植物是生命必不可少的，是具有独特分子能力的极其多样的生物，模式植物拟南芥彻底改变了人们对植物生物学的理解，并影响了生命科学的许多其他领域，同时对拟南芥知识的了解还提供了对作物物种等重要农艺性状的理解。事实上，拟南芥的基因组数据已于20年前就进行了测序，此后在基因组和表观基因组水平上分析了数百种天然变异体。蛋白质是每个细胞的主要分子，在细胞内部和细胞之间传递信号，形成细胞结构等，但拟南芥的蛋白质组却远未得到全面表征。
为了填补这一空白，德国慕尼黑工业大学研究人员使用了质谱和RNA测序（RNA-seq）分析绘制了拟南芥30种组织的转录组、蛋白质组和磷酸化蛋白质组定量图谱。研究为以下问题提供了初步答案：2.7万个基因中有多少存在蛋白产物（> 18000）；它们在生物体中的位置（如花、叶或茎）；表达量（超过6个数量级范围）；磷酸化水平（超过43000位点）。同时研究人员提供了如何使用数据的示例，例如发现从短开放阅读框翻译的蛋白质，发现参与蛋白质生产调控的序列模块，识别组织特异性蛋白质复合物或磷酸化介导的信号事件。ProteomicsDB和ATHENA数据库提供了对植物群落该资源的交互式访问，其中包括强大的生物信息学工具，用于探索和鉴定拟南芥蛋白、其修饰和相互作用。相关研究成果于2020年3月11日发表于Nature。
宋琪 编译自https://www.nature.com/articles/s41467-019-13966-w
原文标题：Soil bacterial diversity mediated by microscale aqueous-phase processes across biomes
