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《9月18日_废水中SARS-CoV-2 RNA检测可追踪社区感染动态》

  • 来源专题：COVID-19科研动态监测
  • 编译者： zhangmin
  • 发布时间：2020-10-13

  • Nature Biotechnology于9月18日发布了耶鲁大学、康涅狄格州农业试验站的通讯文章“Measurement of SARS-CoV-2 RNA in wastewater tracks community infection dynamics”。该研究团队在春季COVID-19暴发期间，测量了美国康涅狄格州纽黑文市都会区主要污水污泥中的SARS-CoV-2 RNA浓度。研究人员在超过10周的研究中检测了SARS-CoV-2 RNA，并且对时滞进行调整后，追踪了SARS-CoV-2临床检测结果和当地COVID-19入院病例的上升和下降。相对于这些指标，按照标本采集日期，污泥中检测到SARS-CoV-2 RNA比SARS-CoV-2临床阳性检测结果提前0至2 天，比阳性检测百分比提前0至2天；按报告日期，污泥中检测到SARS-CoV-2 RNA比入院时间提前1至4天，比SARS-CoV-2临床阳性检测结果提前6至8天。文章称，该数据显示，监测在市政污水中的病毒性RNA对于在整个人群中监测SARS-CoV-2感染的实效性。在样本采集和测试结果报告之间存在延迟的社区中，立即产生的废水结果可以提前告知感染动态。
    原文链接：https://www.nature.com/articles/s41587-020-0684-z

  • 原文来源：https://www.nature.com/articles/s41587-020-0684-z
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  • 《5月26日_FFPE样本中SARS-CoV-2感染的分子检测及SARS-CoV-2致命病例的组织病理学发现》
    • 来源专题：COVID-19科研动态监测
    • 编译者：zhangmin
    • 发布时间：2020-05-27
    • 1.时间：2020年5月26日 2.机构或团队：克利夫兰州立大学医学中心、凯斯西储大学医学院 3.事件概要： 5月26日，AJCP期刊发表了来自克利夫兰州立大学医学中心，凯斯西储大学医学院研究团队的题为“Molecular Detection of SARS-CoV-2 Infection in FFPE Samples and Histopathologic Findings in Fatal SARS-CoV-2 Cases”的文章。报告了2例SARS-CoV-2阳性个体的尸检方法和发现。 该文章指出，验尸检查是按照美国疾病预防控制中心的公共指南完成的。通过定量逆转录聚合酶链反应（qRT-PCR），调查了每个病例的福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）的组织中的SARS-CoV-2 RNA。SARS-CoV-2病毒基因组通过FFPE肺组织块的NGS测序进行了测序。 文章指出，验尸检查结果显示弥漫性肺泡损伤，未观察到病毒相关的肝、心脏或肾损伤。使用qRT-PCR检测方法，两病例均在肺、支气管、淋巴结和脾脏中检测到病毒RNA。在病例1中使用NGS进行RNA测序揭示了与带有ORF1a L3606F突变的西欧进化枝A2a最一致的突变。 该研究认为，可以从FFPE组织中进行SARS-CoV-2检测和病毒测序。SARS-CoV-2的检测和测序以及死后组织检查的形态学发现可以帮助更好地了解该病毒对人体健康的病理生理影响。 4.附件： 原文链接：https://academic.oup.com/ajcp/advance-article/doi/10.1093/ajcp/aqaa091/5843897?searchresult=1
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  • 《5月18日_2020年4月10-11日，美国加州洛杉矶县进行该县成人SARS-CoV-2特异性抗体的血清检测》
    • 来源专题：COVID-19科研动态监测
    • 编译者：xuwenwhlib
    • 发布时间：2020-05-20
    • 信息名称：2020年4月10-11日，美国加州洛杉矶县进行该县成人SARS-CoV-2特异性抗体的血清检测 1.时间：2020年5月18日 2.机构或团队：加州大学洛杉矶分校、洛杉矶县公共卫生部、犹他州盐湖城运动医学研究与测试实验室、洛杉矶LRW集团公司、犹他州盐湖城运动医学研究与测试实验室、斯坦福大学医学院 3.事件概要： 5月18日，JAMA发表了题为“Seroprevalence of SARS-CoV-2–Specific Antibodies Among Adults in Los Angeles County, California, on April 10-11, 2020”的文章。 对COVID-19流行程度的了解不足对公共卫生应对和规划构成了挑战。当前大多数报告的确诊病例依赖于基于PCR的检测。这种对确诊病例的估计漏掉了从感染中恢复的个体、有轻微或无症状的个体以及由于检测能力有限而没有检测到症状的个体。本文中对一个社区人群样本进行了血清学检测，以估计SARS-CoV-2感染的累积发病率，因为血清学检测可以同时确定当前和过去感染的情况。 这项研究得到了洛杉矶县公共卫生机构审查委员会的批准，并获得了书面知情同意。文中使用侧流免疫层析测定（Premier Biotech）检测血清中的SARS-CoV-2特异性抗体。在试验场地半径15英里（24公里）范围内的加州洛杉矶县的居民有资格参加测试。参与者于2020年4月10日和11日在6个地点接受测试；无法到达测试地点的参与者于2020年4月13日和14日接受家庭测试。 本次测试使用了一个由研究公司LRW集团维护的代表该县的专有数据库来选择参与者。邀请了这些居民进行随机抽样，根据洛杉矶县居民的年龄、性别、种族和种族分布，为亚组分配参与者名额。每个家庭只能有一个成年人参加。每个测试至少由两名研究人员审查。 测试利用这些数据来估计SARS-CoV-2抗体的人群阳性率。为使计算的权重与2018年人口普查中的性别、种族/民族和收入相匹配，调整了阳性结果的加权和未加权比例，以确保测试的准确性。未加权数据的95%置信区间用精确二项模型估计，加权和调整结果估计用bootstrap方法估计，使用Stata 16进行结果分析。 结果表明，1952名受邀参加抗体检测的人中，1702人（87.2%）表示同意并有865人（50.9%）接受检测。由于试剂盒故障，两个测试结果不确定，并从分析样品中移除。在863名成年人中，60%为女性，55%为35至54岁，58%为白人，43%的家庭年收入超过100000美元。13%的人发烧伴咳嗽，9%的人发烧伴呼吸急促，6%的人失去嗅觉或味觉。35人（4.06%[精确二项CI，2.84%-5.60%]）呈阳性。阳性率因种族、性别和收入水平而异。阳性者的加权比例为4.31%（bootstrap-CI, 2.59%-6.24%）。经检测灵敏度和特异性校正后，SARS-CoV-2抗体的未加权和加权阳性率分别为4.34%（bootstrap-CI，2.76%-6.07%）和4.65%（bootstrap-CI，2.52%-7.07%）。 文章讨论：在本次洛杉矶县社区血清流行病学调查中，SARS-CoV-2抗体的检出率为4.65%。这一估计意味着大约367?000名成年人携带了SARS-CoV-2抗体，大大超过了4月10日该县8430例累计确诊感染人数。因此，基于确诊病例的死亡率可能高于基于感染人数的死亡率。此外，限制感染传播的接触追踪方法也将面临相当大的挑战。同时，文章提出这项研究有局限性，可能存在选择偏差。估计的检出率可能因无反应或有症状的人更可能愿意参与而有偏差。随着准确度更高的试剂盒出现，这一概率估计会发生变化。此外，研究仅限于1个县。在其他地方进行血清学检测将有助于追踪疫情的进展。 4.附件： 原文链接 https://jamanetwork.com/journals/jama/fullarticle/2766367?resultClick=1
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