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《美国科研团队构建小鼠一生高分辨率细胞图谱》

  • 来源专题：生物安全
  • 编译者： 闫亚飞
  • 发布时间：2023-02-06
  • 据中国科技网12月27日消息，美国哈佛大学科研团队结合两项先进技术手段构建了小鼠一生不同阶段大脑中的高分辨率细胞图谱。研究发现，相比于神经元本身，其他非神经细胞中的炎症相关基因有着更高的表达。此外，该研究还对比了衰老以及系统性炎症反应所诱导的大脑炎症，揭示了两者均能造成多个基因的表达上调等共同点，也阐明了仅在衰老的大脑中才观察到少突胶质细胞附近的小胶质细胞和星状胶质细胞更加活跃的现象。该研究揭示了大脑中的炎症与认知衰退的重要关联，并指出未来的研究需要格外关注非神经细胞对认知衰退的影响。相关研究成果发表于cell期刊。
  • 原文来源：https://mp.weixin.qq.com/s/o3O7oEVJSDTBDyHUYOC06w
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  • 《Nature | 小鼠全脑高分辨率单细胞空间转录组图谱》
    • 来源专题：战略生物资源
    • 编译者：李康音
    • 发布时间：2023-09-28
    • 2023年9月27日，MIT化学系、Broad 研究所的王潇研究组在Nature上发表了题为Spatial atlas of the mouse central nervous system at molecular resolution的文章。研究人员采用原位测序技术STARmap PLUS，以194 X 194 X 345 nm3体素尺寸在亚细胞分辨率水平上对成年小鼠全脑和脊髓中17个冠状切面和3个矢状切面组织切片中的1,022个基因进行了检测，使用细胞分割算法ClusterMap得到了109万个高质量空间分辨单细胞基因表达。通过大规模的单细胞分析注释，用空间基因表达定义了更精细的组织区域。 这项工作为理解小鼠中枢神经系统提供了一个大规模的分子空间图谱，囊括了超过一百万个细胞，以及他们的基因表达特征、空间坐标、分子细胞类型、分子组织区域类型，以及遗传操作可及性。这项工作为建立分子空间图谱提供了实验和计算的框架，涵盖了从单个RNA分子到单细胞再到器官组织区域的跨越多个空间尺度的分析，为神经科学研究提供了重要的数据和工具。作者们已将这套图谱开放共享（http://brain.spatial-atlas.net/），供研究者探索。 本文内容转载自“BioArt”微信公众号。 原文链接: https://mp.weixin.qq.com/s/u5Q6AL3JL83XDEiLJjKKuQ
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  • 《开源光学工具箱：用于制造高分辨率显微镜》
    • 来源专题：光电情报网信息监测服务平台
    • 编译者：husisi
    • 发布时间：2020-12-03
    • 德国莱布尼兹光子技术研究所的研究人员开发了一种3D打印的开源光学工具箱，用于显微镜制造，仅需几百欧元。所制造的显微镜能提供高分辨率图像，与价格高达一千倍的商业显微镜不相上下。3D打印的开源模块化系统可以按照研究问题所需要的方式进行组合，其覆盖范围可以扩展到从培养箱中观察活的生物到教学用的工具箱等。这项工作的相关论文发表在《Nature Communications》上。 图注：该开源的3D打印立方体可以容纳自己设计的插件、电气和光学组件。由此产生的模块可以组合成复杂的光学仪器。这使智能手机可以在任何时候被改造成一个强大的显微镜，而且不受位置限制 用于生物成像的现代显微镜价格昂贵，位于专门的实验室中，并且需要专业人员操作。因此，研究新的创造性的方法来解决紧迫的科学问题，例如，在与诸如Covid-19等这样的传染性疾病斗争时，高精密生物成像显微镜主要由富裕国家设备齐全的研究机构的科学家使用。来自耶拿的莱布尼兹光子技术研究所（Leibniz IPHT），耶拿大学和耶拿大学医院的年轻研究团队希望改变这一现状。 UC2（You。See。Too。）系统的基本构建块是边缘长度为5厘米的简单3D可打印立方体，它可以容纳各种组件，例如镜头，LED或照相机。几个这样的立方体被插入到磁性光栅基板上。模块排列得当，因此可以构成功能强大的光学仪器。相邻镜片的焦平面重合的光学概念是大多数复杂光学装置（例如现代显微镜）的基础。借助UC2工具箱，研究团队展示展示了一种低成本，3D打印的开源模块化显微镜工具箱，并通过实现从概念到实验阶段的完整显微镜开发周期来展示其多功能性。 监控病原体-然后回收被污染的显微镜 研究工作者正在使用UC2工具箱研究病原体。UC2系统使我们能够以低成本生产高质量的显微镜，从而可以在培养箱中观察活细胞。因此，UC2开拓了传统显微镜不适合的生物医学研究应用领域。相比，产生同样分辨率图像的商业显微镜比我们的UC2装置花费数百或数千倍的成本，同时，研究工作人员无法将商业显微镜带入受污染的实验室，因为它们不易清洗。这里所提出的塑料制成的UC2显微镜在生物安全实验室中成功使用后，很容易燃烧或回收。在耶拿大学医院的一项研究中，UC2小组观察了演示了独立式封闭培养箱的明场显微镜，在细胞分辨率水平（如2μm）下，连续7天监测单核细胞到巨噬细胞的分化。此外，通过包括很少的附加组件，将几何图形转移到一个400欧元的荧光显微镜中，用于对表达绿色荧光蛋白（GFP）的转基因斑马鱼进行体积观察。 根据乐高积木的原理建造：从构思到原型 根据乐高（Lego）原理进行构建，不仅可以唤醒用户的内在游戏本能，而且也为研究人员设计一款精确针对其研究问题的仪器开辟了新的可能性。这里提出的方法可以快速组装合适的显微镜来对特定细胞成像。例如，如果需要红色波长作为激发光，则只需安装适当的激光器并更换滤光片。如果需要倒置显微镜，则可以相应地堆叠立方体。使用UC2系统，可以根据所需的分辨率、稳定性、持续时间或显微镜方法组合元素，并在“快速成型”过程中直接进行测试。 研究愿景：开放科学 研究人员在免费访问的在线存储库GitHub上发布了相应的实施计划和软件，以便全世界的开源社区都可以访问，重建，修改和扩展提出的系统。进而，根据用户的反馈，逐步改进系统并添加新的创造性解决方案。第一批用户已经开始针对自己和他们的目的进行系统扩展。 该项研究的目的是使开放科学成为可能。如果有详细具体的文档资料，研究人员可以在世界任何地方，甚至在装备精良的实验室之外，也可以复制并进一步开发实验。这将是一个重大的转变，在这种转变中，科学过程尽可能公开和透明，所有人均可自由访问，研究人员彼此共享知识，并将其纳入他们的工作中。 UC2实验箱将科学带入学校 为了使特别是年轻人对光学感兴趣，研究小组开发了一套先进的工具集，用于学校和大学的教育目的。UC2提出了一个工具包，让用户可以了解和尝试光学概念和显微镜方法。这些组件可以构成投影仪或望远镜，可以构建光谱仪或智能手机显微镜。从事该项工作的人员开发了实验和一系列现成的文档，UC2团队已经在耶拿及其周边地区、美国、英国和挪威的多个实验室中对其进行了测试。在耶拿，研究人员已经在几所学校中使用了UC2工具箱，例如，支持的学生建立荧光显微镜用来检测微塑料。 研究人员已将UC2与智能手机结合在一起，这使人们能够在没有任何主要光学知识的情况下经济高效地构建自己的荧光显微镜，并开发出一种相对简单的方法来检测化妆品中的塑料颗粒。 研究团队表明，他们希望使现代显微镜技术向广大公众开放，并建立一个开放和创造性的显微镜社区。这种自己动手的教学方法有着巨大的潜力，特别是在新冠大流行期间，家里的教学材料受到严重限制。
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