《HIV研究迎来重要进展!今日《科学》揭示衣壳的重要作用》

  • 来源专题:生物安全知识资源中心 | 领域情报网
  • 编译者: hujm
  • 发布时间:2020-10-10
  • 《科学》杂志今日发表了一篇关于HIV研究的重要论文。美国弗吉尼亚大学(University of Virginia)和犹他大学(University of Utah)的科学家们合作,构建了一个无细胞的体系,首次让HIV在体外依次完成逆转录和整合。通过这个无细胞的体系,科学家们得以更好地观察对于HIV感染而言至关重要的两个步骤。他们也发现病毒的衣壳(capsid)在这两个步骤中扮演的全新角色。

    作为一种逆转录病毒,HIV能将自己的病毒RNA基因组逆转录为双链的DNA,并整合入所感染细胞的基因组内。过去几十年,科学家们通过一系列结构、生化、以及分子病毒学的分析,已经阐明了参与这些步骤的多个酶反应。但由于这些病毒颗粒深藏于细胞质与细胞核中,很难对其进行机制上的研究。这也是为何科学家们想要开发一个“无细胞”的体系。

    先前,也有一些体外实验可以研究逆转录,或是整合的步骤,但这些实验一次只能观察一个步骤。而在本研究中,科学家们设计和优化的体系可以连续观察这两个步骤。

    具体来看,他们纯化了HIV-1病毒体,使用能穿孔的多肽,在病毒包膜上“打”了一些小洞。随后,他们添加了一些dNTPs,促使逆转录的发生。实验中,科学家们成功观察到了双链DNA的积累。随后,科学家们往实验体系中添加了细胞提取物,重现了病毒DNA整合入外源DNA的过程。测序结果确认病毒DNA整合的方式与预期一致。

    有意思的是,在确认哪些要素对于病毒的逆转录和整合起到关键作用的时候,一个意想不到的结果出现在科学家们面前——HIV的衣壳。从结构上看,衣壳是包裹在病毒遗传物质外的一层保护。但这篇论文发现,衣壳在病毒感染的过程中,起到了更为主动的作用。

    通过遗传学或生物化学的方法,研究人员们发现,如果衣壳变得不稳定,病毒就无法通过逆转录来复制自己的遗传物质。这也是科学家们首次直接表明,衣壳是HIV感染的重要元件。

    俗话说眼见为实。为了看清衣壳如何参与到了HIV感染的过程,研究人员们使用冷冻电镜技术,看到在逆转录的过程中,衣壳大部分都保持完整。在逆转录发生的8-10个小时后,研究人员们依旧可以观察到大型的完整衣壳结构,且病毒的核酸从衣壳的网状晶格结构中排出。这一时间段恰好是逆转录产物积聚到峰值,发生整合的时间。

    “这和教科书上写的不一样,”本研究的通讯作者之一Wesley I. Sundquist教授说道,“我们的数据显示病毒的衣壳在支持有效的逆转录方面,扮演了主动且不可或缺的角色。”

    研究人员们指出,这项研究在无细胞的体系中重塑了HIV的逆转录和整合,并表明病毒的衣壳在其中起到了重要的作用。与先前的理解不同,它不仅能保护病毒基因组,让病毒跨越细胞质,进入细胞核,接近整合位点,它还是逆转录过程的关键。

    对于针对衣壳蛋白的在研HIV药物来说,这项研究表明它们可能起效。而这个无细胞体系的建立,也有助于未来对HIV感染的关键步骤进行更详尽的研究,找到阻止HIV的全新方法。

  • 原文来源:https://news.bioon.com/article/6779383.html
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  • 《PNAS:利用超级计算机揭示HIV-1衣壳上的漏洞》

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    • 编译者:hujm
    • 发布时间:2022-06-26
    • 关于HIV-1病毒如何感染我们的细胞,仍有许多东西有待发现。科学家们知道,它避开了我们免疫系统的防御,进入白细胞以递送它的基因负荷(genetic payload)并劫持细胞的转录复合物,进而产生病毒RNA的拷贝和新的HIV-1病毒。但许多细节仍然模糊不清。 2021年的一项重大实验发现为这个谜团带来了一些曙光,并发现这种病毒的衣壳,即一种保护它的RNA基因组的蛋白包膜,在进入目标细胞的细胞核时一直保持完整(PNAS, 2021, doi:10.1073/pnas.2019467118)。最后,这种病毒衣壳必须保持足够长的稳定性,以便将它的致命的基因货物带入细胞核。但是最终,它必须破裂以释放它的遗传物质。科学家们还不知道的是,HIV-1病毒的外壳如何以及为何会变得不稳定。 德克萨斯大学奥斯汀分校德克萨斯高级计算中心的Frontera超级计算机进一步加深了科学家们对HIV-1病毒如何感染的理解,并协助生成了第一个关于它的衣壳的现实模拟,包括它蛋白、水、遗传物质和最近发现的一种叫做IP6的关键辅助因子,该辅助因子稳定和帮助形成这种衣壳。 芝加哥大学杰出服务教授Gregory Voth说,“这些非常大的模拟和我们所做的分析揭示了HIV-1病毒衣壳盔甲的漏洞。”Voth是近期发表在PNAS期刊上的一篇标题为“Strain and rupture of HIV-1 capsids during uncoating”的论文的通讯作者。 Voth及其同事们利用从马克斯-普朗克生物化学研究所细胞与病毒结构系的John Brigg博士的实验室获得的实际病毒的低温电子断层扫描数据开始研究。利用这些实验数据,他们开发了一种HIV-1病毒衣壳的全原子分子动力学模拟,接近1亿个原子。 这项新研究中的模拟图片显示了这种病毒衣壳上的条纹,这表明存在应力-应变(stress-strain)。它们准确地指出了这种衣壳上的蛋白晶格发生压缩或膨胀的位置,并且在经历痛苦的应变,这告诉科学家们这种应力-应变并不是完美分布的。 Voth说,“这是非常关键的,因为我们能够将这些晶格如何受力的模式与病毒衣壳如何实际断裂联系起来。当HIV-1病毒开始逆转录并开始产生DNA时,这些应力-应变条纹应该容易受到它的衣壳内产生的压力的影响。” 这些作者总结说,这些应力-应变模式与该研究的合作者之一、弗吉尼亚大学分子生理学与生物物理学系的Owen Pornillos通过额外的低温电子断层扫描实验得出的病毒衣壳如何破裂有很好的关联性。 Voth说,“这是迄今为止对HIV病毒衣壳最真实的模拟研究。我们还可以看到,与在更简单的晶体结构或体外重组中看到的情况相比,装入这种病毒衣壳的蛋白的构象有些不同。” Voth指出,特拉华大学的Juan R. Perilla和伊利诺伊大学厄巴纳-香槟分校已故的Klaus Schulten及其合作者于2017年在Nature Communications期刊上发表了一项研究(Nature Communications, 2017, doi:10.1038/ncomms15959)。他们在“蓝水”超级计算机上开发了第一个HIV-1衣壳的模型。然而,尽管它在当时具有开拓性,但它缺乏内部的遗传物质,IP6辅助因子,而且不是根据实际病毒衣壳的低温电子断层扫描数据建立的。 在这项新的研究中,这种新的模型建立在所有这些成分之上。Voth说,“我们的新研究在现实建模方面向前迈出了一大步,我认为这使我们对这种衣壳有了更多的了解。” 药物公司吉利德在开发HIV-1治疗药物lenacapavir时采取的一种方法是利用有关HIV-1病毒衣壳的知识,使它变得更脆弱,这干扰了它释放遗传物质之前的关键破裂阶段。 Voth说,“这就是我们现在正在做的事情,就是鉴于这种病毒外壳的异质性,我们通过研究能否了解药物如何与之相互作用,以及我们能否设计出新的药物?” 更重要的是,药物设计者对“组合拳”药物的潜力感兴趣,其中一种药物分子与衣壳蛋白晶格结合,这反过来又帮助另一种药物分子结合。 Voth说,“超级计算机与我们开发的方法相结合,帮助揭示了HIV-1病毒的基本成分,而这些基本成分目前在实验上是极难探测的。我认为,除了在Frontera超级计算机上,我们不可能在其他地方轻易完成这些模拟。这对我们来说是一个非常宝贵的资源。” 参考资料: 1. Alvin Yu et al. Strain and rupture of HIV-1 capsids during uncoating. PNAS, 2022, doi:10.1073/pnas.2117781119. 2. SUPERCOMPUTING HELPS REVEAL WEAKNESSES IN HIV-1 'ARMOR' https://www.tacc.utexas.edu/-/supercomputing-helps-reveal-weaknesses-in-hiv-1-armor-