型流感病毒的致命弱点》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2023-03-02
  • 流感病毒对药物的抵抗力正变得越来越强。为此,人类需要新的活性成分。在一项新的研究中,来自德国明斯特大学的研究人员提供了这方面的重要发现:为了使病毒增殖,甲型流感病毒(IAV)的聚合酶必须通过宿主细胞中的酶进行多次泛素化修饰。他们能够构建一个全面的泛素化修饰图谱。针对这些酶的药物将对这种病毒的快速变异具有较强的适应性,从而为未来提供巨大的潜力。相关研究结果于2023年2月11日发表在Nature Communications期刊上,论文标题为“The ubiquitination landscape of the influenza A virus polymerase”。

    每年的流感季节都会给医院带来挑战。尽管已经接种了疫苗,但老年人和有健康问题的病人遭受严重流感袭击的风险更大。流感病毒的阴险之处在于其迅速变异的能力,这使得它们对药物的抵抗力越来越强。因此,迫切需要新的活性成分,以便能够在未来继续为这种疾病提供有效的治疗。

    在这项新的研究中,这些作者在这个方向上迈出了重要的一步,他们提供了对甲型流感病毒的聚合酶(换句话说,负责产生病毒基因组拷贝的决定性酶)进行59种特殊修饰的证据。该研究中所描述的修饰的特别之处在于,它们是由宿主细胞中的蛋白实施的,而且与病毒蛋白相比,它们不能迅速变异。因此,它们代表了一种开发新药的有希望的方法。

    甲型流感病毒聚合酶(IAV聚合酶)是一种高度复杂的蛋白,它有不止一种功能。其中之一是在结构改变后,它还可以制造病毒基因组的拷贝(cRNA和vRNA)。如果没有这种功能的“切换”,这种病毒就无法增殖。

    正如论文通讯作者、Linda Brunotte博士和论文第一作者、Franziska Günl博士及其同事团队如今发现的那样,IAV聚合酶需要来自宿主细胞的蛋白来充当“分子开关”并执行其不同的功能。这些宿主蛋白让所谓的泛素蛋白停靠在IAV聚合酶的特定位置上,并因此触发这种功能切换的信号。

    Brunotte博士解释说,“我们能够构建一个图谱,显示IAV聚合酶上的59个位点,泛素通过宿主细胞蛋白附着在这些位点上。这些全新的发现揭示了甲型流感病毒的致命弱点。”

    在17个位点上,这种泛素化对IAV聚合酶的活性有明确的影响。此外,这些作者还发现了一个特定的位点,对它的泛素化修饰代表了IAV聚合酶中相关功能切换的信号。因此, Günl博士如今正展望未来:“在我们构建的泛素化图谱的基础上,如今可以进一步研究哪些酶专门负责IAV聚合酶的修饰。针对这些酶的药物将对流感病毒的突变具有抵抗性,从而显示出未来治疗的巨大潜力。”

    参考资料:

    Franziska Günl al. The ubiquitination landscape of the influenza A virus polymerase. Nature Communications, 2023, doi:10.1038/s41467-023-36389-0.

  • 原文来源:https://news.bioon.com/article/2de3e6135992.html
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    • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
    • 编译者:hujm
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    • 在一项新的研究中,来自加拿大英属哥伦比亚大学和美国康奈尔大学的研究人员发现致命性的尼帕病毒(Nipah virus)和其他的类似病毒以一种更加随意的方式进行自我组装。这一发现可能允许科学家们开发出更有效的疫苗和排除很多抵抗这些病毒的方法。相关研究结果近期发表在Nature Communications期刊上,论文标题为“A stochastic assembly model for Nipah virus revealed by super-resolution microscopy”。论文通信作者为英属哥伦比亚大学化学教授Keng Chou。 这些研究人员利用英属哥伦比亚大学开发出的一种超分辨率显微镜观察这些病毒是否真正地按照科学家们猜测的方式进行组装。 Chou说,“我们研究了数百张图片,而且我们不能够找到任何支持当前组装模型的图片。 对其中的一些致命性病毒而言,它们的复制过程实际上并没有人们想象的那么复杂。” 尼帕病毒是一种“包膜”病毒,它从被感染的宿主细胞中获得外层包装,就像导致流感、狂犬病、麻疹和艾滋病的病毒一样。在人类和动物中,尼帕病毒能够导致严重疾病和致命性的脑肿胀。东南亚每年爆发的疫情导致40%~90%的尼帕病毒感染者死亡。2018年,在印度的19名尼帕病毒感染者中,仅两人存活下来。 尼帕病毒有三种结构蛋白:一种提供结构支持的基质蛋白,以及两种能够让这种病毒与宿主细胞结合并融合在一起的包膜蛋白。科学家们认为,基质蛋白“招募”包膜蛋白,发出某种信号,这样它们就能够在细胞膜上连接在一起,从而成为一种功能性的病毒。人们试图找出这一信号,以便希望找到破坏这个过程的方法。 然而,Chou和他的团队观察到包膜蛋白倾向于随机地散布在细胞膜上。他们如今相信当这些蛋白被整合到病毒中时,它们是随意地被获取的。这会比之前设想的更快地产生病毒颗粒,但是许多基质蛋白根本不会获取这些包膜蛋白,因而就不会成为功能性的病毒。 这一观察结果对疫苗接种(不仅是抵抗尼帕病毒,而且还潜在地抵抗流感病毒、HIV和其他的包膜病毒)产生影响。疫苗通过让人接触少量经过修饰的病毒或病毒蛋白来起作用。当前,还没有批准用于人体使用的尼帕病毒疫苗。正在开发的潜在策略之一是使用病毒样颗粒来刺激免疫反应,其中病毒样颗粒是模拟病毒的基于蛋白的结构。 论文第一作者、英属哥伦比亚大学化学系博士后研究员Qian Liu说,“如果一种疫苗含有大量的仅拥有基质蛋白但不拥有包膜蛋白的病毒样颗粒,那么它就不会对辅助病毒入侵宿主细胞所必不可少的蛋白产生强烈的免疫反应。如果我们找到一种方法从这种混合物中排除这些非功能性颗粒,那么疫苗就可能变得更加有效。”
  • 《Nat Biotechnol:利用基于CRISPR的方法揭示人类巨细胞病毒的致命弱点》

    • 来源专题:生物安全知识资源中心—领域情报网
    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2021-11-22
    • 许多人---大约一半的成年人---都感染了一种叫做人类巨细胞病毒(HCMV的疱疹病毒。尽管大多数情况下没有症状,但该病毒对免疫力低下的人和未出生的婴儿来说是危险的。由于HCMV如此广泛存在,婴儿在子宫内被感染的几率大约是200分之一,而这种感染可能导致婴儿的大脑、肺部和生长出现问题。 在一项新的研究中,美国怀特黑德生物医学研究所成员Jonathan Weissman及其团队将前沿的CRISPR和单细胞测序技术用于这种病毒,迄今为止最详细地描述病毒和人类基因如何相互作用以形成HCMV感染,并揭示了通过操纵病毒和宿主基因有可能破坏这种病毒感染进展的新方法。相关研究结果近期发表在Nature Biotechnology期刊上,论文标题为“Functional single-cell genomics of human cytomegalovirus infection”。 这篇论文可能为未来的宿主-病原体相互作用的研究提供一个重要的路线图,并为抗病毒药物设计提供参考。在这个项目过程中,这些作者列出了一份病毒和宿主基因的清单,这些基因要么是HCMV复制所必需的,要么可能被操纵以赋予宿主细胞一些免疫力。论文第一作者、Weissman实验室前博士后研究员Marco Hein说,“如今我们就有了一个潜在的靶标清单,人们现在可以去开发靶向这些靶标的药物。” 看清双方 数百万年的进化在病毒和宿主之间形成了一个复杂的相互作用网络。例如,病毒有自己的一套基因,但它们也依赖于一些称为宿主因子的人类基因。劫持这些宿主因子使病毒能够入侵身体中的细胞并复制它们自己的遗传物质。 Hein试图更彻底地了解在整个感染过程中产生的宿主-病毒相互作用的网络。Hein说,“[我们想知道]当我们[敲除或削弱]这些关键因子时,实际上会发生什么。我们能防止感染吗?如果是这样,从病毒的角度看,什么地方'出错'了?” 他们选择HCMV作为测试对象是因为,首先,该病毒像人类一样有双链DNA基因组。这意味着通过剪断DNA来发挥作用的CRISPR技术理论上可以对病毒和宿主都有效。Weissman,“由于HCMV是一种重要的人类病原体,而且它是一种如此复杂和错综复杂的病毒,我们认为我们将有机会真正发现新的东西。” 一系列筛选 这些作者首先利用一种叫做CRISPR筛选的分子技术,确定病毒或宿主基因组的任何区域是否对被感染的宿主细胞的命运有特别的影响。通过系统地敲除大量病毒和宿主细胞中的单个基因,他们可以评估每个基因对HCMV感染的重要性。 2016年,随着可获得的大规模单细胞测序技术的发展,该项目有了一个新的维度。Hein说,“我们有这个想法,把CRISPR筛选和单细胞测序以及[一种叫做PerturbSeq的筛选方法]组合在一起。基本上,你扰乱一个细胞群体中的基因,然后你读出这些细胞发生了什么,不仅仅是通过测量存活率,而且还通过实际观察这些细胞中基因表达的模式。” 结合这些方法产生了一组巨大的数据,这为这些作者提供了一个更清晰的观点,即哪些基因是重要的,在什么时候重要。Weissman说,“单细胞测序让我们以更高的精度观察病毒生命周期的各个步骤,然后这种扰动让我们了解宿主和病毒因子如何让病毒操纵宿主并完成其生命周期。” 由此产生的数据显示,HCMV的典型轨迹--从最初的病毒基因表达,到完整的病毒基因组的复制,再到最后一步通过出芽形成新的病毒颗粒---如何可能通过改变特定的病毒基因而使之偏离正常轨迹。这还让这些作者了解到这种病毒在哪些阶段依赖哪些宿主基因来实现“成功”感染。 Hein说,“这种感染的过程是预先重编程到病毒基因组的。如果你想干扰这种感染的过程,你可以通过靶向病毒因子来做到这一点,或者你可以通过靶向宿主因子来间接做到这一点。结果在概念上是不同的。如果你靶向病毒因子,你就会破坏这种病毒通常会遵循的感染程序。如果你靶向宿主因子,这种感染程序本身是不变的,但你改变了这种病毒执行这种感染程序的程度。” 这些发现将成为开发可作为抗病毒“鸡尾酒”一部分的药物的有用工具。由于病毒和其他病原体发生突变和适应不断变化的条件,抗病毒治疗的一个共同点是将几种靶向不同病毒靶标的药物结合起来。这确保了尽可能彻底地根除病毒,减少了一些病毒存活并产生新的抗药性群体的几率。 虽然这些作者提供的必需病毒基因清单揭示了HCMV中可用药物鸡尾酒靶向的区域,但是为病毒成功感染作出贡献的人类基因清单可能为更间接的疗法打开大门。Hein说,“如果你靶向宿主因子来影响病毒,那么病毒要逃脱就会困难得多,它必须发生突变以摆脱对宿主蛋白的依赖,这就复杂得多。” 当然,潜在地靶向人类基因或蛋白来治疗感染也有缺点,要想通过这种研究途径获得可行的治疗方法,还需要做更多的研究工作。Hein说,“如果你靶向宿主因子,顾名思义,你靶向我们体内的一种正常工作的蛋白,所以副作用的风险要高得多。” 很少有这样的药物能够通过临床试验;一个著名的例子是羟氯喹,它被成功地用于治疗疟疾,而用于治疗COVID-19则不成功。 在未来,Hein和Weissman希望将他们研究感染的多层次方法用于研究其他病毒,如SARS-CoV-2。虽然这种新型冠状病毒没有可以通过CRISPR改变的双链DNA,但是他们仍然可以调查哪些宿主基因在感染的哪个阶段是必不可少的,并使用这种方法驱动的方法,希望能从一种研究良好的病毒中收集到意想不到的发现。 Hein说,“我总是被技术能做的事情所驱动。我喜欢以全系统的方式进行研究,然后得出一些发现,如果你一次只研究一个基因或蛋白,或更多地以传统方式观察事物,你就不会得出这样的发现。这种高层次的结论是我个人认为最令人兴奋的。” 参考资料: Marco Y. Hein et al. Functional single-cell genomics of human cytomegalovirus infection. Nature Biotechnology, 2021, doi:10.1038/s41587-021-01059-3.